食品流通許可證:以前食品批發零售都需要。
食品經營許可證:包括無食品生產許可證的小作坊、餐館、糕點店和經營批發零售的店鋪。
不同的是，以前的流通許可證不包括加工，而營業執照是衛生許可證和流通許可證合二為壹，是範圍問題！
2015 10 1食品藥品監督管理局發布的《食品經營許可管理辦法》正式實施，食品流通許可和餐飲許可合並為食品經營許可。
《食品流通許可證》有效期為3年；《食品經營許可證》的頒發日期為作出許可決定的日期，有效期為5年。
法律依據
《中華人民共和國食品安全法》第壹百二十二條違反本法規定，未取得食品生產經營許可從事食品生產經營活動，或者未取得食品添加劑生產許可從事食品添加劑生產活動的，由縣級以上人民政府食品藥品監督管理部門沒收違法所得和用於違法生產經營的食品添加劑、工具、設備、原料等物品；違法生產經營的食品、食品添加劑貨值金額不足1萬元的，處5萬元以上10萬元以下罰款；貨值金額1萬元以上的，處以貨值金額10倍以上20倍以下的罰款。明知是前款規定的違法行為，仍為其提供生產經營場所或者其他條件的，由縣級以上人民政府食品藥品監督管理部門責令停止違法行為，沒收違法所得，並處五萬元以上十萬元以下罰款；損害消費者合法權益的，應當與食品、食品添加劑的生產經營者承擔連帶責任。