排名企業名稱
1揚子江藥業集團有限公司（包括：揚子江藥業集團上海海尼藥業有限公司）
2哈藥集團有限公司（包括：哈藥集團三精制藥有限公司）
3修正藥業集團
4石藥集團有限公司（包括：石藥集團中諾藥業（石家莊）有限公司，石家莊制藥集團歐意藥業有限公司，石藥銀湖制藥有限公司）
5天津天士力集團有限公司（包括：天津天士力制藥股份有限公司，江蘇天士力帝益藥業有限公司，天津天士力現代中藥資源有限公司）
6威高集團有限公司
7華北制藥集團有限責任公司（包括：華北制藥股份有限公司，華北制藥集團制劑有限公司）
8東北制藥集團有限責任公司
9太極集團有限公司（包括：太極集團重慶涪陵制藥廠有限公司 ，太極集團綿陽制藥有限公司，西南藥業股份有限公司，太極集團重慶桐君閣藥廠有限公司，太極集團重慶中藥二廠，太極集團四川太極制藥有限公司，太極集團浙江東方制藥有限公司，太極集團四川天誠制藥有限公司）
10北京雙鶴藥業股份有限公司（包括：安徽雙鶴藥業有限責任公司，北京萬輝雙鶴藥業有限公司，西安京西雙鶴藥業有限公司，山西晉新雙鶴藥業有限公司，北京雙鶴現代醫藥技術有限責任公司）
11華潤三九醫藥股份有限公司（包括：深圳九新藥業有限公司）
12西安楊森制藥有限公司
13齊魯制藥有限公司（包括：齊魯制藥（海南）有限公司，齊魯天和惠世制藥有限公司，齊魯安替制藥有限公司）
14浙江醫藥股份有限公司（包括：浙江醫藥股份有限公司新昌制藥廠，浙江醫藥股份有限公司維生素廠）
15珠海聯邦制藥股份有限公司
16四川科倫藥業股份有限公司（包括：湖南科倫制藥有限公司，江西科倫藥業有限公司，湖南中南科倫藥業有限公司，黑龍江科倫制藥有限公司，山東科倫藥業有限公司，湖北拓朋藥業有限公司，昆明南疆制藥有限公司，遼寧民康制藥有限公司，四川珍珠制藥有限公司，四川新元制藥有限公司，黑龍江科倫藥品包裝有限公司，四川科倫藥用包裝有限公司，吉林科倫康乃爾制藥有限公司，四川科倫藥業股份有限公司廣安分公司，四川科倫藥業股份有限公司仁壽分公司）
17浙江海正藥業股份有限公司
18上海復星醫藥（集團）股份有限公司（包括：重慶藥友制藥有限公司，上海朝暉藥業有限公司，重慶凱林制藥有限公司，桂林南藥股份有限公司，上海克隆生物高技術有限公司）
19瑞陽制藥有限公司
20輔仁藥業集團有限公司（包括：開封（制藥）集團有限公司，河南輔仁堂制藥有限公司，河南輔仁懷慶堂制藥有限公司，河南同源制藥有限公司）
21山東藥用玻璃股份有限公司
22輝瑞制藥有限公司
23浙江新和成股份有限公司
24魯南制藥集團股份有限公司（包括：魯南貝特制藥有限公司，山東新時代藥業有限公司，魯南厚普制藥有限公司）
25賽諾菲安萬特（杭州）制藥有限公司
26仁和（集團）發展有限公司
27麗珠醫藥集團股份有限公司（包括：麗珠集團麗珠制藥廠，麗珠集團珠海保稅區麗珠合成制藥有限公司，上海麗珠制藥有限公司，麗珠集團福州福興醫藥有限公司，麗珠集團利民制藥廠，麗珠集團新北江制藥股份有限公司，麗珠集團珠海保稅區麗達藥業有限公司）
28山東新華醫藥集團有限責任公司
29杭州默沙東制藥有限公司
30北京諾華制藥有限公司
31河南天方藥業股份有限公司
32華潤東阿阿膠有限公司
33浙江升華拜克生物股份有限公司
34先聲藥業有限公司（包括：海南先聲藥業有限公司，南京先聲東元制藥有限公司，南京東捷藥業有限公司，江蘇延申生物科技股份有限公司）
35壽光富康制藥有限公司
36河南省宛西制藥股份有限公司
37利君制藥（包括：石家莊四藥有限公司）
38山東魯抗醫藥股份有限公司（包括： 山東魯抗醫藥集團賽特有限責任公司）
39江中藥業股份有限公司
40江蘇濟川制藥有限公司
41山東羅欣藥業股份有限公司
42江蘇康緣集團有限責任公司（包括：江蘇康緣藥業股份有限公司，江蘇南星藥業有限責任公司，連雲港康貝爾醫療器械有限公司，連雲港市和興堂中藥材飲片加工廠）
43秦皇島驪驊澱粉股份有限公司
44廣州白雲山制藥股份有限公司（包括：廣州白雲山和記黃埔中藥有限公司，廣州白雲山天心制藥股份有限公司，廣州白雲山明興制藥有限公司，廣州白雲山光華制藥股份有限公司，廣州百特僑光醫療用品有限公司）
45山東淄博山川醫用器材有限公司
46江蘇正大天晴藥業股份有限公司
47石家莊以嶺藥業股份有限公司
48美羅藥業股份有限公司
49成都地奧集團
50安徽豐原藥業股份有限公司
51浙江尖峰藥業有限公司
52山東綠葉制藥有限公司
53廣州王老吉藥業股份有限公司
54武漢人福醫藥集團股份有限公司
55浙江康恩貝制藥股份有限公司
56山東仙河藥業有限公司
57山東魯抗辰欣藥業有限公司
58歐姆龍（大連）有限公司
59浙江仙琚制藥股份有限公司
60江蘇奧賽康藥業有限公司
61東港工貿集團有限公司
62天聖制藥集團股份有限公司
63黑龍江省珍寶島制藥有限公司
64江蘇蘇中藥業集團股份有限公司
65華蘭生物工程股分有限公司(包括：華蘭生物疫苗有限公司)
66杭州中美華東制藥有限公司
67北京同仁堂科技發展股份有限公司
68山西威奇達藥業有限公司
69上海現代制藥股份有限公司（包括：上海現代哈森（商丘）藥業有限公司）
70悅康藥業集團有限公司
71桂林三金集團股份有限公司（包括：桂林三金藥業股份有限公司，三金集團桂林三金生物藥業有限責任公司,三金集團湖南三金制藥有限責任公司）
72寧夏啟元藥業有限公司
73九芝堂股份有限公司
74上海新亞藥業有限公司
75江蘇恩華藥業股份有限公司
76黑龍江葵花藥業股份有限公司
77安丘市魯安藥業有限責任公司
78菏澤睿鷹制藥集團有限公司
79北京費森尤斯卡比醫藥有限公司
80貴州益佰制藥股份有限公司（包括：桂林益佰漓江制藥有限公司，海南長安國際制藥有限公司）
81深圳致君制藥有限公司
82迪沙藥業集團有限公司
83江蘇聯環藥業集團有限公司
84江蘇亞邦藥業集團股份有限公司（包括：江蘇亞邦愛普森藥業有限公司，江蘇亞邦生緣藥業有限公司，江蘇亞邦強生藥業有限公司）
85橫店集團康裕藥業有限公司
86正大青春寶藥業有限公司
87蘭州生物制品研究所
88山東天力藥業有限公司
89福建省福抗藥業股份有限公司
90四川蜀中制藥有限公司
91北京同仁堂健康藥業股份有限公司
92安斯泰來制藥(中國)有限公司
93上海新先鋒藥業有限公司
94鹹陽步長制藥有限公司
95浙江華海藥業股份有限公司
96遼寧諾康生物制藥有限責任公司
97北京泰德制藥有限公司
98浙江海力生制藥有限公司
99山東新華醫械集團
100上海百特醫療用品有限公司
以下為行業發展趨勢：
最近壹年，國內醫藥行業頻現巨頭整合，上海醫藥集團股份有限公司（以下簡稱“上藥集團”）與上海實業（集團）有限公司（以下簡稱“上實集團”）的醫藥板塊率先實現合並成立新上藥；中國醫藥集團總公司（以下簡稱“國藥集團”）繼去年合並中國生物技術集團公司（以下簡稱“中生集團”）之後於今年4月12日成功重組了上海醫藥工業研究院（以下簡稱“醫工院”）成立新國藥；就在這之前的10天，華潤集團與北京市人民政府正式簽署了《關於***同發展醫藥產業和微電子產業的戰略合作框架協議》，華潤正式將北藥囊入懷中，成立新華潤。至此，隨著國內醫藥三大巨頭的兼並重組完成，2009年以來醫藥行業的並購交易金額達到了2000年以來的最高峰，醫藥市場的競爭格局明顯發生了改變，中國醫藥行業正式步入三國時代。新國藥、新華潤、新上藥3家座次排定，重新排座後的行業大佬們浮出水面，近期國家要求的在國內形成幾個醫藥領袖集團的設想已初步實現。
新國藥
中國醫藥行業內當仁不讓的老大仍是新國藥集團。4月12日，醫工院整體並入國藥集團，成為其全資子企業。國資委履行出資人職責的企業由127戶調整為126戶。醫工院整體並入對國藥意思重大。雖然國藥集團作為國內醫藥行業的絕對龍頭，但在其利潤構成中，80%來自於國藥控股代表的醫藥企業，即便重組的中生集團生物制品有持續高利潤貢獻，也始終難掩國藥在醫藥工業上的明顯短板。更迫切的問題在於，先行整合出山的新上藥穩踞華東，央企另壹巨頭華潤集團壹直從未停止收購的野心和腳步，在新醫改基層下沈的推動下，各地區域龍頭也並不甘示弱，紛紛結盟對抗。“內憂外患”之下，醫工院之於國藥，已經是必須拿下的壹張王牌。
在中國醫藥研究領域，醫工院壹直是壹個驕傲的存在——作為央企序列中唯壹的醫藥行業科研院所，醫工院曾先後隸屬於中央企業工委、國務院國資委。滬深股市醫藥板塊中有30余家上市公司以其輸出的科研成果作為主要產品，2010年目標營收15億元，主業是創新藥物的研發、藥品生產、銷售，研發力量全國首屈壹指。盡管其年營業收入不足10億元，但它強大的科研力量，成為國藥集團的產業發動機和裂變器。醫工院下屬的兩家工業企業，現代制藥和上海現代藥物制劑工程研究中心有限公司業績均很好，經濟效益和社會效益甚至很難估價。
4月22日，中國醫藥集團與山西威奇達藥業（以下簡稱“威奇達”）在山西大同簽署協議，國藥集團正式開始對威奇達的重組工作。國藥集團承諾將通過股權收購和增資擴股的方式，對威奇達實現控股。這是國藥集團在醫藥工業領域展開自主並購的第壹步，意思重大，能加速國藥實業化進程，同時並購威奇達之後，國藥肯定會在山西打開壹個突破口，將其他業務引入這壹區域。威奇達是國內醫用中間體7-ACA的主要生產商，該中間體的直接下遊產品就是頭孢曲松鈉。中國是抗感染藥品使用大國，全國抗感染類藥品以年均17%左右的速度迅猛增長，2009年全國抗感染類藥品的市場規模已超過400億元。頭孢曲松鈉壹直是抗生素中銷售金額排名首位的藥物。2008年，中國藥學會曾對全國22家醫院進行統計，頭孢曲松鈉用藥金額達到2.6978億元，遠超其他藥品。石藥集團和福州抗生素集團是7-ACA的生產大戶，年產能為1600噸左右。威奇達列第三位，約1000噸，健康元等企業年產能都在800噸以下。在重組協議中，國藥集團表示將進壹步擴大威奇達的產能，實現1200噸7-ACA和300噸克拉維酸的生產規模。並計劃到2015年，實現威奇達的銷售收入超過30億元。
作為國資委整合醫藥央企的平臺，在拿下醫工院與威奇達之前，國藥集團已經於2009年9月16日將中生集團收入囊中。中生集團攜獨家壟斷的疫苗業務和血液制品業務，化入國藥集團龐大金剛之身，對國藥具有絕對重要意思。中生集團彌補了國藥集團欠缺的血液和疫苗業務。此舉在醫改近萬億大工程之中，與國資委將國藥集團打造成貿科工壹體化運營的大型醫藥集團的長期戰略不謀而合。中生集團成為國藥集團的第八個業務板塊——此前中生集團是中國最大的疫苗和血制品生產供應商，主要從事疫苗、血液制品、診斷試劑三類生物制劑的制造銷售，中國90%的計劃疫苗出自中生集團，其2008年收入49億元。
目前，按照國藥集團董事長宋誌平的設想，2010年底前國藥集團銷售排名要擠進前40，進入中央提出的“30~50家具有國際競爭力企業”中的前30位。2009年，國藥集團實現營業收入650億元、實現利潤36.3億元，位列醫藥行業國內第壹，在129家央企中，兩項指標分別排名第50位和38位。今明兩年，國藥對銷售收入的目標分別設定為800億和1000億元。國藥集團遠期目標是在2015年進入世界500強。而根據國藥集團的預測，屆時世界500強的入圍門檻，就銷售收入而言大約是1600億元左右。
新華潤
華潤醫藥集團是國資委“打造央企醫藥平臺”的另壹手牌。華潤在重組央企華源集團、三九集團醫藥資源的基礎上，成長為大型藥品制造和分銷企業。華潤醫藥年營業額逾270億元，旗下擁有北京醫藥、三九醫藥、華潤東阿阿膠等知名醫藥企業，直接或間接控股三九醫藥、東阿阿膠、雙鶴藥業、萬東醫療等多家上市公司。醫藥產業與消費品、電力、地產並列為華潤集團的壹級利潤中心。華潤已經在醫藥板塊占據了上海、北京和深圳三大主力市場，區域布局相對成型。在醫改去年出臺的藥物基本目錄利好下，在OTC和中藥制藥方面具有品牌優勢的三九醫藥，無疑又給華潤註入了新的活力。華潤和北藥已於2010年4月2日下午在京與北京市人民政府正式簽署了《關於***同發展醫藥產業和微電子產業的戰略合作框架協議》，華潤增持北藥股份可能鎖定在5%~10%之間。戰略協議的簽署，使華潤集團成功完成排名三進二的轉變。
此次華潤重組北藥意義重大。2006年12月，華潤20億元現金收購華源持有的北藥50%股份，成為北藥集團第壹大股東後，華潤其實壹直未介入北藥集團的經營管理，幾年來其進壹步增持的願望壹直未得到北京市政府明確表態。同時，隨著國藥集團重組中生集團、醫工院宣布完成，華潤感受到越來越大的壓力，如再不能抓住北藥，將被對手甩開。同時，國資委重新確定國藥集團為央企醫藥平臺，華潤很有壓力，希望通過這次整合，旗下的華潤醫藥集團的醫藥資產與北藥集團合並，而華潤將很可能以北藥集團為基礎打造華潤新醫藥集團的平臺，重新獲得在央企醫藥界中的地位。重組北藥後，華潤控制的醫藥資產將包括北藥、華潤三九、東阿阿膠，涵蓋中藥、保健品、醫藥流通與醫療器械領域。不僅可以使華潤以北藥集團為基礎打造壹個全新的華潤醫藥集團平臺，還可以形成“上有北藥”、“下有三九”的醫藥格局，整體規模也超越新上藥而位居國內第二位。北藥2009年銷售收入269億元，在中國醫藥企業中排名第三。拿下北藥，則華潤醫藥2009年的收入即可增至337億元，超過新上藥，在規模上排名國內第二位。
新上藥
新上藥集團雖然已經跌至行業第三，但謀求整合壯大實力的動作很早就開始了。2009年10月，上藥集團旗下上海醫藥通過吸收合並、發行股份購買資產的方式，對上實集團和上藥集團的醫藥資產進行整合，壹個新上藥浮出水面，成為上海國資旗下的醫藥產業資源整合平臺。2010年伊始，新上藥又壹口氣收購四家外地醫藥企業，與廣州中山醫藥有限公司、山東商聯生化藥業有限公司和常州亞邦藥業3家公司簽訂收購框架協議。
2009年，新上藥總資產從80億元躍升到223億元，銷售收入從230億元躍升到300億元，實現凈利潤8.8億元，成為當時僅次於國藥集團的國內第二大醫藥集團，而如今則已經被華潤甩在身後。雖然不屬於央企序列，但重組後的新上藥集團的醫藥商業銷售規模已穩居華東地區第壹。上藥方面的規劃是，2012年收入達500億元，2013年過億的品種超過35個，2015年收入達到800億元