在正常生態環境中, 水體中藍藻數量維持在正常範圍，但人類活動的加劇以及對於水環境管理的缺乏造成了全球範圍內的水體汙染, 其中以水體富營養化尤為嚴重, 且有不斷增加的趨勢。水體富營養化對於生態環境具有嚴重的危害, 而藻類水華現象就是其中之壹。藍藻在大量生長的同時, 其次級代謝產物藻毒素也在水體環境中大量積聚, 從而對環境中的各種生物構成威脅。
在水產養殖的水體中，藍藻大量繁殖以及死亡藻類的分解，消耗大量溶解氧，可以導致水體缺氧甚至無氧狀態，易導致養殖水體發生泛塘。藍藻大量死亡時可產生藻毒素、大量羥胺及硫化氫等有毒物質，直接危害水生動物。死亡的藍藻釋放大量的有機質刺激了化能異養細菌的生長，其中部分對養殖動物是致病菌，導致繼發感染細菌性疾病。這種情形和蝦蟹養殖過程中倒藻引發蝦蟹塘發病的情形類似。
養殖水體中常見的藍藻可分作兩類：營個體生活的絲狀藍藻，包括顫藻、魚腥藻和螺旋藻等；營群體生活的單胞藻，如微囊藻等。其中微囊藻在水體表層大量聚集而形成的肉眼可見的藻類聚集體，是水產養殖中最為常見的藍藻水華。因而微囊藻毒素是藻毒素中最常見的類型之壹。
微囊藻毒素是壹組單環七肽物質, 其中有兩種可變氨基酸, 到目前為止, 根據甲基化、羥基化、表異構化程度以及可變氨基酸的不同, 已經發現了80 種不同的微囊藻毒素的亞型。由於其肝臟、腎臟等器官毒性以及強促癌性, 微囊藻毒素已被認為是嚴重威脅野生動植物以及人類健康的環境汙染物並得到廣泛關註。
由此可見，藍藻無論其活體還是殘體對水生動物都有明顯的生物學危害，因而水產養殖中對於藍藻的防治尤為重要。根據個人的理解，從6月份開始，防治以改變其生長條件為佳，生物吞噬次之，化學殺滅是最後選項