1，抗菌藥物管理不嚴格，臨床用藥不合理。抗菌藥物的不合理使用會增加細菌的耐藥性，甚至形成多重耐藥，從而增加疾病治療的難度。很多醫院的抗菌藥物應用還存在很多問題，包括抗菌藥物評估的核心指標不壹致。
比如抗菌藥物的使用率和強度、微生物標本的檢查率、藥物劑量過大或過小、藥物品種選擇不當、使用適應癥不明確、預防感染的療程不當、使用時機不當等。
除了抗菌藥物的不合理使用，很多醫院的臨床用藥還存在其他不合理現象，如超說明書範圍、超療程使用輔助藥物，無適應癥使用糖皮質激素，藥物劑量不合理，配伍不合理，溶媒選擇不當等等。
2.特殊藥品管理不嚴格。特殊管理藥品壹直是醫院藥房管理的重點和難點，如特殊藥品的儲存和使用。
雙驗收、雙核對、櫃臺、雙鎖等管理制度未按相關標準執行，如何做到帳貨壹致、藥品批號跟蹤、空安瓿回收等。部分管理者風險意識和責任意識不夠強，在特殊藥品管理中不能及時發現和解決相關問題。
3.部分醫院藥事管理制度存在問題。在實際應用中，很多醫院的藥事管理系統更新滯後，壹些新藥的管理還存在空缺。
同時，部分醫院的藥品管理制度不夠完善，影響了藥品管理質量。此外，壹些醫院雖然有比較健全的藥事管理制度，但管理執行力不足。
4.部分醫院信息化建設不足，相應的監管也不能及時跟上。
比如臨床藥師在日常工作中缺乏相應的信息系統支持，會導致工作效率低下，無法實現監控全覆蓋，不利於實時監控醫院用藥指標，如藥物占比、抗菌藥物使用等考核指標。