根據上述職責，市食品藥品監督管理局設10個內設機構。
（壹）辦公室
組織協調局機關日常政務，負責會議組織、文秘、檔案、保密、政務信息、安全保衛和行政後勤等工作；負責突發事件應急管理的日常工作；組織協調突發事件的應急處置；組織建立業務信息系統，承擔統計、綜合信息管理工作；負責有關新聞發布、宣傳報道、外事接待、信訪舉報等工作。
（二）政策法規處
研究起草藥品、醫療器械、保健食品、化妝品及餐飲服務環節食品安全地方性法規、規章草案；負責規範性文件的審查與備案;負責有關行政執法監督和聽證工作，負責有關行政復議、行政應訴和國家賠償等工作；指導並監督全系統依法行政工作；組織開展有關法律法規的宣傳教育工作。
（三）餐飲安全監管處
負責餐飲服務環節食品安全監督管理工作，監督檢查相關政策、法律、法規、規章的執行情況；負責餐飲服務行政許可工作；監督餐飲服務環節食品安全標準和管理規範的實施；制訂相關監督抽檢計劃並組織實施；開展餐飲服務環節食品安全狀況調查和監測；負責重大活動餐飲服務環節食品安全保障；依法受理餐飲服務環節食品安全的投訴舉報並組織調查處理。
（四）保健食品化妝品監管處
負責保健食品生產經營許可和監督管理。監督保健食品生產經營管理規範和技術標準的實施。組織開展保健食品安全監測和評價，發布保健食品安全監管有關信息。承擔化妝品衛生監督管理工作。
（五）藥品安全監管處
監督國家藥品標準、直接接觸藥品的包裝材料和容器標準的實施；組織實施藥品分類管理制度；監督藥品生產、中藥材生產、藥物非臨床研究、藥物臨床研究和醫療機構制劑質量管理規範的實施；受省局委托受理醫療機構制劑註冊、形式審查、現場核查和市內調劑審核工作；監督管理中藥飲片質量，根據授權對藥品研究機構進行監督、檢查；依法監管醫療用毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和藥品包裝材料及容器；監督實施藥品不良反應監測制度；辦理進口藥品通關備案。
（六）藥品流通監管處
貫徹實施國家藥品流通法律、法規、規章和地方性藥品流通監督管理法規、規章；負責藥品零售經營許可證的核發及其管理；負責藥品流通、使用環節的監督管理；監督實施藥品經營質量管理規範及藥品流通領域處方藥與非處方藥的分類管理;受省局委托組織實施藥品零售企業藥品經營質量管理規範認證。
（七）醫療器械監管處
監督醫療器械國家標準和行業標準的實施，監督實施醫療器械生產質量管理規範和產品分類管理，監督實施醫療器械不良事件監測制度；核發壹類醫療器械註冊證；受省局委托，負責核發醫療器械經營企業許可證，負責壹類醫療器械生產企業登記管理；負責轄區內醫療器械生產、經營及使用環節的日常監管。
（八）稽查處
負責餐飲服務環節食品安全和藥品、醫療器械、保健食品質量監督、化妝品衛生監督的抽檢工作；組織查處餐飲服務環節食品和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品違法行為；依法處置餐飲服務環節食品和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品的安全突發事件；監測藥品、醫療器械和保健食品廣告；指導和監督稽查隊伍和區縣的稽查執法、應急管理、產品召回和案件查處工作。
（九）規劃財務處
擬訂食品藥品監管發展規劃並組織實施；擬定機關和所屬單位財務管理制度並組織實施；組織編制機關和所屬單位的經費預算、決算草案；安排、管理有關項目經費；監管所屬單位國有資產；負責本系統行政事業性收費的監督管理工作；負責所屬單位內部審計工作。
（十）人事教育處
負責機關和所屬單位的機構編制、調配、工資、幹部培訓、職稱、任免獎懲等工作；負責機關和所屬單位人員出國培訓、考察等外事工作；受省局委托組織實施執業藥師考試資格審核、註冊、培訓及繼續教育工作。
機關黨委 負責機關和所屬單位黨群工作。
離退休幹部處 負責機關離退休幹部工作，指導所屬單位離退休幹部工作。
另按有關規定設置紀檢監察機構。