1、幹熱滅菌
適用較少，壹般物品不耐這麽高的溫度，主要對油劑、粉劑進行滅菌。
2、壓力蒸汽滅菌
最成熟的滅菌方式，醫院滅菌的首選，適用範圍廣，滅菌徹底。
3、流通蒸汽滅菌
采用100攝氏度流通蒸氣加熱殺滅微生物的方法，滅菌時間通常為30-60分鐘。該法適用於消毒以及不耐高熱制劑的滅菌，但不能保證殺滅所有芽孢，是非可靠的滅菌方法，現在使用較少。
4、水浴滅菌
壹般用水浴式滅菌器進行滅菌。水浴式滅菌櫃利用過熱循環水作為滅菌加熱載體，對物品進行水淋式滅菌操作。在整個工作過程上，過熱水運行於壹個相對封閉的循環系統。該設備具有熱效高、溫度均勻性、溫度調控範圍寬等壹系列優點。並且有效防止工作過程中的二次汙染，輔以反壓保護措施。該設備能廣泛應用於制藥行業對玻璃瓶裝、安瓿瓶裝、塑料瓶裝、塑料軟袋裝等液體進行高、低溫滅菌操作，同時也適用於食品行業對各種密封包裝、飲用液、罐頭食品進行高、低溫滅菌操作。
二、低溫滅菌
1、環氧乙烷滅菌
穿透力強，滅菌廣，徹底。缺點是環氧乙烷的使用流程均需監控，滅菌後得解析時間長。
2、低溫等離子體滅菌
與上者相仿，但穿透力，滅菌範圍都不及環氧乙烷。優點是滅菌流程無任何汙染物質。
3、低溫甲醛蒸汽滅菌
優點：①安全:整個處理過程完全在負壓下進行 ,不會產生氣體的泄漏 ,而且程序完成時滅菌器的真空泵會將遺留在物品和內室中的甲醛迅速排到下水道; ②快速:滅菌時間需要 30 min ,其通風時間需要 4 h～6 h ,相對來說速度較快; ③經濟:市場上容易獲得甲醛 ,而且價格便宜; ④可靠。
.缺點：①滅菌速度速度 介於環氧乙烷低溫滅菌和過氧化氫等離子體滅菌器之間。②甲醛有毒，盡管目前低溫蒸汽甲醛滅菌器已經完全解決了殘留和排放的問題，但對使用者心裏層面還是有壹定影響。
三、輻照滅菌
制藥行業常用。穿透力強，操作簡便，速度快，可在常溫下滅菌，輻射劑量適當，不會破壞藥品的有效成分，亦不會對人產生傷害，且有滅菌後較長時間控制細菌的再增殖等優點。