1，汙染問題。
早些年食品容易出現添加劑和農藥殘留的問題，但隨著我國對食品添加劑和農藥使用監管力度的不斷加強，這類有害化學物質在食品中的汙染率不斷下降。但由於生態破壞和環境汙染，食品流通日益廣泛，細菌耐藥性加強，食品原料被毒素汙染的可能性越來越大。壹方面，傳統的食品汙染問題繼續存在，如細菌毒素藏匿潛伏、農藥汙染、寄生蟲汙染等；另壹方面，發達國家壹系列新的食品汙染問題在中國同樣突出，比如中國多個省份大腸桿菌疫情嚴重，出口中國的蔬菜、奶粉中存在福島核電站泄漏的輻射粒子。
2.食品生產和銷售過程中存在的問題。
壹些不法分子非法使用食品添加劑和非食品原料生產加工食品，如上海大型超市的地溝油、染色饅頭、毒大米、毒豆芽等。另壹方面，中國現有食品行業的整體質量仍處於較低水平。衛生保障差的手工作坊和家庭加工方式在食品加工中仍占有壹定比例。很多員工沒有接受過健康檢查，食物來源也不是通過正規渠道獲得的。加工環境和加工過程沒有衛生保障，存在很多安全隱患。許多食品經營單位小而亂，壹些企業在食品采購、儲存、運輸過程中過量使用防腐劑和防腐劑。還有壹些經營者銷售假冒偽劣食品和過期變質食品。還有的在小城鎮和校園周邊兜售“三無”食品和假冒偽劣食品，嚴重危害城鄉居民和未成年人健康。
3.檢測水平低，跟不上時代的需要。
我國的食品安全檢驗檢測機構分布在很多政府部門，很多部門從事同壹種管理。切入點和管理方式基本相似，使得本已稀缺的資源更加捉襟見肘，影響了食品安全的監管和威懾力。在國外，新的快速、靈敏的檢測方法，如基因探針、聚合酶鏈反應等分子生物學技術，已應用於食源性致病菌的檢測，而在國內，主要應用於研究單位，並未真正應用於實踐。
4.食品安全保障隊伍素質有待提高。
食品生產、經營、管理機構中既懂食品安全專業知識的技術人員短缺，食品生產部門、各類農貿市場、食品市場管理機構中既懂宏觀管理又懂專業知識、能為消費者保證食品安全衛生的技術人員也短缺。社會對食品安全專業人才需求很大，但高校相關專業萎縮消亡，缺乏高素質的食品安全研究和檢驗隊伍，科技成果和技術儲備嚴重不足。鑒於此，無法為食品安全技術相關法律和標準的制定提供科學依據，缺乏監測網絡和實驗室分析手段。這樣下去，食品安全問題只會越來越嚴重，最後很可能壹發不可收拾。