衛生監督所跟食品藥品監督管理局的區別是監督範圍不同，主要職責不同，機構職能不同。
壹、監督範圍不同
衛生監督所：衛生監督所的監督範圍包括食品安全風險監測範圍、職業衛生和放射衛生監管、公***場所和生活飲用水監督抽檢、學校衛生和傳染病防治監督。
食品藥品監督管理局：食品藥品監督管理局的監督範圍包括食品、藥品、醫療器械、化妝品的監督管理。
二、主要職責不同
衛生監督所：對所轄區內的企業、事業單位貫徹執行國家的衛生法令、條例和標準的情況進行監督和管理，對違反衛生法規並造成危害人體健康的情況，進行嚴肅處理。
食品藥品監督管理局：負責起草食品安全、藥品、醫療器械、化妝品監督管理的法律法規草案，擬訂政策規劃，制定部門規章。
負責制定食品行政許可的實施辦法並監督實施。負責組織制定、公布國家藥典等藥品和醫療器械標準、分類管理制度並監督實施。負責食品藥品安全事故應急體系建設，組織和指導食品藥品安全事故應急處置和調查處理工作，監督事故查處落實情況。
三、機構職能不同
衛生監督所：衛生監督所是加強衛生管理的重要手段，各級衛生監督機構是主要的衛生監督管理執行機構，各級衛生行政部門是衛生監督的具體責任部門。衛生監督工作通過監督檢查等手段來實施。
食品藥品監督管理局：食品藥品監督管理局加強食品安全制度建設和綜合協調，完善藥品標準體系、質量管理規範，優化藥品註冊和有關行政許可管理流程，健全食品藥品風險預警機制和對地方的監督檢查機制，構建防範區域性、系統性食品藥品安全風險的機制。
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