醫院可以開展化學合成藥物、微生物和生化藥物、中藥和中藥現代制劑、新藥制劑的研究開發和主要品種生產技術的技術創新。近年來，國家美國食品藥品監督管理局、科技部等部委先後在我院設立了藥物制劑國家工程研究中心、國家(上海)新藥安全性評價研究中心、國家藥包材研究檢測中心、國家醫藥工業信息中心等4個國家級中心。目前，我院擁有與國際接軌的科研設施和標準。
二是成為全國醫藥行業科研人才的重要聚集地和輸出源。
中國工程院院士2人，享受國務院特殊津貼專家71人，國家新藥審評專家12人。我院是藥學壹級學科博士學位授予權，具有藥學各學科博士培養資格，向社會輸送研究生500余人。2000年2月起，與上海交通大學共建上海交通大學藥學院。目前，我們學校有200多名研究生。
第三，許多科研成果促進了中國醫藥工業的發展。
我院先後獲得國家科技發明獎14項、國家科技進步獎14項、上海市省部級獎勵300余項。在國內申請專利300多項，授權專利98項，獲得新藥證書248個。科研成果產業化轉化率達到95%以上。
第四，高科技企業集團初步形成。
我院作為科技型醫藥企業集團，擁有上海現代制藥股份有限公司、上海醫學工程學院制藥股份有限公司等控股公司，其中以我院為主發起人和其他四家發起人的上海現代制藥股份有限公司於2004年6月成功上市(股票代碼600420)，成為具有較強市場號召力的公眾公司。
上海醫藥工業研究院立誌成為國家和上海醫藥工業科技創新基地，將形成產學研壹體化的高科技醫藥企業集團。