⒈制膠緩沖體系對電泳的影響？
在SDS-PAGE非連續電泳中，制膠緩沖液采用Tris-HCL緩沖體系，濃縮膠pH為6.7，分離膠pH為8.9；電泳緩沖液采用Tris-甘氨酸緩沖體系。在濃縮凝膠中，其pH環境呈弱酸性，所以甘氨酸解離很少，在電場作用下遊動效率低；而CL離子含量很高，兩者之間形成低電導率區，蛋白質分子在兩者之間遊動。由於電導率與電場強度成反比，在這壹區域形成的電壓梯度較高，壓力較大的蛋白質分子聚集在壹起，凝結成壹個狹窄的區域。當樣品進入分離凝膠後，由於凝膠中的 pH 值升高，呈堿性，甘氨酸大量離解，遊動速度加快，直接跟隨氯離子遊動，同時由於分離凝膠孔徑變窄，在電場的作用下，蛋白質分子按照其固有的帶電性質和分子大小被分離出來。
所以，pH值對整個反應體系的影響至關重要，實驗中在排除其他因素的情況下仍然不能很好地解決問題，應該首先考慮這個因素，當然，其他因素也可以從多方面考慮。
如何處理樣品？
根據樣品分離的目的不同，主要有三種處理方法：還原 SDS 處理、非還原 SDS 處理和還原 SDS 加烷基化處理。
1) 還原 SDS 處理：在樣品緩沖液中加入SDS和DTT（或β-巰基乙醇）後，蛋白質構象解離，電荷中和，形成SDS和蛋白質結合的分子，電泳時只按分子量分離。壹般電泳是這樣處理的，將樣品稀釋到適當濃度，加入上樣緩沖液中，離心，在沸水中煮沸5min，再離心加入樣品。
2）烷基化還原 SDS 處理：碘乙酸胺的烷基化可以很好地長時間牢固地保護 SH 基，得到較窄的條帶；另外碘乙酸胺可以截留過量的 DTT，防止銀染的紋理現象。
3）非還原 SDS 處理：將樣品稀釋至適當濃度，加入樣品緩沖液中，用沸水煮沸 5min，然後離心加入樣品。>3）非還原 SDS 處理：生理體液、血清、尿素等樣品，壹般只用 1%的 SDS 在水中煮沸 3min，不加還原劑，因而蛋白質折疊不被破壞，不能作為分子量的測定。
3、SDS-PAGE電泳凝膠中各主要成分的作用是什麽？
聚丙烯酰胺的作用：丙烯酰胺又為蛋白質電泳提供載體，它的凝固與否直接關系到電泳的成敗，與凝固促進劑和環境密切相關；
凝膠緩沖液：凝膠的濃度選擇pH6.8，分離凝膠選擇pH8.8，選擇Tris-HCl體系，TEMED配合AP催化劑，催化單、雙丙烯聚合成聚丙烯酰胺。TEMED四甲基乙二胺，催化劑，加速AP的催化作用；十二烷基硫酸鈉（SDS）：陰離子去汙劑，作用有四：給蛋白質去電荷，解離蛋白質間的氫鍵，取消蛋白質分子內的疏水作用，使多肽脫折。
提高SDS-PAGE電泳分辨率的方法是什麽？
聚丙烯酰胺充分聚合可提高凝膠的分辨率。建議的做法：凝膠在室溫下凝固後，可在室溫下放置壹段時間再使用。避免立即使用或 4 度冰箱放置，前者容易導致凝膠凝固不充分，後者容易導致 SDS 結晶。壹般凝膠可在室溫下保存 4 天，SDS 可水解聚丙烯酰胺。
小心 "笑臉"（兩邊翹中間凹）形帶的成因？
主要是凝膠中間部分凝固不均勻造成的，多見於較厚的凝膠。
處理方法：等到完全凝固後再進行後續實驗。
選擇 "皺眉"（兩邊向下中間鼓起）形帶的原因？
主要是在蛋白質垂直電泳槽中，壹般兩板底部間隙氣泡沒有消除幹凈。
處理方法：在兩板間加入適量緩沖液，消除氣泡。
為什麽會出現拖帶？
主要是樣品融化不良或分離膠濃度過高造成的。另外，可能是灌膠時分離膠過多導致濃縮膠很少，起不到濃縮的作用，沒有把樣品壓成壹條線。
處理方法：加樣前離心；選擇合適的樣品緩沖液，加入適量的樣品溶劑；電泳緩沖液過長，重新配制；降低凝膠的濃度；灌膠時分離膠不要過度濃縮。
為什麽條帶會出現紋理？
主要是樣品中的不溶性顆粒造成的。
處理方法：加入樣品前離心；加入適量的樣品前溶劑。
μ什麽是 "鬼帶"，如何處理？
"鬼帶 "是指在運行中具有復雜構象的大分子蛋白質分子，常出現在泳道頂部（有時在濃縮凝膠中）的大分子未知帶或加樣孔底部的沈澱物，主要是由於還原劑在加熱失活過程中被氧化，導致原有蛋白質分子解離重折疊結合而亞基重聯。主要原因是還原劑在加熱過程中被氧化，失去活性，導致已解離的蛋白質分子重新折疊，與取代基重新結合，聚合成大分子，分子量比目標條大，有時無法進入分離凝膠。但它具有與目標條帶相同的免疫活性，這可以從與目標條帶對應的抗體的 WB 反應中看出。
處理：加熱煮沸後，加入適量的DTT或β-巰基乙醇，補充不足的還原劑；或加入適量的EDTA，防止還原劑被氧化。
球鞋 為什麽溴酚藍不能作為指示劑？
我們經常會遇到這樣的現象：溴酚藍從板底流出來了，但蛋白質沒有流下來。這主要與緩沖液和分離膠的濃度有關。
處理方法：更換pH值正確的緩沖液；降低分離膠的濃度。
為什麽電泳條帶很粗？
電泳帶很粗是常見現象，主要是濃度不夠造成的。
處理方法：適當增加濃縮膠的長度；確保濃縮膠貯存液的pH值正確（6.7）；適當降低電壓；
應用形式 為什麽電泳電壓很高，電流卻很低？
初學者容易出現這種現象。例如，電壓在 50v 以上，但電流卻在 5mA 以下。主要是因為電泳槽裝配不正確，電流沒有形成通路。包括：a.內外槽裝反；b.槽外液體太少；c.電泳槽底部的絕緣體未拆掉（如用膠皮澆膠）。
處理方法：正確裝配電泳槽即可。
濃縮膠與分離膠斷裂，板間有氣泡，對電泳有影響嗎？
這種情況主要發生在初學者，壹般對電泳影響不大。前者主要是由於梳子拉得不均勻或用力過猛造成的；後者則是由於制膠的夾子擡起後，板子沒有壓緊，空氣進入板子造成的。
上膠時間不對，不是慢就是快，怎麽辦？
壹般情況下，膠水凝膠時間在 30 分鐘-1 小時之內。如果太慢，可能是由於膠水已從板上脫落。如果凝膠太慢，可能是 TEMED、APS 劑量不夠或失效。APS 應即用即溶，TEMED 不穩定，易被氧化成黃色。如果凝膠速度過快，可能是 APS 和 TEMED 用量過多，凝膠過硬易裂，電泳時容易燒焦凝膠。