學校由上海第壹醫學院（現復旦大學上海醫學院）創建於1956年，原名重慶醫學院，1985年更名為重慶醫科大學，是國務院學位委員會首批批準的具有博士、碩士學位授予權的單位，是教育部首批批準的國家公派出國留學示範基地。
2015年，成為重慶市人民政府、國家衛生健康委員會（原國家衛生計生委）和教育部共建高校****，2016年，成為首批獲得 "高等學校學科創新引智計劃"（"111計劃"）認定的地方高校之壹。2016年，成為首批立項的地方高校之壹。
重慶醫科大學國家級特色專業
1、臨床醫學
培養掌握醫學基礎知識、基本理論和基本臨床技能，具有較強的實踐能力和終身學習能力，能從事臨床醫療、教學、管理等工作的高級醫學專門人才。臨床醫學專業畢業生就業面廣，適應性強，可在醫學科研部門、高等院校、各級醫療衛生部門和大中型醫院從事科研、教學和醫療工作。
2、醫學檢驗
本專業學生主要學習基礎醫學、臨床醫學、醫學檢驗的基本理論知識，接受醫學檢驗操作技能的系統訓練，具備臨床醫學檢驗和衛生檢驗的基本能力。本專業學生可在各級醫院、醫學科研機構、血站、疾病預防控制中心、體外診斷試劑研發與生產、商檢、環保、海關檢疫等部門，從事醫學檢驗和醫學實驗工作。
3.藥學
培養熟悉國家藥事法規，具備壹定的藥學基礎知識，具有系統的藥學理論知識和實踐技能，能在高等院校從事藥學教育、科研、生產、流通、使用和監督管理工作，在醫藥企業、藥品研發機構、藥品生產和流通企業從事科研、生產、流通、監督管理工作的綜合性藥學人才。包括醫藥企業、藥品研究開發機構、藥品監督管理機構、醫院藥房、社區藥房。
4、護理
培養在各級醫療衛生單位從事護理工作的高素質護理人才。就業方向包括醫學院校等大中型醫院、疾病預防控制機構、社區衛生服務機構、涉外護理機構等。主要從事臨床護理、社區護理、護理教育、護理管理等工作。