根據主要職責，國家發展改革委設26個職能機構(司、局):
(1)辦公廳。
負責會議組織、報文運行、檔案管理、保密、秘書事務和政務信息，以及財務、資產管理、安全等行政事務；負責電子政務和信訪工作的組織實施。
(2)政策研究室。
負責起草重要文件和發布信息；組織研究經濟社會發展、改革開放和國際經濟的重大問題。
(3)發展規劃部。
研究提出國民經濟和社會發展戰略建議，規劃生產力布局；提出國民經濟和社會中長期發展、總量平衡和結構調整的目標和政策；提出推進城鎮化的發展戰略和重大政策措施；編制國民經濟和社會發展中長期規劃，組織協調經濟社會發展專項規劃和區域規劃。
(4)國民經濟綜合部。
分析研究國內外經濟形勢，進行宏觀經濟預測和預警，提出維護國家經濟安全的對策和建議；組織研究提出國民經濟和社會發展年度計劃，包括年度總量平衡、結構調整和重要商品平衡的目標和政策；提出促進經濟增長、增加就業、穩定物價、保持國際收支平衡等宏觀調控目標，以及運用各種經濟手段和政策的建議；擬訂和協調國家重要物資儲備計劃。
(5)經濟運行局(國務院減輕企業負擔部際聯席會議辦公室)。
監測和分析交通行業經濟運行形勢，組織解決交通行業經濟運行中的重大問題，研究提出交通行業經濟運行的政策建議；組織重要物資的應急調度和運輸協調；提出動用國家物資儲備的建議；管理國家藥品儲備；承擔國務院減輕企業負擔部際聯席會議的日常工作。
(6)綜合經濟體制改革司。
研究經濟體制改革和對外開放的重大問題；組織編制綜合經濟體制改革規劃，協調相關專項改革規劃；提出推進經濟體制改革和完善社會主義市場經濟體制的建議。
(7)固定資產投資部。
監測和分析全社會固定資產投資情況，研究提出固定資產投資的總規模、結構和資金來源，提出全社會固定資產投資的調控政策；提出投融資體制改革的建議；安排國家出資的建設項目和重大建設項目。
(8)產業政策司。
研究分析產業發展形勢，組織制定綜合性產業政策，組織協調制定專項產業政策，監督產業政策的實施；提出國家鼓勵、限制和淘汰的產能、技術和產品的指導目錄；研究服務業發展戰略和重大政策，協調服務業發展；提出優化產業結構、所有制結構和企業組織結構的政策建議。
(九)利用外資司。
研究國際資本動態，監測分析我國利用外資形勢，提出利用外資戰略，研究協調有關重大政策；負責全口徑外債的總量控制、結構優化和監測；提出利用外資計劃、國際金融組織和外國政府貸款計劃以及規模以上備選項目；咨詢有關部門擬定外商投資產業指導目錄；安排規模以上重大外資項目；提出境外投資的戰略、總量、結構、外匯使用規劃和政策；安排境外資源開發和大型外匯投資項目。
(10)地區經濟司(國家應對氣候變化對策協調小組辦公室)。
組織制定區域經濟發展規劃，提出區域經濟發展政策；協調土地改良、開發、利用和保護政策，參與編制水資源平衡和保護規劃、生態建設和環境整治規劃；協調區域經濟發展，指導區域經濟合作，協調經濟特區和開放地區的重大問題；制定“老”、“少”、“邊”、“窮”地區的經濟發展計劃和以工代賑計劃；承擔國家應對氣候變化協調小組的日常工作。
(11)農村經濟司。
研究農業和農村經濟發展的重大問題；提出農村經濟發展戰略和農村經濟體制改革建議；銜接平衡農業、林業、水利、氣象等發展規劃和政策。
(12)能源局(國家石油儲備辦公室)。
研究國內外能源開發利用情況，提出能源發展戰略和重大政策；擬訂能源發展規劃，提出有關體制改革的建議；實施石油、天然氣、煤炭、電力等能源管理；管理國家石油儲備；提出節能和發展新能源的政策措施。
(13)交通部。
研究交通發展形勢，提出交通發展戰略、規劃和體制改革建議；制定促進交通技術進步的政策，對交通現代化進行宏觀指導。
(14)行業司(國家履行禁止化學武器公約領導小組辦公室、稀土辦、鹽業管理辦公室)。
分析工業發展，研究新型工業化發展戰略；擬訂主要行業的規劃和產業政策，提出有關體制改革的建議，對工業現代化進行宏觀指導；指導制定行業技術法規和行業標準；指導引進重大技術和重大成套設備的消化創新；組織和協調《化學武器公約》的國家執行工作；承擔稀土產業發展的相關工作；負責鹽業管理。
(15)高技術產業司。
研究高新技術產業和產業技術發展趨勢，提出高新技術產業發展和產業技術進步的戰略、規劃、政策、重點領域和相關建設項目；提出支持關鍵技術產業發展的政策，組織研究開發能夠帶動和促進國民經濟素質提高的重大產業化示範工程和重大成套設備；組織推動技術創新和產學研結合，促進國民經濟新產業的形成。
(16)中小企業部。
研究中小企業和非國有經濟發展的有關問題，促進各種所有制企業公平競爭和發展；研究提出支持中小企業發展的政策和具體措施，加大對中小企業發展的宏觀指導和支持力度；引導和促進中小企業對外合作，完善中小企業服務體系；協調解決中小企業和非國有經濟發展中的問題。
(十七)環境與資源綜合利用司。
研究解決經濟、社會、環境和資源協調發展中的重大問題；提出資源節約和綜合利用的政策；編制資源節約和綜合利用規劃，參與環境保護規劃的編制；組織協調環保產業相關工作，依法組織協調推進清潔生產；組織協調相關重大示範工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用。
(十八)社會發展部。
提出社會發展戰略，制定和協調社會發展規劃和年度計劃；協調人口、文化、教育、衛生、體育、廣播電影電視、旅遊、政治、法律和民政等方面的發展政策；協調社會事業發展和改革的重大問題。
(十九)經濟貿易司。
監測和分析國內外市場行情，負責重要商品的總量平衡和宏觀調控；編制重要農產品、工業品和原材料進出口總量計劃，監督計劃執行，並根據經濟運行情況調整進出口總量計劃；管理國家儲備糧棉，指導和監督國家定購、儲存、輪換和投放；提出現代物流業發展戰略和規劃，協調流通體制改革中的重大問題。
(20)財政和貨幣事務部。
研究分析全社會資金平衡情況；研究財政政策、貨幣政策和財政金融體制改革，分析財政政策、貨幣政策的執行情況，提出建議；提出直接融資的發展戰略和政策建議；參與確定證券發行的總規模、結構和投向；研究提出企業債券發行總額和資金投向。
(21)物價部門。
監測和預測價格總水平的變化，提出價格總水平的調控目標、調控政策和價格改革建議；起草商品價格和收費的法規；制定重要商品的價格和收費政策並組織實施；提出價格管理的範圍、原則和方法；制定和調整中央管理的商品價格和收費標準；組織重要農產品的成本調查。
(二十二)價格監督檢查部門。
指導價格監督檢查工作，組織實施價格檢查，依法處理商品價格和收費的違法行為和案件；承辦中央部門、省級人民政府和中央企業價格違法案件的審理；起草價格監督檢查的行政法規和規章，按規定受理價格處罰的復議案件和申訴案件。
(二十三)就業和收入分配部。
研究就業、居民收入分配和社會保障狀況，提出就業規劃，提出促進就業、調節收入分配、促進社會保障與經濟協調發展的政策；組織制定和論證相關體制改革方案，協調解決相關重大問題。
(二十四)法規司。
組織起草相關法律、行政法規和規章；負責有關法律、行政法規和規章實施情況的調查研究；負責相關的行政復議和行政應訴。
(25)外事司。
負責國家發展改革委與國際組織、外國政府和機構的合作；協助有關部門推進重大涉外項目，開展國際經濟研究；負責委員會的日常外事工作。
(26)人事部。
按照管理權限，負責委機關和直屬單位的幹部管理和人事工作。
機關黨委。負責委機關、國務院及直屬單位的黨群工作。
保留國民經濟動員辦公室、重大項目稽察特派員辦公室和國家物資儲備局。
這是壹個權力很大的部門。它掌管壹切。