改革開放以來，伴隨著經濟體制改革和行政管理體制改革的深化，事業單位改革也在不斷推進，已經在部分行業和某些地方取得了重要進展。黨的十壹屆三中全會至今，我國事業單位改革大體經歷了四個階段：
第壹階段：1978年黨的十壹屆三中全會到1992年黨的十四大。這壹階段主要是撥亂反正，恢復社會事業，適當下放各類事業單位的管理權，大多數事業單位實行行政首長負責制，行政首長對本單位有經營管理權、機構設置權、用人自主權和分配決定權。1985年3月，中央下發了《關於科學技術體制改革的決定》，科技體制改革全面展開。科研事業單位改革主要是改變許多研究機構與企業相分離，研究、設計與教育、生產相脫節以及軍民分割、部門分割、地區分割的狀況，促進研究機構、設計機構、高等學校與企業之間的協作和聯合。按照《決定》，從事技術開發的研究機構，有的逐步發展成為經濟實體，有的在聯合的基礎上並入企業，有的自我發展為科研生產型的企業，或者成為中小企業聯合的技術開發機構。在科研事業單位改革的同時，同年4月，國務院批轉了衛生部《關於衛生工作改革若幹政策問題的報告》，對衛生事業單位改革提出了要求：擴大衛生機構自主權，實行院、站、所長負責制；發展集體衛生機構，鼓勵和支持集體經濟組織、城鎮和街道組織舉辦醫療衛生設施，支持個體開業行醫，村壹級衛生機構可以由集體經濟組織舉辦，也可以承包給鄉村醫生和衛生員集體舉辦，也可以由衛生院下鄉設點。5月，中央又下發了《關於教育體制改革的決定》，決定對教育事業單位進行改革：有步驟地實行九年制義務教育，基礎教育由地方負責、分級管理；調整中等教育結構，大力發展職業技術教育；改革高等學校的招生計劃和畢業生分配制度，擴大高等學校辦學自主權。之後，中辦、國辦又轉發了文化部《關於藝術表演團體改革的意見》，對文化事業單位改革作出了部署。在上述文件的指導下，從1985年開始，我國事業單位改革在科研、衛生、教育、文藝等領域陸續展開。
第二階段：1992年黨的十四大到2002年黨的十六大。1993年，黨中央印發的《關於黨政機構改革的方案》和《關於黨政機構改革方案的實施意見》中明確提出，事業單位改革的方向是實行政事分開，推進事業單位的社會化。各級黨政機關尤其是中央和省級機關要減少對事業單位的直接管理，有條件的事業單位要下放；打破部門所有制和條塊分割，拓寬事業單位的服務領域，使事業單位成為面向全社會提供服務的獨立法人，促進事業單位與經濟建設相結合；鼓勵集體、企業、個人和各種社會力量興辦事業單位；事業單位在職能、人事制度、工資制度、管理體制等方面，都要與黨政機關區別開來。事業單位按照經費的不同來源分為三類：壹是經費自收自支的，享受企業的各項自主權，實行企業化管理；二是由國家實行差額補助的，政府在管理上適當放活；三是國家全額撥款的，其數量和規模從嚴控制。這期間，事業單位的改革，結合黨政機構改革同步進行。在此基礎上，1996年，中辦、國辦印發了《中央機構編制委員會關於事業單位改革若幹問題的意見》。這是黨和國家就事業單位改革下發的第壹個專門文件。文件提出了事業單位改革的指導思想和目標，以及事業單位改革的具體措施：合理劃分黨政機關與事業單位職責，行政管理職責原則上交歸行政機關，黨政機關分離出來的壹些輔助性、技術性工作由事業單位承擔；遵循“區域覆蓋”和就近服務的原則，按照區域經濟和社會公益事業發展的要求，對事業單位的設置進行統籌規劃；中央和省市所屬事業單位，主要為所在地服務的，下放給所在地管理；積極發展既為社會主義市場經濟所急需又在經費上實行自收自支或企業化管理的事業單位，壓縮不適應國民經濟和社會發展需要的事業單位。按照這壹文件，主要從事生產經營活動但作為事業單位管理的事業單位，原則上改為企業；壹些實行企業化管理可以主要由市場引導資源配置的應用技術開發單位等，並入企業或改辦為科技先導型企業。為了使事業單位改革有可供遵循的具體政策，這期間黨中央、國務院下發了壹系列具體文件，主要有：1998年7月，國務院印發了《關於調整撤並部門所屬學校管理體制的決定》，國辦轉發了教育部等部門《關於調整撤並部門所屬學校管理體制的實施意見》；1998年12月，國辦轉發了國務院機關事務管理局、中央編辦《關於深化國務院各部門機關後勤體制改革意見》;1999年2月，國務院轉發了科技部、中央編辦等5部門《關於國家經貿委管理的10個國家局所屬科研機構管理體制改革的意見》；1999年4月，國辦轉發了國土資源部、中央編辦、體改辦《地質勘查隊伍管理體制改革方案》;1999年8月，中辦、國辦下發了《關於調整中央國家機關和省、自治區、直轄市廳局報刊結構的通知》；1999年8月和2000年5月，國辦分別下發了《關於清理整頓經濟鑒證類社會中介機構的通知》、《關於經濟鑒證類社會中介機構與政府部門實行脫鉤改制意見的通知》； 2000年2月，國辦轉發了教育部等部門《關於調整國務院部門（單位）所屬學校管理體制和布局結構實施的意見》； 2001年8月，中辦、國辦轉發了中宣部、國家廣電總局、新聞出版總署《關於深化新聞出版廣播影視業改革的若幹意見》。所有這些文件，對各類事業單位的改革都提出了具體政策，事業單位改革分領域不斷推進。
第三階段：2002年黨的十六大至2007年黨的十七大。黨的十六大報告進壹步強調：“按照政事分開原則，改革事業單位管理體制”；十六屆三中全會提出“繼續推進事業單位改革”；四中、五中全會進壹步提出“加快推進事業單位分類改革”。按照這些精神，各省區市都選擇了壹些領域和若幹地市開展分類改革的綜合試點。這期間，有9個省、區、市出臺或研究擬定了分類改革方案，13個省、區、市對事業單位進行了摸底調查和清理整頓，7個省、區、市對事業單位進行了模擬分類，13個省、區、市推進了改革試點工作，其中進展較快的省、區、市已完成試點。各地開展事業單位分類改革綜合試點的主要做法有：合理劃分政事職責，把事業單位承擔的行政職能劃歸行政機關，把機關承擔的壹些輔助性、技術性、服務性職能交給事業單位；推進事業單位社會化，建立事業單位法人登記制度，鼓勵支持事業單位實行橫向聯合，變事業單位由國家舉辦、靠國家花錢為“花錢買服務”；對重復設置、業務相近、規模過小、任務已完成或嚴重不足的事業單位予以撤銷或合並，將主要從事生產經營活動的事業單位轉制為企業，部分具有行政職能的事業單位並入行政機關。這期間，文化事業單位改革試點成為事業單位改革的壹個亮點。從 2003年7月開始，在黨中央、國務院的領導下，在中央文化體制改革試點工作領導小組的具體指導下，在全國9個地區和35個單位進行了文化體制改革試點。試點將文化事業單位分為公益性和經營性兩類，前者以增加投入、轉換機制、增強活力、改善服務為重點，後者以創新體制、轉換機制、面向市場、壯大實力為重點。經過試點，文化事業單位的體制機制有了較大突破，壹大批事業單位通過改革煥發了生機與活力。2005年底，黨中央、國務院下發了《關於深化文化體制改革的若幹意見》，文化事業單位改革全面推進。在從2003年開始的農村配套改革的鄉鎮機構改革中，把鄉鎮事業單位改革作為壹個重要方面，結合鄉鎮行政機構壹並進行改革。
第四階段：2007年黨的十七大至今。黨的十七大要求進壹步深化事業單位的分類改革。十七屆二中全會通過的《關於深化行政管理體制改革的意見》對深化事業單位改革提出了具體要求，明確“按照政事分開、事企分開和管辦分離的原則，對現有事業單位分三類進行改革。主要承擔行政職能的，逐步轉為行政機構或將行政職能劃歸行政機構；主要從事生產經營活動的，逐步轉為企業；主要從事公益服務的，強化公益屬性，整合資源，完善法人治理結構，加強政府監管。推進事業單位養老保險制度和人事制度改革，完善相關財政政策”。按照十七大和十七屆二中全會的要求，事業單位改革繼續深化。在國務院的領導下，有關部門在廣泛深入的調查研究的基礎上，抓緊起草深化事業單位改革的總體方案和配套改革措施。為了探索經驗，2008年國務院決定在山西、上海、浙江、廣東、重慶進行事業單位改革試點。文化事業單位改革整體推進，各地在已取得成效的基礎上，改革繼續擴大範圍，深入發展。為了推動改革，2008年10月國辦印發了《關於文化體制改革中經營性文化事業單位轉制為企業和支持文化企業發展兩個規定的通知》，明確了改革的配套政策措施。到2008年底，全國333個地級市中，開展文化事業單位改革的已達117個。2009年，對出版社進行改革，全國出版社除保留4家外，全部轉企改制為企業；雜誌社的轉企改制工作也逐步展開。多年來，衛生事業單位改革壹直沒有停止。在新農合和城市社區衛生服務機構基本健全後，2009年4月黨中央、國務院下發了《關於深化醫藥衛生體制改革的意見》，提出醫藥衛生體制改革堅持公***醫療衛生的公益性質，實行政事分開、管辦分開、醫藥分開、營利性和非營利性分開，以建立健全覆蓋城鄉居民的基本醫療衛生制度，切實緩解“看病難、看病貴”的問題。深化醫藥衛生事業單位改革要完善公***衛生服務體系、醫療服務體系、醫療保障體系、藥品供應保障體系，著力抓好基本醫療保障制度、國家基本藥物制度、基層醫療衛生服務體系、基本公***衛生服務均等化、公立醫院等五項重點改革。2010年2月，衛生部、中央編辦、發改委、財政部、人力資源和社會保障部聯合下發了《關於印發公立醫院改革試點指導意見的通知》，決定在各省、區、市已經分別選擇1－2個城市（城區）進行公立醫院改革試點的同時，國家選16個有代表性的城市進行公立醫院改革試點。