1、因工傷、交通事故計劃生育手術所產生的費用（上取環、人流、結紮、引產等）、打架鬥毆、自殺自殘、服毒（精神病除外）、酗酒、犯罪行為、戒毒治療而發生的費用 ；
2、安裝人工器官、器官移植的各種器官源或組織源、近視眼矯正手術、氣功、音樂和保健性營養療法、磁療、各種美容、健美（減肥、增胖、增高等）項目費用；
3、不孕不育、變性手術、試管嬰兒、性功能障礙及淋病、梅毒等性傳播疾病所產生的費用 ；
4、家庭病床的醫藥費用、就醫交通費、陪護費、營養費、夥食費、空調費、取暖費、掛號費、醫療器械損壞賠償費、壹次性潔具費、自購藥品費、出診費、院外會診費、遠程會診費、自請外地（外院）專家手術費、檢查治療加急費、各種優質優價特需服務費 ；
5、發票遺失、資質醫療憑證費用 ；
6、患者當年未參合或患者所在家庭沒有整戶參合的；
7、應當從工傷保險基金重支付的、在國內大陸境外就醫的。
新農合報銷流程：
醫療費用實行現場報銷，由定點醫療機構按規定在收費時進行減免，醫院按月對減免情況進行公布，接受群眾監督。門診醫藥費用報銷僅限鄉村兩級定點醫療機構，縣及縣以上定點醫療機構門診醫藥費用不予以報銷。住院縣內不實行轉診制度，到縣級以上定點醫療機構住院實行轉診制度。
綜上所述，新農合不能報銷的情況有非因疾病而產生的治療費用；超過報銷時間的；因違法行為而致使自身住院治療的；不是在新農合定點醫院就診的。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第二十四條
國家建立和完善新型農村合作醫療制度。
新型農村合作醫療的管理辦法，由國務院規定。
第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第三十條
下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍：
（壹）應當從工傷保險基金中支付的；
（二）應當由第三人負擔的；
（三）應當由公***衛生負擔的；
（四）在境外就醫的。
醫療費用依法應當由第三人負擔，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三人追償。