既然硝化菌那麽重要，那該如何培養呢？其實，最簡單的方法就是使用他人用過的過濾棉，將其在自己的缸中搓洗，藉著搓洗的動作好讓硝化菌順利附著在新的缸中，或者也可以向他人購買已經使用壹陣子的陶瓷環、生化球，擺在自己的過濾槽中。但是如果沒有朋友有養魚，建議可以購買市售的硝化菌液，不過市售的硝化菌液品質參差不齊，有部分信譽良好的公司會販售真的處於休眠狀態的硝化菌，而部分公司則是販售硝化菌的”營養液”，讓您缸中的硝化菌得以快速的生長，不過這種”營養液”對於新設立的缸是沒有多大用處的，購買時請千萬註意，建議可以購買知名廠牌的硝化菌，可能較有保障。
硝化菌的培養並非壹蹴而就，最需要的是時間的等待，讓其順利在您缸中慢慢建立，並且穩定下來。所以在其建立之前，任何過量的魚只排泄物或是殘餌，都壹樣會因為硝化菌數量不足，無法完全分解而殘害缸中的生物。壹般建議，設缸前的八周 內不要放魚，時間過後，可試著放入壹條小魚，或是壹個蛤讓其在缸中生長，不過此段時間餵食也盡量少，如果此時有水質測試劑可以測試最好，看亞硝酸鹽是否為零 ，如果為零則表示硝化菌已經將具有毒性的亞硝酸鹽給分解了。若是沒有測試劑則可以靜觀其生長，如生長相當順利，則慢慢的可以添加魚只進去 ，逐步培養健全的硝化菌；但是如果蛤或小魚死亡請不要放魚，這代表缸中的硝化系統尚未建立完全，連蛤或小魚的排泄物都無法分解，更不用說是其他大量的觀賞魚了。蛤、小魚死亡後也不用將其撈出，任其腐爛藉以繼續培養硝化菌。此時的硝化菌在缸中，因為有足夠的氧氣以及廢物供其分解，理論上會成長到壹定的數量，這需要視您提供的濾材表面積的 大小來決定，如果您能提供相當大面積的濾材讓硝化菌附著，則應該可以培養相對多數的硝化菌來為您工作。養魚如果能以足夠的大面積來培養硝化菌，理論上所能負載的廢物處理量也會更多， 也就是過濾面積越大的缸子，理論上能在同壹空間裏飼養較多的魚，或者能夠使缸中的水質狀況更穩定。