1.僅能報銷醫保目錄費用
在目錄內的治療費才能報銷。甲類藥按比例報銷，乙類藥部分自付，丙類全自付，進口特效藥都不報。
2.賠付金額有限制
大部分城市都有最高保額的限制，有的城市最高30萬，額度的限制對於很多人來說，解決不了高昂醫療費用的問題。
3.報銷比例有限制
目前沒有哪個地方的醫保可以100%報銷。
4.異地就醫不方便
在非本人定點醫療機構就醫的不報銷;在大陸地區之外治療不報銷。
國家醫保目錄內藥品：（甲類和乙類合計）2860種，占比為1.84%，醫保目錄以外藥品（丙類）151523種，占比為98.16%。
甲類藥（614種，醫保報銷100%）
國家統壹指定，臨床必須的，使用廣泛的的同類藥物價格相對較低的藥物，使用這類藥物所發生的費用，使用這類藥物所發生的費用，100%納入醫保。
註意：實報實銷，還要根據所在地的醫療機構等級對應的報銷比例，進行報銷。
乙類藥（2219種，醫保報銷65%~90%）
國家統壹指定、可供臨床治療選擇的，同類藥物價格比甲類藥品高，使用這類藥物所發生的的費用納入醫保報銷範圍，醫保報銷壹定比例，自費壹定比例。（各地統籌不同，比例不同）
註意：實際報銷，還要再根據所在的醫療機構等級對應的報銷比例，進行報銷。
丙類藥（151523種，醫保不報銷，100%自費）國家醫保報銷範圍之外的，需完全自費。
丙類藥多為保健品用藥、進口抗癌藥、靶向藥、新型特效藥等，主要用於治療各種重大疾病。病人若所患的是重大疾病，如惡性腫瘤等，甲乙類藥物療效不如丙類藥物時，醫生會根據病人病情和經濟情況考慮使用丙類藥物。
國家壹直在持續完善醫療保障制度，目前，我國基本醫保參保人數13.6億人，參保率穩定在95%以上。住院費用跨省直接結算已經覆蓋全國所有省份、各類參保人員和主要外出人員。
第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。法律依據
《中華人民***和國社會保險法》 第二十九條 參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。