益母草可以說是女性的朋友，在女性子宮和月經不調方面可謂是 "術業有專攻"。但是只要是作為壹種藥物，但是對於益母草的副作用也是要引起人們的高度關註的，因為益母草雖然有很多的功能，但是它在某些方面還是存在著弊端的，比如益母草中含有微毒，在動物身上的實驗就導致了動物的死亡。
而且益母草雖然在產後對子宮收縮的效果很好，但是益母草有孕婦流產的潛在危機，傳聞有實驗者拿兔子做實驗，而益母草確實造成了兔子流產，所以不建議孕婦食用益母草。
雖然益母草可以用來治療女性的很多婦科疾病，但是在對小白鼠進行試驗的時候，卻意外發現益母草居然可以促進乳腺癌的生長，而且因為沒有準確的信息可以證實，所以益母草和乳腺癌之間的關系，沒有人可以直接講清楚明白。
益母草還容易引起過敏反應，患者會出現胸悶、皮膚發紅、呼吸急促等癥狀。過量服用益母草膏會出現腹瀉、腹痛等癥狀，據傳益母草還有腎毒性。
動物實驗表明，益母草可引起大鼠腎間質輕度炎癥和少量纖維組織增生，腎小管輕度脂肪變，臨床上也有人因食用益母草而導致急性腎功能衰竭的報道。
關於益母草的禁忌在使用益母草之前是需要註意壹些問題的，比如在月經期間是不適合使用益母草的，因為益母草具有活血的功效，如果在月經期間使用只會加重月經量，這對女性的月經其實是非常傷害的。雖然益母草常被作為產後初期的良藥，但在懷孕期間，孕婦是不可以使用的，因為益母草的有效成分對子宮有興奮作用，會使子宮收縮，對胎兒產生不良影響。
現在市面上有很多益母草的制劑，如益母草膏、益母草顆粒、益母草片等，雖然都是益母草制劑，但它們的功效是不壹樣的，所以在使用這些藥物時，要了解這些藥物的成分，最好在醫生的指導下視病情用藥。
據悉，血虛或腎虛患者用益母草，會傷元氣，不僅不能治病，反而可能加重癥狀。因此，血虛或腎虛的患者不宜食用益母草，尤其是腎虛的患者，臨床上有益母草引起腎衰竭的報道，所以在這壹點上要格外註意。服用益母草藥時，需註意不能與下列藥物同服，不宜與腎上腺素同用。益母草有降壓作用，可減輕甚至逆轉腎上腺素的作用。