食品生產許可證主要針對食品的生產加工環節和生產區域，是針對生產性質的組織頒發的證書，例如從事糕點、豆制品、白酒、乳制品、特殊膳食食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方食品等生產活動的企業法人、合夥企業、個人獨資企業、個體工商戶等，需要由市壹級食品藥品監督局或縣（區）級食品藥品監督局審核辦理。
食品經營許可證則主要針對食品的銷售流通環節和銷售區域，是針對銷售性質的證書，例如飯店、商店、大學超市、冷飲店、面包店等需要辦理食品經營許可證，涉及食品銷售流通的，如個體工商戶、個人獨資企業等也需要辦理，由市場監督管理局下放資質。
兩個證件都需要向當地的市場監督管理局申請辦理，且在有效期內，持證單位或個人必須遵守食品安全法規，保證食品的質量和安全。
辦理食品經營許可證的流程通常包括以下步驟：
1.準備材料。需要準備的材料包括食品經營許可證申請書、營業執照副本復印件、法定代表人身份證復印件、經營場所使用證明（如房屋租賃合同、房屋產權證明等）、食品管理制度復印件（包括食品安全責任制度、食品經營過程與控制制度、食品檢驗制度等）、從業人員健康證復印件等。
2.提交申請。將準備好的材料提交給當地食品藥品監管部門，並按照要求填寫申請表。
3.現場檢查。監管部門收到申請後，會安排現場檢查，檢查內容主要包括經營場所的衛生狀況、設備設施、從業人員健康狀況等。
4.審核發證。監管部門對申請材料和現場檢查意見進行審核，如果審核通過，會頒發《食品經營許可證》。如果審核未通過，監管部門會告知申請人原因，並要求進行整改。
需要註意的是，不同地區可能對所需的具體材料有所不同，因此建議根據當地的具體要求進行準備。
綜上所述，這兩者有著明顯的區別和不同的適用範圍，但都是保障食品安全的重要措施。
法律依據：
《食品經營許可管理辦法》
第二條
在中華人民***和國境內，從事食品銷售和餐飲服務活動，應當依法取得食品經營許可。
食品經營許可的申請、受理、審查、決定及其監督檢查，適用本辦法。