問題1:領導不夠重視。雖然強調依法行政，但往往註重經濟發展，對不直接產生經濟效益的衛生監督執法不夠重視，甚至阻礙限制。衛生監督體制改革滯後於經濟體制改革。
隨著改革開放和市場經濟的快速發展，健康領域的各種經營活動日益活躍，與人民生活密切相關的服務業迅速發展了幾倍、幾十倍甚至上百倍。合資企業和鄉鎮企業遍地開花，與公共衛生相關的產品銷量與日俱增，產生了多層次、多渠道的職業危害和各種傳染病、慢性病。但是，適應當前形勢需要的新的監管體制尚未建立和完善，監督管理力度不強。市場上假藥很多，偽劣產品屢見不鮮，無證經營，不法經營者有之。各種衛生事件、食物中毒和傳染病無法得到有效控制，嚴重威脅著人們的身心健康[]。
問題2:衛生監督職能和權限界定不明確，職能難以有效落實。
2002年，國家調整保健食品監督管理職能，劃歸食品藥品監督管理局管理。2003年，將職業衛生和輻射衛生的監督管理職能分別劃歸安全生產監督管理局和環境保護監督管理局。下壹步衛生監督的執法依據可能缺失[]。職能的多變和不穩定，使得衛生監督職能難以有效實施。
問題三:衛生法律法規與監管體制改革脫節，衛生法律法規和技術標準滯後，衛生法制建設和行政執法發展不平衡。
(1)衛生法制建設不完善，衛生立法滯後於社會經濟發展。
1)衛生法律法規的不完善，衛生立法滯後於社會經濟發展，形成了衛生監督執法的盲區和死角。目前，大部分衛生法規是在20世紀80年代末、90年代初制定的，不能適應社會主義市場經濟快速發展帶來的新問題、新現象，不能達到行政處罰的懲罰和教育目的。
壹些衛生法律法規缺乏具體的實施辦法和細則，違法事實的認定標準和處罰措施不夠明確，缺乏針對性，導致壹些監管工作無法可依。衛生部門與其他執法部門之間的法律責任界定始終不清，往往導致多頭管理、交叉執法，影響衛生監督工作的開展。衛生法律法規與其他涉及衛生領域的相關法律法規之間的匹配性和協調性有待進壹步提高。比如衛生許可審批制度，雖然目前涉及衛生許可審批的制度在很多衛生法律法規中都有明確規定，但都是原則性的規定，缺乏具體規範的許可審批程序和運行機制。特別是建設項目衛生許可的審批，由於沒有必要的審批程序，計委、建委、設計部門的關系沒有理順，壹直處於無人監管的局面。現有的許可審批範圍僅限於生產經營衛生許可證的申請和審批。
2)各種衛生法規自成體系，沒有統壹的執法主體[]
壹方面，各種衛生法規沒有將衛生行政部門設定為執法主體，分別設置和任命衛生監督員。各類監督員的監督職責雖有規定，但不具備綜合衛生監督執法資格，使得各專業具體的衛生監督工作各自為政，無法形成合力，造成人力物力的浪費，嚴重影響公共衛生監督執法效率。比如《食品衛生法》規定，縣級以上人民政府衛生行政部門設立食品衛生監督員，由同級衛生行政部門發給證書；《輻射防護條例》規定，縣級以上衛生行政部門設輻射防護監督員，由省級衛生行政部門聘任。同時規定，必須向省、自治區、直轄市衛生行政部門申請許可；《公共場所衛生管理條例》規定，《衛生許可證》由縣級以上衛生行政部門核發，各級衛生防疫機構負責轄區內公共場所的衛生監督，設立公共場所衛生監督員，同級人民政府頒發證書。這些規定給綜合衛生執法帶來很多不便。另壹方面，個別衛生法規的執行權並不獨立。《學校衛生工作條例》規定，對違反學校衛生工作條例的單位和個人，由衛生行政部門予以警告並限期改進。拒絕或阻礙衛生監督情節嚴重的，可建議教育行政部門給予行政處分或罰款。也就是說，具有行政處罰資格的衛生行政部門，面對這種常見的衛生違法行為，無權獨立行使行政處罰權。監管主體和管理主體的模糊導致監管權和處罰權的分離，影響了法律的可操作性。
3)缺乏現場監督的強制性措施
雖然壹些衛生法律賦予了衛生行政部門取締無照經營者的權力，但在具體操作中卻存在諸多問題。衛生監督執法機關是否有強制執行權，能否查封、扣押、凍結、拍賣、變賣被執行人的財產，沒有具體的規定和明確的程序，導致實際工作中難以操作，導致對違法經營行為打擊不力。
4)與當地政策沖突。
(2)部分衛生技術標準不實用，要求不具體，可操作性差。
目前，中國的公共衛生法規和規範不完善，存在許多差距，在許多方面與國際慣例不接軌。在衛生標準方面，有些衛生標準不切實際，遠遠不能適應社會主義市場經濟發展的需要。壹方面是缺乏衛生標準。有些產品已經在市場上銷售了很多年，但是沒有相應的衛生標準，比如速凍食品。二是缺乏衛生標準，或者說功能性成分，比如褪黑素、甲魚精，沒有相應的成分標準；第三，有些標準和規範不具體，可操作性差，實踐中很難執行。總的來說，只有40%左右的國家標準同等或等效采用國際標準，許多標準低於國際或發達國家標準，其覆蓋面、科學性、規範性和透明度與WTO規則不相適應。
(3)衛生法制建設和行政執法發展不平衡[]
1)衛生法制建設和行政執法發展不平衡，表現在以下幾個方面:壹是立法、執法和執法監督不完善、不協調；二是區域衛生法制建設不平衡。在立法方面，法律法規頒布實施後，壹些配套規章的頒布相對滯後，壹些必要的執法程序沒有建立，導致法律文件的可執行性和可操作性不強，執法行為缺乏規範和約束，甚至出現法律文件頒布後無法執法等問題。
2)在執法上，由於過去分散執法的弊端，執法力量不足。行政機關執法的精力主要用於事前許可和審批，而壹些監督管理的法定職責沒有完全履行；立法和執法存在壹定程度的脫節。客觀上存在“跑馬圈地多，履職少”和“權不責眾”的現象。各級衛生行政機關和相關單位職責不清、權限劃分不清，對衛生執法的監督指導不強，執法中缺位、越位、錯位並存；有些機關在部裏，還是習慣用文字和權力代替法律。他們對權責壹致和如何依法行政的認識有待提高。綜合執法，執法運行機制。執法方式、執法效率、執法隊伍建設都需要在改革中不斷探索和完善。
3)在執法監督方面，執法責任制、錯案追究制、上壹級衛生行政機關執法監督機制尚未完善；不重視管理相對人在執法、行政復議等方面的申訴權、聽證權。，或者工作質量不高；對地方衛生法律法規規定的管理權限缺乏了解和監督。
4)在衛生法制建設的其他方面，主要表現在依法行政意識、法制機構和法制人員素質建設、法制宣傳教育等方面。，與我國衛生監督執法任務和法制建設進程有壹定差距。這些問題的存在嚴重影響了衛生法律的權威和行政權力的有效行使。因此，必須加強衛生行政機關的職能轉變和依法行政。
結構子模塊:組織因素
問題四:衛生監督財政投入不足，執法經費來源結構不合理，通過收取費用補充人頭費現象普遍。
(1)公共衛生尤其是衛生監督的財政投入嚴重不足，衛生監督機構經費短缺。
衛生監督的性質是代表國家進行監督，衛生監督執法工作屬於政府的行政職能，既不允許競爭，也不引入市場機制。特別是隨著社會的發展和人民生活的提高，衛生監督監測工作的服務範圍和相關質量標準的要求也相應增加，無形中增加了工作的成本和支出。因此，經費問題是決定衛生監督工作能否正常開展的關鍵。
然而，目前政府對公共衛生的投入嚴重不足，用於公共衛生監管的資金甚至微乎其微。根據雲南省的調查[]，壹個監督員每年監督管理約158個被監督單位，405名職工。但目前雲南省大部分地區沒有衛生執法專項經費，大部分工作經費由服務收入支付。在壹些地方，“創收”甚至成為衛生監督的主導因素。
衛生監督體制改革後，衛生監督機構經費由地方財政撥付和保障，但目前各級財政投入存在明顯差異。如果財務收入稍微好壹點，正常人頭費還是可以按時到位的。如果地方財政不景氣，正常的人頭費都不能按時撥付，更不用說它的業務經費了。相當壹部分單位還在為事業單位的發展發愁。目前，壹些地方出現了經費逐步減少、“斷糧斷奶”的現象，使得正常的衛生監督和工作無法開展。在經濟欠發達地區，地方財政赤字現象普遍存在。在給衛生監督綜合預算時，更換或增加設備、進行基礎設施建設困難，嚴重制約了衛生監督檢驗的發展。衛生監督員的工資收入相對較低。根據2002年對南京市江浦縣的調查，衛生監督的財政投入嚴重不足，人均支出為每人每年654.38+0萬元，連職工的正常工資都不夠，長期下去會影響人員的穩定。此外，由於衛生執法投入不足，預防性衛生監督往往不執行或取消。
(2)衛生監督執法經費來源結構不合理，通過收取費用補充人頭費現象普遍。
衛生監督體制改革後，衛生監督的性質是代表國家監督，衛生監督執法工作屬於政府的行政職能，既不允許競爭，也不引入市場機制。衛生監督資源配置的主體應該是國家。但目前衛生監督機構的經費來源由三部分組成:壹是財政撥款，二是衛生監督機構的辦證費，三是從疾控中心撥付的壹部分。這種結構讓疾控中心認為，既然我撥了壹部分經費給妳，妳的衛生監督所就要為我收不到監測費負責，造成了監測費不分的現象。為了彌補經費不足，衛生執法機構不得不開展有償服務，導致有償工作多，有償工作少或沒有。這種情況嚴重違背了公共衛生監督執法的根本宗旨，影響了衛生執法的公正性和嚴肅性[]。
與衛生監督執法類似，當前政府行政執法部門辦公經費短缺，普遍存在亂收費、補人頭費的問題。這對衛生行政執法和日常衛生監督監測起到了積極的補充或保障作用，但其負面作用不可低估。例如，部分省、地、縣三級衛生機構(原衛生防疫站)未實行真正意義上的全額預算撥款，政策性生活補貼、保健津貼、福利、基金、公積金等支出均來源於“有償服務”。少數縣級政府還公然將衛生監督機構改為差額預算單位，直接導致這些單位為了生存而試圖增加收入，片面追求經濟效益，扭曲了執法機關的公正性和形象。在這種政策導向下，“權錢交易”的現象屢見不鮮。出現了重視審批、忽視監管、重視收費、忽視工作質量、“重視人”、忽視發展的惡劣局面。壹些地方甚至出現“降低經濟任務指標”、“上下級爭地”、亂收費等嚴重情況。它不僅增加了相對人的經濟負擔，也敗壞和影響了政府的聲譽和形象。也是衛生監督質量下降和行業不正之風的重要根源[]。
問題五:衛生監督機構與質監、環保、工商部門各自為陣，交叉執法，協調配合不力。
衛生監督執法機構與政府相關職能部門之間缺乏協調，執法工作條塊分割，嚴重制約了衛生監督執法的正常實施。行政執法部門很多，技術監督局和環保局與衛生監督執法關系密切。這兩個部門是綜合管理部門，主要負責國家頒布的產品質量法和環境保護法。這兩部法律的外延非常大，有些與衛生法律法規重疊。如何處理這種交叉的執法關系，值得研究。
(1)部門間矛盾
表現為協調性差；相互扯皮和推諉的情況有所增加；合作互相沖突，工作效率降低。在部門或單位之間影響員工的工作積極性，從而使部分員工對改革產生疑慮和不滿。
(2)質量技術監督部門加強市場監管後，衛生監督人員有“逐漸失位”之憂[1]
壹方面，質量技術監督部門自行垂直管理後，對市場商品的監管逐步加強。他們的監督頻率明顯增加，特別是對市場上的食品和衛生產品。無論是平時還是重大節日前，他們都能積極監督、取樣、檢測。甚至在我們衛生監督員監督抽檢時，被監督單位甚至提出“質監部門都來過了，還需要抽檢嗎？”問題。另壹方面，他們加大行政處罰力度，經常邀請其他執法部門和媒體、人大、政協參加檢查監督活動，經常在媒體上報道自己部門的工作，公布商品質量檢驗結果，通報壹些違法行為，擴大了自己部門在社會上的影響，提高了公眾的信任度。此外，他們還跨越“保護區”作戰。例如，壹些質監部門在夏季對市場上的純凈水取樣後，要求當地衛生防疫站為他們檢測衛生指標。在被婉言拒絕後，他們將他們送往其他地方進行檢查，並在當地報紙上公布其結果，而不顧其結果的科學性和其行為在程序法上的合法性。此外，長期以來，法院、公安、工商等部門對衛生監督機構的支持力度不大，導致衛生監督人員擔心“失位”。
(3)軍地執法權限不清。
軍隊衛生監督管理應由軍隊歸口管理，但壹些地方衛生監督部門仍越權監管軍隊有償服務單位，特別是在食品和飲用水衛生、滅鼠滅蠅等方面。軍隊衛生工作受軍隊和地方雙重監管，監管關系沒有完全理順。
合成子模
問題六:衛生監督體制改革不徹底，執法主體沒有解決，機構設置不到位。
衛生監督體制改革的背景和目的:幾十年來，我國衛生監督和疾病預防控制機構以衛生防疫站為主體，但隨著社會的發展，特別是隨著我國社會主義市場經濟體制的建立和依法治國基本方略的確立，這壹體制的弊端逐漸顯現。這種模式集執法、科研、技術服務於壹體，政事不分，淡化了衛生監督的執法屬性，削弱了衛生監督的執法力度；衛生監督與有償技術服務不分，衛生監督隊伍分散，難以形成監督合力，行政效率低下。衛生監督體制改革是衛生系統落實依法治國方略、推進依法行政的重要舉措。按照依法行政、政事分開、綜合治理的原則，調整衛生資源配置，理順和完善現有衛生監督體制，建立結構合理、運轉協調、行為規範、程序清晰、執法有力、工作高效的新型衛生監督體系，有效改變原有多頭執法帶來的弊端，樹立衛生行政執法的整體社會形象。
但是，到目前為止，衛生監督體制改革並不徹底、徹底:壹是少數地方把衛生防疫站的原牌子換成了衛生監督站和疾控中心兩塊牌子，兩個單位的法定代表人還是壹個人，沒有進行實質上的改革；二是衛生監督執法經費的財政保障沒有落實，壹些單位不得不另謀生存，影響了衛生監督執法工作的開展；三是衛生監督所(中心)性質不明確，是獨立法人和事業單位，但不能獨立承擔法律責任。只是同級衛生行政部門的執行機構，大部分衛生行政部門和衛生監督機構不在壹起辦公，工作運行不方便。壹個完整的處罰程序實施後，還要經過衛生行政部門七八次的審批蓋章，暴露出衛生監督執法活動和審批蓋章的弊端，仍然存在執法主體和執法環節。
(1)衛生監督機構的性質還有待明確，國家衛生行政執法的性質還沒有體現出來，衛生監督執法的主體問題還沒有解決。
5438年6月+2000年10月，衛生部發布《關於衛生監督體制改革的意見》，將衛生監督職能與疾病預防控制職能分離，成立專門機構承擔衛生行政執法和疾病預防控制職能。並明確“衛生監督所是本轄區同級衛生行政部門的執行機構，依照國家法律法規行使衛生監督職責”。
1)行政執法效率沒有體現。衛生執法主體的變化，由法律直接授權變為衛生行政機關委托執法。法律授權衛生防疫站執法，因被授權單位具有執行行政事務和承擔工作的雙重性質而影響執法公正，顯然不符合行政執法原則。而衛生行政機關委托衛生監督所執法，衛生監督所成為行使行政執法權的專門機構。然而，這種執法主體的性質並不符合行政執法高效的原則，其在執法實踐過程中的效力也遠不及法律直接授權的效力。究其原因，壹是行政機關對委托的含義理解不同，所以不同地區，甚至是改革前後的同壹事業單位，委托權限也不同。這種權限範圍的變化造成了執法工作的不平衡，讓執法者覺得委托隨意，不嚴肅，從而對執法工作造成不利影響。第二，衛生監督所雖然也是我國法律規定中的主要行政部門，但畢竟是二級行政主體。衛生行政部門作為委托機關，對《行政處罰法》第十八條“委托行政機關對受委托組織實施行政處罰，應當負責監督，並對該行為的後果承擔法律責任”有不同理解。那種認為“責任監管”就是行政幹預的思維，使得執法者無法獨立行使執法權，對其進行了幹擾。
而且，由於對這種“委托”的理解不同，在各地衛生監督體制改革的實際操作中，衛生監督機構的性質往往定位為事業單位。
2)衛生監督執法主體沒有解決。雖然成立了衛生監督所，但它只是衛生行政部門在行政執法上的執行者和辦公室。它既不是行政事業單位，也不是衛生技術服務機構。其性質仍為事業單位，尚不具備獨立執法資格。換句話說，現行的衛生監督體制仍然是衛生機構行使衛生行政部門的行政執法職能。現在的執法部門不管叫防疫站還是監督站，都沒有改變其機構性質，整體執法的行政性無法體現。
3)執法主體與執法隊伍分離現象依然存在。執法主體與執法隊伍分離，嚴重影響執法效果。根據國家行政執法的指導思想，行政法規將逐步移交給行政單位實施。但目前衛生監督員基本在衛生防疫站或衛生監督站，即執法主體是衛生行政部門，而執行機構仍在衛生防疫站和衛生監督站，具有事業單位性質。這種執法主體和執法隊伍的分離，不符合國家行政執法的整體思路，也不利於工作，造成工作環節多，職責不清。
4)政事之分依然存在。大多數衛生監督機構在運行過程中，仍然沿用衛生防疫站采取的政事分開的管理方式，既是衛生法規的執行者，又是業務技術的指導者和最終結果的批準者。行政執法原則沒有得到準確體現，衛生行政部門與監督所的關系沒有完全理順，管理層級和環節過多，工作存在壹定的隨意性，行政效率受到影響。
(2)各地衛生監督機構多種多樣，機構名稱、級別和內設部門缺乏統壹性和規範性。
1)名稱不壹致:四級衛生監督機構名稱不嚴謹、不統壹。國家衛生監督中心；省級的有的叫衛生監督所，有的叫衛生監督局，有的是省衛生廳衛生監督局，有的是省衛生監督所，等等；市縣兩級有衛生監督所、衛生監督中心、衛生監督局、衛生執法大隊，既不嚴肅，也不統壹。作為對外執法機構，為了樹立對外形象，需要統壹名稱。
2)級別不統壹:目前衛生監督體制改革的地方，省級壹般是縣級，地市級有正、副、正三級，縣級有正、副、股三級。壹些地方監督機構的級別低於監察機構，不利於充分發揮監督對監察的指導作用，也不適應行政執法的需要，從而影響機構建設和隊伍穩定。
3)內設機構不壹致:有的將醫療預防保健納入綜合執法，有的按專業劃分，有的按職能劃分，因此需要規範內設機構，便於綜合執法。
基層衛生監督局(所)在建立部門時，往往遵循傳統模式，即分為綜合執法科和綜合執法室。綜合執法科負責傳染病衛生監督、食品衛生、工作場所衛生、勞動衛生、學校衛生、放射衛生等。管轄範圍內的相關單位。但由於專業繁雜，任務繁重，衛生監督工作不具有方向性和系統性，有可能導致重視微觀個體，忽視宏觀群體的不正之風。同時，辦公室壹般由非專業人員組成，日常工作復雜，難以承擔業務性、政策性、法規性較強的衛生監督監測任務。而行政領導往往花費大量的時間和精力在協調處理上，效果卻並不好。
4)權力的非獨立性:近年來，工商、質量技術監督、藥監、安監等部門相繼實行垂直領導管理。但在現行衛生監督體制下，上級衛生監督機構只對下級衛生監督機構實施業務領導，人事權、財權受制於地方黨政，衛生監督執法難以抵制地方幹預，執法的公正性有時難免打折扣。
(3)衛生監督機構職能不明確，各地衛生監督機構職權範圍不壹致，監督與檢測分工模糊。
各地衛生行政部門對《關於衛生監督體制改革的意見》的指導思想、目標和基本原則理解不壹，對如何建立結構合理、運轉協調、行為規範、程序清晰、執法有力、工作高效的衛生監督新體制看法不壹。衛生監督監測職責不明確:壹是衛生監督機構職權範圍不壹致。有的地方包括公共衛生監督執法、傳染病防治管理、醫療監督、婦幼衛生監督、血液安全監督和各類衛生技術人員執照，有的地方只是原衛生防疫站的公共衛生監督職能；二是衛生監督與監測分離後，具體分工不明確。比如現場監控誰來做？誰將進行實地取樣？以及檢測費，還有很多矛盾。有些地方為了調和，健康證的發放和檢測報告的評價還是由檢測機構來做。在操作過程中，各地的責任設置方式不同，歸納起來主要有兩種方式:壹是監督執法與服務收費完全分離，即衛生監督部門負責監測計劃和出具健康證，疾控中心負責抽檢、培訓、體檢和收費。二是執法監督和技術服務沒有完全分開，即衛生監督所負責監測計劃、培訓和發放健康證，並陪同疾控中心寫采樣單和檢驗單，疾控中心負責采樣、體檢和收費。造成這種差異的原因有:首先，認為采樣是法律賦予衛生監督員的職責，而疾控中心工作人員沒有這個崗位，所以不能單獨采樣；二是財政撥款不足使得兩個單位內部調劑，造成抽檢費用仍然依賴監管的現象。
(4)造成目前公共衛生管理中設備、人力等衛生資源的重復配置。
由於工作職能不清、內容交叉，以及經濟創收的需要，目前公共衛生管理中不可避免地存在衛生資源的浪費。壹是重復投入，比如硬件設施和儀器設備的配置，為了應對現場監測，衛生部將大量儀器納入了監督機構的規範，同時為了產生經濟收入，各級監督部門也趁機進行配置，而疾控中心本身的設備和功能已經具備了這種能力，但兩個機構的工作無法有效協調，造成了資源的浪費。二是因為現在的衛生防病系統是從原來的衛生防疫站分離出來的，壹項工作原來由壹個單位承擔，現在由兩個機構分別承擔。由於人手不足，部分地區招聘了非專業技術人員，有限的專業人員因工作需要從事行政管理，技術力量相對不足，造成人力資源浪費。