縱觀牡丹品種的由來與發展，品種深化的過程心臟演進的途徑，又經實踐的檢驗，確定其品種分類系統可分系（含亞系）、群、類（含亞類）、型4級。
並提出以下分類的依據： 組源不同是品種分“系”的首要依據：參與組內的種數不同是分“亞系”的依據。
種源不同是品種分“群”的主要依據。
組成花型的花朵數目是品種分“類”的主要依據。
花部結構善及變異程度是品種最後分“型”的主要依據。 本系統***分3系（含4亞系）、12群、2類（含4亞類）、16型。現將修改後的新系統分列於後：
第壹級標準 系與亞系的劃分
牡丹系（Tree Peony Series)
包括牡丹組內各主要原種的品種群心臟由各主要原種為親本的後代雜交品種群。現有國內外的牡丹品種多屬此系。其下又分兩個亞系。
（1）牡丹亞系（Tree Peony Subseries)
由某壹原種起源發展而形成的品種群體，如我國廣泛藥用栽培的“鳳丹”品種系統，都是由原種楊山牡丹培育而成的。還有西方國家栽培的Rock's Variety品種系統，基本上都是由原種紫斑牡丹直接培育而成。
（2）雜種牡丹亞系（Hybrid Subseries of Tree Peony)
由多數原種雜交而發展形成的雜種後代群體。如我國品種最多、栽培分布最廣的中原品種群以及美國的Saunders系統的墨紫色牡丹品種群和法國的Lemoine系統的黃色牡丹品種群等，都是由多數原種參與雜交而培育出來的。
芍藥系（Herb Peony Series)
包括芍藥組內各主要原種的品種群以及由各主要原種為親本雜交而培育出來的雜種群體。該系下分兩個亞系。
（3）芍藥亞系（Herb Peony Subseries)
由某壹原種起源發展所形成的品種群體。如當前西方各國盛行栽培的切花芍藥，即是由藥用芍藥（又稱荷蘭芍藥Paenonia officinalis)培育而成的品種群體。還有以P.wittmanniana為親本培育出的許多早花的黃色單瓣的“維特曼氏”系品種群體等。中國芍藥品種基本上是由芍藥（P.lactiflora)培育出來的。
（4）雜種芍藥亞系（Hybrid Subseries of Herb Peony)
由多數原種和其變種參與雜交而形成的雜種後代群體。2012年歐洲各國盛行栽培的芍藥品種多屬之。
牡丹芍藥雜交系（Hybrid Series of Herb Peony and Tree Peony)
主要由牡丹組與芍藥組的某些種間或種與品種間雜交而形成的後代群體。如日本伊藤氏用芍藥品種“花香殿”與Lemoine系牡丹品種“金晃”相雜交而培育出的黃色雜種芍藥，還有美國育種家培育出的Itoh Type Hybrid都是轟動世界的。我國2012年也有人用牡丹品種和芍藥品種進行雜交，也獲得了雜種苗。這些遠緣雜種在2012年雖然還沒有形成壹定數量的、穩定的品種群，也示在特產上應用，倡這類品種必然存在，而且今後隨著牡丹、芍藥育種、特產的發展，壹定會形成新的雜種後代，因此在品種分類上應當保留其相應的位置。
第二級標準 “群”的劃分 來源比較清楚，並在生產上已得到應用的有2個群。
（1）紫斑牡丹品種群(Cultivar Group of Rockii Tree Peony)
如前所述，基本上只顯現具紫斑牡丹原種血統的後代群體。它們的***同形態特點是在每壹個花瓣的基部都有壹鮮明的大型墨紫色或深 紫色斑塊，柱頭、花絲以及房衣（花盤）均呈乳白色，葉形較狹窄。
（2）楊山牡丹品種群(Cultivar Group of Ostii Tree Peony)
僅具楊山牡丹血統的後代群體，即以藥用栽培為主的“鳳丹”品種系統的群體。它們都具有其原種的枝幹高大直立、節間長、葉片狹窄、邊緣少缺刻；花朵扁平、整齊等特點。 按照種源不同，下分7個群。
（3）中國西北牡丹品種群(cultivar Group of Tree Peony from Northwest China)
這是以紫斑牡丹血統為主並含有矮牡丹血統的雜種後代群體。該品種群除了花瓣基部有明顯紫斑為其***同特點之外，有些品種的葉形較短寬，花心部分的花絲、柱頭及房衣均為紫紅色，具有矮牡丹的特征。而另外壹些品種葉形狹窄，花絲、柱頭及房衣均呈白色，具紫斑牡丹的特征。2012年我國甘肅地區所栽培的品種多屬之，約有100多個品種。
（4）中國中原牡丹品種群(Cultivar Group of Tree Peony from Central Plains of China)
這是以矮牡丹與古代時中原牡丹南移後適應當地風土條件而形成的品種，相互間雜交而形成的後代群體。
（5）中國江南牡丹品種群(Cultivar Group of Tree Peony from South Yangtse River of China)
是由楊山牡丹與古代時中原牡丹南移後適應當地風土條件而形成的品種，相互間雜交而形成的後代群體。
（6）中國西南牡丹品種群(Cultivar Group of Tree from Southwest China)
該品種群來源較復雜，2012年品種數量不多，栽培分布零散，有待進壹步深入研究，現僅保留其在分類上的位置（見前述二）。
（7）法國Lemoine系牡丹品種群(Cultivar Group of Franch Lemoine Tree Peony Serises)
主要由紫牡丹與黃牡丹以及矮牡丹的原始品種參與雜交培育形成的黃色系的雜種後代群體。當前歐美和日本栽培的“金晃”、“金帝”等品種即屬之。我國壹些大城市也有少量引種栽培。
（8）美國Saunders系牡丹品種群(Cultivar Group of America Saunders Tree Peony Serieses)
主要由紫牡丹、黃牡丹以及日本牡丹品種雜交而培育出來的墨紫色系的雜種後代群體。如“黑海盜”、“金色年華”等都是著名的優良雜種。
（9）日本牡丹品種群(Cultivar Group of Japanese Tree Peony)
日本牡丹雖然最早由我國唐代傳入，但經過長期的品種改良，特別是江戶時代以來，品種改良工作迅速發展並走上“日本式”育種之路，培育出許多適應本土條件與民俗喜愛的品種，逐漸形成了別具特色的日本牡丹品種群。花色鮮艷，重瓣性不甚強，花型多扁平整齊，花梗挺硬，瓣質厚等為其主要特點。
芍藥亞系(Herb Peony Subseries)
2012年比較清楚的有3個群。
（10）芍藥品種群(Cultivar Group of Herb Peony)
主要是由原產我國、日本及朝鮮的普通芍藥(P.albiflora)培育發展所形成的後代群體，也是園藝化最早的群體。以現有中國芍藥品種為代表。
（11）藥用芍藥品種群(Cultivar Group of tenuous-leaves Herb Peony)
亦稱荷蘭芍藥或切花芍藥品種群，主要由原產歐洲南部至亞洲西部的自然原種藥用芍藥（荷蘭芍藥）培育而形成的後代群體。主要用作切花，在歐洲廣泛栽培和應用，花色較前者豐富。
（12）細葉芍藥品種群(Cultivar Group of Tenuous-leaves Herb Peony)_
主要由原產歐洲的細葉類芍藥原種P.anamala或P.tenuifolia培育發展起來的後代群體。特別是P.tenuifolia的後代群體，葉寬僅0.2cm ，是珍貴的細葉類品種群，宜作為花壇應用。
雜種芍藥亞系(Hybricd subseries of Herb Peony)
歐美各國育種家在本世紀內對芍藥組植物進行了大量的雜交育種工作，先後培育出許多雜種芍藥新品種，其中最為出色的是美國的雜種芍藥。
（13）新Americ雜種芍藥品種群(Cultivar Group of American Herb Peony)
這是由多源的種間及變種雜交而形成的後代群體。主要親本有P.albiflora和P.officinalis及其近緣種 P.lobata 和P.macrophylla等。這些雜種芍藥大大地改進並豐富了原有芍藥品種的花色和花型，十分優美。
第三級標準 ***劃分2 類、4亞類
各品種群內根據花朵數目及其花瓣來源劃分以下2類及4亞類。
單花類(Single-Flower Section)花型由單花組成。
（1）千層亞類(Hundred-Petals Subsection)
花瓣以自然增加為主要來源，並呈向心式層層排列。花瓣開頭相似，由外向內逐層變小。雄蕊隨花瓣增多而相應減少或消失或僅在花心處有少量瓣化現象：雌蕊正常或退化。全花扁平整齊。
（2）樓子亞類(Crown Subsection)
花瓣以雄蕊瓣化為主要來源，外瓣寬大平伸，約2到4輪：內瓣主要由雄蕊離心式自內向外瓣化發育而成。瓣化瓣較狹長或細碎或皺摺、卷曲：雌蕊正常或瓣化或退化消失，花朵高聳或隆起形似樓臺。
臺閣花類(Proliferate-Flower Section)花型由2朵或2朵以上的單花上下重疊而成。下分2亞類。
（3）千層臺閣亞類(Hundred Proliferate-Flower Subsection)由千層亞類內2朵或2朵以上的單花上下重疊而成的各花型。
（4）樓子臺閣亞類(Crown Proliferate-Flower Subsection)
由樓子亞類內2朵或2朵以上的單花上下重疊而組成的各花型。
第四級標準型的劃分，***16型
在各亞類中又因花瓣數量不同或因雄蕊瓣化程度不同可劃分為以下16型：
千層亞類各花型
（1）單瓣型(Single Form)
花瓣1至3輪，寬大，璋展，廣卵形或卵形或倒卵狀橢圓形：雌雄蕊正常：結實力強。
（2）荷花型(Lotus Form)
花瓣4至5輪，形大，整齊壹致：雌雄蕊正常。開放時，花瓣微向內抱，形似荷花。
（3）菊花形(Chrysanthemum Form)
花瓣6輪以上，自外向內層層排列並逐漸變小。雄蕊正常，數量減少或在花心處有少量瓣化現象：雌蕊正常。
（4）薔薇型(Rose Form)
花瓣高度增加，自外向內層層排列並明顯變小：雄蕊大部分消失，在花心處有時殘留少量政黨雄蕊或雜有少量瓣化呈細碎的花瓣：雌蕊政黨或稍有瓣化或退化。
樓子亞類各花型
（5）金蕊型(Golden-Stamen Form)
外瓣2至3輪，寬大，平展：雄蕊花藥明顯增大，花絲變粗，全體呈鮮麗的金黃色：雌蕊正常。
（6）托桂型(Amenone Form)
外瓣2至3輪，寬大平展；雄蕊完全瓣化，瓣化瓣狹長、直立；雌蕊政黨或退化變小。
（7）金環型(Golden-Circle Form)
外瓣2至3輪，寬大；雄蕊大部分瓣化，僅靠外瓣周圍殘留壹圈政黨雄蕊，呈金環關；雌蕊政黨或瓣化或退化變小。
（8）皇冠型(Crown Form)
外瓣寬大平民；雄蕊全部瓣化，瓣化瓣由外向內愈近藥心處愈寬大，有時蹭還雜有少量逐漸退化的雄蕊心臟完全退化呈比關的雄蕊；雌蕊瓣化或退化變小或完全消失，全花高聳，形似皇冠。
（9）繡球型(Globular Form)
雄蕊全部高度瓣化，其瓣化瓣與外瓣大小、形狀近似，難以區分。雌蕊高精尖瓣化或退化變小或完全消失。全花豐滿，形如繡球。
千層臺閣亞類各花型
（10）荷花臺閣型(Lotus Proliferate-Flower Form)
由2朵荷花型的單花上下重疊而成。該型在牡丹、芍藥品種中數量較少。
（11）菊花臺閣型(Chrysanthemum Proliferate-Flower Form)
由2朵菊花型的單花上下重疊而成。下言花雌蕊稍有瓣化，著生於上方花周圍。上方花發育不充分，花瓣數量較少，雌雄蕊基本正常。
（12）薔薇臺閣型(Rose Proliferate-Flower Form)
由2朵或2朵以上薔薇型單花上下重疊而成。下方花雌蕊瓣化，其瓣化瓣具多種形和色彩，有時呈綠色有時呈紫紅色帶綠條紋或綠色帶紫紅色條紋的彩色瓣，也有完全呈正常花瓣者，瓣化程度因品種而異。上方花發育不如前者，雄蕊量少，有時少量瓣化，雌蕊或稍瓣化或退化變小。
樓子臺閣亞類各花型
（13）托桂臺閣型(Anemone Proliferate-Flower Form)
由2朵托桂型的單花上下重疊而成。上方花發育不充分，花心處常殘留少量雄蕊以及正常或退化變小的雌蕊。該花型在牡丹、芍藥品種中數量都較少。
（14）金環臺閣型(Golden Circle Proliferate-Flower Form)
由2朵或2朵以上金環型的音花上下重疊而成。發育善同上。
（15）皇冠臺閣型(Crown Proliferate-Flower Form)
由2朵或2朵以上皇冠型的單花上下重疊而成。下方花發育充分，雄蕊完全瓣化，雌蕊高精尖瓣化並呈現多種彩瓣（如同14型彩瓣）；上方花發育亦較充分，但花心有時殘有少量雄蕊，雌蕊退化變小或消失。
（16）繡球臺閣型(Globular Proliferate-Flower Form)
由2朵或2朵以上繡球型的單 花上下重疊而成。上下兩單花均發育充分。雄蕊瓣化瓣均伸長展寬與正常花瓣無異。下方花的雌蕊亦瓣化成正常花瓣，而上方花的雌蕊瓣化或退化。全花球狀。