食藥監改革，可謂近年從中央到地方最為關註的行政體制改革之壹。自1998年啟動的新中國成立以來最大的壹次行政體制改革，原國家經貿委下屬的國家醫藥管理局，合並衛生部的藥政司，再吸收國家中醫藥管理局的部分機構，成立了國家藥監局開始。17年經歷4次改革，每屆人代會都涉及。
這次改革，國家藥監局實行省以下垂直管理，目的是打破地方保護，形成全國統壹監管，取得了壹定成效。需要補充的是，其時的國家藥監局尚未負責食品安全。本輪改革最徹底，也最迅速，從上自下都形成了統壹權威的藥監局。
2003年啟動的機構改革方案，國家藥監局加掛“食品”二字，變身為國家食品藥品監督管理局，是國務院直屬單位。值得註意的是國家食品藥品監督管理局雖加了“食品”兩字，但是這次只負責協調衛生、質監、工商及農業的食品監管，並不具體參與食品監管。
2007年，因國家食藥監局首任局長原局長鄭筱萸案及前後壹系列的藥害事件，在2008年3月的大部制改革中，國家藥監局被劃入衛生部，成為衛生部管理的國家局。
這次改革帶來的重要影響是，當年11月，國務院辦公廳發文，取消了推行八年之久的食品藥品垂直監管體系，調整為屬地分級管理負責，業務接受上級主管部門和同級衛生部門的組織指導和監督。這次改革各地五花八門，有取消藥監局並入衛生局的，有單立的，時間開始拖得比較長，直到2012年有些地方也沒有改，仍然垂管，而壹些地方已經在開始探索“市場監管局等三局合壹”模式了。
2008年發生的三鹿奶粉三聚氰胺事件，則醞釀成全國性的食品安全危機，其後續影響是2009年2月，幾易其稿的《食品安全法》發布，從法律上明確了分段監管和綜合協調相結合的體制。在當時的壹些業內人士看來，出臺《食品安全法》是領導層希望通過更為嚴厲的法律以緩解食品安全問題，但是形勢並未得到徹底扭轉。
此後，食藥監管走上集中權力之路，2010年國務院發文宣布，成立食品安全監管總協調機構，名為國務院食安委，下設辦公室，正部級，具體承擔日常工作。但是這次改革基層就更亂了，如北京市餐飲監管並沒有劃入食藥監部門，湖南長沙市也是如此。
此後，中國仍頻發食品、藥品安全事故，食品這壹燙手山芋各部門之間互相推諉。壹些專家認為原因在於中國食品安全監管機制不合理，即多部門、多環節管理的“5+1”模式，參與監管的主要涉及6個部門：農業部負責農產品的種植，質檢總局負責生產環節，工商總局負責流通環節，而食藥監局負責消費環節，衛生部則管標準制定和風險評估。還有諸如商務負責酒類監管，鹽業負責鹽務管理，國務院食安辦負責綜合協調。
“分段監管造成的結果是責任界定模糊不清，導致在壹些領域需要真正負責任時卻相互推諉。”來自食藥監系統的壹位資深人士透露。
2013年的壹次行政體制改革，國家食藥監局從衛生部門劃出，升格為國家食藥監總局，從副部級升為正部級，是國務院直屬部級機構。
這次調整，質檢總局的生產環節監管、工商總局的流通環節監管職責被整合進食藥監總局，上述兩局相應的監督隊伍和檢驗檢測機構也隨之劃轉食藥監總局。重新回到三局分段管理前由衛生部門下屬的防疫站監管食品衛生的模式，十五年改革壹切回到原點，我有幸全部經歷。調整後，國內具體涉及食品安全的主要部門是：農業部、衛計委和食藥監總局，監管權力變得更為集中統壹。當然這次食安法仍沒有將鹽務納入監管。
值得壹提的是，自1998年以來的四輪食藥監體制改革，均是自上而下的運行軌跡，國家層面最先啟動，接著是省級，再到市、縣。每輪改革五年壹次，往往上壹輪的舉措在壹些基層還未完全實施到位，下壹輪改革在上層又已開始。
“1998年國家藥監局組建以來，食藥監管始終在改革，也始終有反復，而改革中的反復，對監管影響比較大。”這輪改革全國變得更加“異彩紛呈”，突出的是縣級“三合壹”、“二合壹”“五合壹”等綜合執法改革，這種改革壹定程度上削弱了食品藥品監管能力。2016年2月，國家食藥監總局局長畢井泉曾介紹：“全國有30個省、自治區和直轄市，70%的市和30%的縣整合了食品和藥品監管職能，成立了獨立的食品藥品監管機構。”這意味著，有30%的市和70%的縣未成立獨立的食品藥品監管機構，而合並在市場監管部門中。
目前，我國基層食品藥品監管機構改革主要是在縣壹級食品藥品、工商、質監部門進行整合，組建市場監管局（或市場和質量監管局），並在鄉鎮（街道）建立了市場監管所，或獨立設置食品藥品監管所。但中央、省、市三級機構設置仍然是食品藥品監管、工商、質監三個部門分設，這帶來了兩方面問題：壹是基層食品藥品監管人員不足，食品藥品監管力量被削弱。當前，全國各地在精簡行政部門數量時，對縣壹級食品藥品、工商、質監部門進行簡單的“三合壹”。食品藥品監管系統的人員編制並未加強，個別地區還限制用編，造成基層“有編缺人”，人員整體力量不足。另壹方面，基層監管人員結構不合理，尤其缺乏食品藥品專業人員，即使有專業人員，也沒有任何監管經驗。在食品藥品監管時，出現“不敢進門，進門不開嘴”現象，造成壹定程度的監管缺位。二是爭搶監管資源，互相擠壓。“三合壹”改革後，縣級市場監管局上頭有三個“婆婆”管理。三個部門三套執法程序、三類執法文書、執法主體、執法證件、執法服裝、投訴舉報系統亟待整合。四是食品監管最復雜、追責最嚴，“三合壹”後，很多人都不願參與食品監管中，能躲就躲，怕麻煩，藥品稍好壹些。縣級市場監管局中的食藥監、工商和質監爭搶基層監管所資源現象嚴重，有的基層市場監管所食品藥品監管工作受到嚴重擠壓。更為嚴重的是縣級食品藥品監管工作也受到嚴重擠壓，食品監管出現“三無”現象：無人員、無技術、無裝備。
2016年3月，湖南省食藥監局副局長李赤群在全國兩會期間曾表示：“2008年國務院決定取消食品藥品監管機構省以下垂直管理後，地方保護主義出現反彈，又因監管隊伍入口把關不嚴，專業化水平從70%直降至50%左右，本輪改革壹些綜合設置市場監管機構的地方降幅更大，監管效能大打折扣。”“三局合壹”這壹做法表面上增加了人力、財力等監管資源，實際監管能力並未提升。尤其是專業監管被綜合執法沖淡後，各地食品藥品監管業務量持續下降，部分地區專業化水平基本可以忽略不計。國家行政學院副教授胡穎廉統計了近年全國查處食品藥品案件數量，發現2012年為40萬件，2013年機構改革後為38.7萬件，2014年降至34萬件，2015年進壹步降至33萬件，這顯然與問題導向的監管理念相去甚遠。案件數量的下降並非食品藥品更加讓人們放心了，而目前突出的問題是，人們越來越對食品藥品安全不滿意了。近期的山東非法經營3.2億元疫苗案和上海1.7萬罐假冒奶粉案，讓百姓感覺“無法安生”。
頻繁的改革，沒有章法的改革，讓食品藥品監管隊伍“無法安生”，人員流失、資料流失、設施設備流失，人心渙散。監管體制是食品安全戰略的載體，要真正釋放體制改革紅利，必須嚴格按照中央既定精神獨立設置食藥監管機構。因此建議綜合設置市場監管機構的地方，要進壹步收縮壹般市場秩序管理職能，根據國務院要求將食品安全作為綜合執法首要職責。應當秉持“最小折騰，最大完善”的原則，將各地市場監督管理局統壹剝離出食品藥品監督管理局，哪怕是像畜牧獸醫水產局壹樣農業局管理的二級局也好，實現簡政放權和加強監管的有機結合。健全從中央到地方直至基層的食品安全監管機構，實現職能統壹、機構統壹，維護食品安全監管工作的專業性和系統性。強化地方政府對食品安全負總責的責任體系，發揮其統籌協調作用，明確食安委各成員單位職責分工，調動農業、衛生、公安等部門食品安全工作積極性。同時鼓勵有條件的地方學習環保部門經驗，試點食品藥品監管省以下監督抽檢垂直管理體制，調整人、財、物管理權限，解決抽檢工作專業性強、技術性高特點，又強化地方負總責，打破市場分割和地方保護問題。