1936年（民國25年），更名為萬縣縣立醫院，編制10人，病床15張。購置第壹臺顯微鏡，開始設立住院部。
1940年（民國29年），更名為萬縣衛生院。
1943年（民國32年），改稱萬縣中心衛生院，編制20人，預防醫療遍及全縣。
1946年（民國35年），改稱四川省立萬縣醫院，始設藥房，編制40人，設病床40張，承擔川東下遊各縣醫療衛生工作。
1949年，更名為川東萬縣市人民醫院。
1949年，萬縣解放，中國人民解放軍萬縣市軍事管制委員會衛生部派軍代表宣布接管醫院。
1950年，醫院管理委員會成立。
1951年，更名為川東第二人民醫院。
1951年，編制90人，醫院黨支部成立。
1952年，川東行署衛生廳撥款32億法郎，在新城路紅石梁劃撥土地37585平方米，興建新院（今院址）。
1953年，醫院更名為四川省萬縣人民醫院。
1953年，編制171人，設病床170張，購置第壹臺荷蘭產200毫安X光機。
1954年，遷至新市路紅石梁新址。門診部設在今天的區血站。各科均設病床，內科設病床25張（結核科30張除外）。
1957年，門診部設中藥房。編制171人，設病床170張。
1958年，設立門診壹、二、三部，實行24小時門診制。
1959年，藥劑科下設住院部和第壹、第二門診部3個藥房。
1961年，使用第壹臺心電圖機檢查心臟病。
1962年，第三門診部改屬萬縣精神病院。外科大樓落成，建築面積4475平方米。
1963年，住院部成立中醫病房，設病床8張。
1972年，開展腦室碘油造影。
1973年，中國***萬縣地區人民醫院委員會成立。
1974年，A型超聲應用於臨床檢查。
1976年，腦室碘水造影，首次電擊復律成功。
1977年，使用超聲心電圖。
1979年，醫院更名為萬縣地區人民醫院。
1980年，腦電圖、腦血流圖和纖維胃鏡應用於臨床。首次使用同位素肝掃描診斷肝硬化和肝癌。
1990年，成立中醫門診部。腫瘤防治研究中心大樓建成並投入臨床使用，設有12個科室、278張病床。
1992年，更名為萬縣市中心人民醫院。
1992年，編制756人，設床位558張。
1993年，放療綜合樓落成，建築面積3477平方米
1994年，萬縣市中心人民醫院通過二級甲等醫院評審。
1998年，醫院更名為重慶三峽中心醫院。
1998年，門診大樓建成並投入使用。醫院有員工814人，床位648張。
1999年，重慶三峽腫瘤防治研究所成立。
2000年，成立流動門診部，開展送醫下鄉活動；首次開展腎移植手術。
2001年，川北醫學院三峽臨床醫學院成立。
2002年，醫院通過三級甲等醫院評審；成功舉辦三峽庫區醫療衛生中心建設成果匯報會暨健康萬州行贈書活動。
2003年，萬州區第二人民醫院抗擊非典取得階段性勝利，原萬州區第二人民醫院並入重慶三峽中心醫院，更名為平湖分院。
2004年，重慶市肝病治療研究中心三峽分中心成立，白安分中心、兒童分中心成立，開展首例肝移植手術。
2005年，重慶醫科大學超聲工程研究所三峽臨床基地成立；成功舉辦 "國際華夏醫學學術大會 "和 "衛生系統精神文明建設與新聞宣傳高層論壇"。
2006年，啟動 "惠民華醫行動"。
2007年，開辦禦安（傳染病分院），啟動萬州區城市醫院對口支援鄉鎮衛生院和拜師活動。
2008年，平湖分院康復大院開業，江南分院奠基。
2009年，百萬農民健康行動啟動。世界首臺128排螺旋CT投入使用。在職2556人，編制床位2000張（開放床位2400張），占地400畝，總建築面積43萬平方米，設備總值3億元（3011臺）。