有機食品是金字塔頂端最嚴格、最高的標準，不能使用農藥、化肥、添加劑或轉基因產品。辨別有機食品和綠色食品最直接有效的方法就是識別這些食品的認證標誌，確認封面上所列的認證機構是否合法。
差額1:
在市場定位上，綠色食品是農業精品品牌，在市場定位上，其質量和安全達到了發達國家的水平，滿足了國內中小城市和國際市場的消費需求。有機食品是最好的優質品牌，是最好的品質，是最好的市場定位，是面對目標社會最高的精英。
區別二:(產品結構)
在產品結構上，綠色食品是以初級農產品為基礎，以加工農產品為主體。有機農產品主要是高級和高級加工農產品。
區別三:(技術系統)
按照技術體系來？從土地到餐桌？全面質量管理的技術方法已經建立？兩端監控，過程控制，質量認證，標識管理？。有機食品將傳統農業轉變為有機農業，並促進基本不使用化學投入的技術體系。
區別4:(認證方法)
在認證模式上，綠色食品推行質量認證與商標管理相結合的認證管理模式。有機食品註重生產過程監控，環境監控和產品檢測最為嚴格。
區別五:(發展機制)
綠色食品采取政府引導和市場運作相結合的發展機制。有機食品按照國際慣例以市場化方式運作。標誌管理，綠色食品標誌是在國家商標法和《集體商標、證明商標註冊管理辦法》的監督管理下，由國家商會商標局註冊的統壹、唯壹的標誌。有機食品標簽因國家和認證機構的不同而不同。