(1)柯南終於打敗了黑暗組織，找到了找回身體的方法，與小蘭喜結連理。後來，他們有了愛情的結晶(壹個男孩)，取名工藤柯南...
(2)柯南終於打敗了黑暗集團，找到了找回自己身體的方法，但蕭艾在與黑暗集團的決戰中被杜松子酒射殺，以掩蓋辛屹的不幸。新壹和小蘭* * *喜結連理，後來他們有了愛情的結晶(壹個女孩)，取名工藤石保...
(3)柯南最終打敗了黑暗集團，找到了找回自己身體的方法，但毛利小五郎在與黑暗集團的決戰中壯烈犧牲。心怡繼承了毛利偵探社，與小蘭結婚，改名為毛利心怡。後來，她和小蘭(壹個女孩)發生了戀情，取名為毛利洋子...
(4)小蘭知道柯南的真實身份後惱羞成怒，用空手道修理了柯南。結果，她使用了過多的武力，造成了不可挽回的悲劇...
(5)柯南終於打敗了黑暗集團，找到了找回身體的方法，但就在小蘭表白的前夕，小蘭出了車禍...
(6)在與黑暗集團的決戰中，小蘭不幸身亡...，智寶和辛屹跑了...
(7)所有人被黑暗組織抓住後，亂開槍...
(8)所有人都被黑暗組織抓住，捆住手腳扔進海裏餵鯊魚...
(9)柯南和金在與黑暗組織的決戰中同歸於盡...
(10)打敗黑暗集團後，柯南沒能變回來。向小蘭坦白自己的身份後，兩人移居美國，治療柯南的侏儒癥...
(11)柯南終於打敗了黑暗組織，找到了找回自己身體的方法，但蕭艾因為嫉妒，用APTX4869毒死了小蘭，毀藥逃跑。新的只好拿最後壹個APTX4869，又變成柯南了...
(12)柯南最終打敗了黑暗集團，但他無法回到工藤新壹。向小蘭說明壹切後，兩人含淚分手...幾天後，柯南的班上來了壹個可愛的小女孩，柯南看到她時驚呆了(妳知道是誰)。女孩笑著對柯南說:“我會壹直陪著妳，妳不能再陪著我了！”幾年後，壹對年輕夫婦出現在夏威夷的海灘上...
(13)明知恢復無望的柯南心灰意冷，此時卻得到了悲傷的安慰。在悲傷的默默鼓勵下，柯南終於重拾信心，繼續挑戰未知，他們的感情就此誕生...
(14)柯南終於打敗了神秘組織，但最後在壹戰中，頭部受重傷，失去了所有記憶。從喪處得知真相的小蘭，沒有理由強迫壹個小學生去回想過去。所以柯南，作為壹個小學生偵探，和他的朋友壹起長大...
第壹部分:江戶川文學壹代的第二次出場。
江戶川端再次來到毛利偵探社，說要帶柯南去遊樂園。柯南認為她又被美智子耍了，所以他毫無疑問地跟著戴文的車。但是柯南被江戶川在車裏的替身手槍控制了。原來她屬於黑衣組織，柯南的身份已經完全被組織發現了！
柯南仍然在慌亂中用麻醉槍射殺了偽裝成文字壹代的敵人，在汽車沖下橋跑到阿笠博士家之前逃了出來。
與此同時，Gin從學校綁架了少年偵探隊，並威脅Ai交出她研究APTX4869解藥的數據。艾為了救大家，把資料給了組織，被琴酒帶上了車。
另壹方面，杜松子酒在他離開後偷偷告訴伏特加殺死少年偵探隊的三名成員。
伏特加酒試圖射殺少年偵探隊的時候，柯南終於找到了，救了大家，伏特加酒卻逃脫了。還說組織在等工藤新壹。
第二部分:沈睡的小五郎-覺醒！
柯南來到醫生家追蹤眼鏡，找到了艾的下落。柯南留下了壹張寫有所有內容的磁盤，讓醫生交給蘭，並決定自己面對黑組織。
但是磁盤被闖入醫生家的英語老師朱迪拿走了。原來她是美國聯邦調查局黑人組織上層安排的特工。阿笠博士用他的新發明——彈射椅欺騙了朱迪，逃過壹死，來到了毛利家。當正要把目前的情況告訴小五郎和蘭時，他發現坐在偵探社客廳裏的毛利竟然擺出了小五郎的睡姿！毛利人面前的筆記本上寫著“工藤新壹”、“柯南”、“黑人組織”等等。
原來毛利早就懷疑柯南了，每次合作扮演睡覺的角色，都是為了調查柯南的真實身份和整個事件。毛利在沈睡中展現了自己的真正實力，通過柯南留下的磁盤數據推斷出了黑組織的位置。
與此同時，美國聯邦調查局特工赤井秀壹來到她的同事朱迪的家裏，意外地發現了柯南的磁盤。他偷偷把磁盤帶回家。秀吉在解開密碼後看了柯南的自述和對整個事件的推理。他開始懷疑同事朱迪的身份，卻突然被人從背後打昏。
此時在米花鎮，放學回家的蘭在門口無意中聽到了小五郎和的對話，最終確定柯南就是新壹！在淚水中，蘭決心賭上自己的生命，與黑勢力拼個妳死我活，拯救心怡！
第三部分:小說家的不速之客。
朱迪帶走了赤井秀壹。