基本醫療保險的“三大目錄”包括基本醫療保險藥品目錄、診療項目目錄、醫療服務設施標準。三大目錄並不是壹成不變的，是隨著社會的發展和人民群眾生活水平日益提高的而變化調整提高的。
基本醫療保險藥品目錄：
是指基本醫療保險、工傷保險和生育保險基金支付參保人員藥品費用和強化醫療保險醫療服務管理的政策依據及標準。
診療項目目錄：
醫保定點醫療機構為參保人員提供醫療服務時，臨床診療，檢查，由價格部門制定了收費標準的診療項目，由此規範社會基本醫療保險診療項目。在實際操作中，通過制定基本醫療保險診療項目來確定。
醫療服務設施標準：
在提供住院等醫療服務過程中，應選擇必需適量的醫療服務設施和環境作為醫療保險的給付範圍。在實際操作中，通過制定基本醫療保險服務設施標準來確定。為規範醫療服務設施範圍和支付標準，各省市還制定了相應的辦法，確保參保人員基本醫療需求
為保障參保職工的基本醫療用藥需求，合理控制醫療費用支出，規範基本醫療保險用藥、診療等方面的管理，保證基本醫療保險制度的健康運行，國家、省制定了《基本醫療保險藥品目錄》、《城鎮職工基本醫療保險診療項目目錄》、《城鎮職工基本醫療保險醫療服務設施項目範圍》，簡稱“三個目錄”。
對照“三個目錄”，參保人員患病發生的醫療費用分三類：壹類是直接納入報銷範圍的費用；另壹類是個人首先自負壹定比例後再納入報銷範圍的費用；第三類是醫療保險不予報銷而由個人全部自負的費用。其中使用藥品發生的費用，按《基本醫療保險藥品目錄》分為甲類、乙類兩種，不在目錄內的藥品為自費藥品。甲類藥品直接納入報銷範圍按比例報銷；乙類藥品個人首先承擔費用的10%人體白蛋白等首先負擔30%後，再按規定比例報銷；自費藥品不報銷。
使用診療項目及服務設施發生的費用，按《城鎮職工基本醫療保險診療項目目錄》及《城鎮職工基本醫療保險醫療服務設施項目範圍》，分為直接納入報銷範圍按比例報銷的項目、個人首先自負壹定比例後再按比例報銷的項目、自費項目三類。直接納入報銷範圍的項目按規定比例報銷；個人首先自負壹定比例後再按比例報銷的項目個人首先自負10%、15%後，再按規定比例報銷；自費診療或服務設施項目不報銷。
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