食品安全隱患可能發生在食品鏈的各個環節，差別很大，按照HACCP危害分析的通常分類，可分為四種類型。
壹.生物危害
常見的生物危害包括細菌、病毒、寄生蟲和黴菌。
1.細菌
按形態，細菌可分為球菌、桿菌和螺旋體；按致病性，細菌又可分為致病菌、條件致病菌和非致病菌。食品中的細菌對食品安全和質量的危害表現在兩個方面。
（1）導致食品腐敗變質。
（2）引發食源性疾病。如果食品被致病菌汙染，就會造成嚴重的食品安全問題。
2、病毒
病毒非常微小，不僅肉眼看不見，在光學顯微鏡下也看不見，需要用電子顯微鏡才能發現。病毒汙染食品不像細菌那樣常見，但壹旦發生汙染，後果將非常嚴重。
3.寄生蟲
在寄生關系中，寄生蟲的中間宿主對食品安全意義重大。家畜、家禽和水產品是許多寄生蟲的中間宿主，消費者在食用含有寄生蟲的家畜、家禽和水產品後，可能會感染寄生蟲。例如，吸蟲（Trematoles）的中間宿主是淡水魚、龍蝦和其他節肢動物，生吃或烹飪不當會使人感染吸蟲。
4.黴菌
黴菌會破壞食物的品質，有些還會產生毒素，造成嚴重的食品安全問題。如黃曲黴毒素、異色素、赭曲黴毒素等，可導致肝損傷，致病性強。
二、化學危害
常見的化學危害有重金屬、天然毒素、農藥、去汙劑等。
1.重金屬
汞、鎘、鉛、砷等重金屬是危害食品安全的金屬元素。食品中的重金屬主要來源於三個方面：（1）使用的農藥、工業三廢汙染；（2）食品加工過程中使用的不符合衛生要求的機械、管道、容器以及食品添加劑中含有毒金屬；（3）作為食品的植物在生長過程中從含金屬較高的地質中吸取的有毒重金屬。
2.天然毒素
許多食物中含有天然毒素，如發芽的土豆（馬鈴薯）中含有大量的龍葵毒素，可引起中毒或死亡；魚膽中含有5壹鯉魚酚，可損害人體的肝、腎、心、腦，導致中毒死亡；發黴的甘蔗中含有3壹硝基丙醇，可致人死亡。天然毒素有的是食物本身攜帶的，有的是細菌或黴菌在食物中繁殖過程中產生的。
3.農業化學藥物
糧食植物在種植和生長過程中使用的殺蟲劑、殺蟲劑、除草劑、抗氧化劑、抗菌劑、生長促進劑、防黴劑和消毒劑等，或家畜、家禽、魚類等動物在養殖過程中使用的抗生素、人工合成的抗菌藥物等，這些化學藥物都可能對食品產生危害。世界各國對農用化學藥物的品種、使用範圍和殘留量都有嚴格的限制。例如，歐盟規定，從中國出口到歐洲的蜂蜜中，氯黴素的殘留量不得超過 0.1ng/mL。
4.去汙劑
去汙劑是經常被忽視的食品安全隱患。產生問題的原因有：（1）使用非食品去汙劑，造成食品和餐飲具汙染；（2）不按科學使用去汙劑，造成去汙劑在食品和餐飲具中殘留。例如，有的餐館用洗衣粉清洗餐具、蔬菜或水果，致使洗衣粉中的增白劑等有毒有害物質汙染食品和餐具。
5.其他化學危害
化學危害比較復雜，汙染途徑較多，以上是壹些常見的、主要的化學危害，還有濫用食品添加劑、機械潤濕油等化學危害。
三、物理性危害
物理性危害與化學性危害和生物性危害相比，其特點往往是消費者看得見的。因此，也是經常引起消費者不滿和投訴的原因。物理危害包括碎骨、碎石、鐵屑、木屑、毛發、蟑螂和其他昆蟲殘骸、碎玻璃和其他可見異物。物理危害不僅會汙染食品，而且往往會損害消費者的健康。
四、轉基因食品的危害
自1973年美國斯坦福大學科恩教授研制成功轉基因技術以來，轉基因技術已逐步應用於農產品的生產，但轉基因食品是否安全，目前還沒有壹個人能作出確切的回答。1999 年 3 月，《自然》雜誌發表了美國康奈爾大學洛西等人認為轉基因作物有毒的論文，引起了世界的震動，其報道的轉基因 Bt 玉米毒死黑脈金斑蝶幼蟲可以說是轉基因作物短期內產生不良影響的壹個例證12]。據推測，與六氯乙烯、滴滴涕和 PPA 等藥物的不良反應壹樣，長期不良反應的發現也需要壹定的時間。轉基因技術的應用壹方面給食品工業的發展帶來了前所未有的機遇，另壹方面，轉基因食品安全的不確定性也給食品安全帶來了前所未有的挑戰。
如今，隨著科學技術的進步，市場上的食品安全檢測儀可以適應多種情況，無論是工作環境還是食品原料，都能準確分析出是否符合安全衛生標準，是否存在不良添加劑或有毒有害物質等。
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