公立醫院是指政府舉辦並納入財政預算管理的醫院，即國有醫院和國家出資的醫院。也可以理解為醫院分三級，壹級是社區醫院，二級是縣(區)醫院，三級是市級醫院。
公立醫院是我國醫療服務體系的主體。國家衛生部部長諸宸指出:“公立醫院是體現公益性、解決基本醫療和緩解群眾看病難的主體，矛盾比較集中。要加強其公益性，就要扭轉過分強調醫院創收的傾向，使之成為群眾治療重、特大、疑難疾病的基本醫療服務平臺。”
要實現上述要求，必須進壹步轉變政府職能。衛生行政部門主要承擔衛生發展規劃、資質準入、標準化和服務監管等管理職能，其他相關部門根據各自職能進行管理和提供服務。
新醫改首次明確落實公立醫院獨立法人地位。湖北新華醫院院長塗說，目前很多公立醫院的院長都是掛著獨立法人的名號，實際上並沒有自主經營發展的權利。醫院的重大業務活動和幹部任命必須向上級部門申請。衛生行政部門既是監督者，又是組織者，“既是運動員，又是裁判員。”現在新醫改把衛生行政部門的職能定義為行業管理，管辦分離可以加強衛生行政部門的公信力。
新醫改強調公立醫院的公益性，其補償機制之壹、被詬病多年的“以藥養醫”將逐步退出舞臺，最終實現醫藥分開。其中，將通過實施藥品購銷差別加價、設立藥學服務費等多種方式，逐步取消公立醫院的“藥品加成收入”。同時，政府還將加大投入，主要用於公立醫院的基本建設，並對其承擔的公共衛生任務給予專項補助。
新醫改還提出，降低公立醫療機構比例，積極引導社會資本以多種方式參與醫院改制重組。穩步推進公立醫院改革試點，適度降低公立醫療機構比例。最終形成公立醫院與非公立醫院相互促進發展的格局。將部分公立醫院轉為民營，將有效打破公立醫院的壟斷，通過合理的市場競爭更好地配置資源。
此外，新醫改還強調建設社區衛生服務中心，使社區衛生服務中心能夠提供疾病預防控制、常見病多發病基層診療服務、慢性病管理和康復服務等公共衛生服務。功能完善後，社區衛生服務中心將逐步承擔起居民健康“守門人”的職責，切實維護社區居民的健康。