辦公室（外事）
協調廳機關的政務、事務工作；負責機關文秘、信訪、保密、檔案工作；協調機關後勤管理工作；負責衛生新聞工作；負責管理機關和直屬單位的外事活動。
政策法規
負責組織起草衛生行業地方性法規、省政府規章草案，承擔廳規範性文件的合法性審核和依法編制工作；負責規劃協調和依法行政工作；負責全省衛生系統行政執法監督工作，承擔廳機關行政復議、行政訴訟、應訴和法律事務咨詢工作；負責衛生行政執法人員的培訓、管理和衛生執法人員的培訓、管理和衛生系統的宣傳教育工作；指導衛生系統的行風建設和宣傳工作。
規劃財務處
擬訂全省衛生事業發展規劃；會同有關部門組織實施衛生服務價格工作；負責廳機關國有資產管理工作；負責全省衛生預算經費管理工作；提出並組織實施衛生基本建設計劃；負責國內外衛生貸款項目；負責廳機關衛生審計、衛生信息統計工作。
綜合協調食品安全和衛生監督工作
組織擬訂食品安全標準；承擔組織查處重大食品安全事故的責任；組織開展食品安全監測、風險評估和預警；組織實施食品安全檢驗機構資質認定條件和檢驗規範；承擔重大食品安全信息發布工作；擬訂全省衛生監督工作政策、規劃；監督實施衛生法律、法規、技術規範和標準；負責全省衛生執法檢查；按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公共***場所和生活飲用水衛生安全的監督管理；負責消毒產品、醫療服務、采供血的監督管理。
婦幼保健與社區衛生科
擬訂婦幼衛生、社區衛生工作政策、規劃、規範並組織實施；指導城市初級衛生保健規劃的實施；指導城市基層衛生服務體系改革；監督管理婦幼保健和社區衛生工作；組織實施婦幼衛生政策、措施和技術規範，牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作。牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作。
醫務處（省醫療服務監管辦公室）
負責醫療機構、采供血機構、醫務人員、醫療技術應用等有關政策法規和標準的實施；組織開展醫療質量、安全、服務和血液管理的評價與監督；推進無償獻血工作；負責城鄉對口醫療機構、護理、康復、感染控制、臨床檢驗、臨床藥理、臨床藥學工作，實施城市基層醫療衛生服務體系改革。控制、臨床檢驗、臨床藥學、臨床重點專科和醫療急救體系建設與管理；組織協調重大傷亡事故醫療救治；推進醫療體制改革；組織協調醫療事故處理。
省中醫藥管理局
貫徹執行中醫、中藥、中西醫結合工作方針、政策；組織擬訂中醫藥事業發展規劃；組織實施中醫醫療、保健、中醫護理、中西醫結合等人員的技術職務評聘標準和任職資格標準；指導和管理各級各類中醫醫療、保健、康復、科研、教育等機構，並負責醫療、護理等機構的醫療、護理工作。
疾病控制處
（省愛國衛生運動委員會辦公室、省地方病防治辦公室）。
負責全省疾病預防控制工作；研究制定重大疾病預防控制規劃和對嚴重危害人民群眾健康的公共****、健康問題的幹預措施，依法組織衛生技術力量對重大傳染病、地方病進行綜合防治；有效控制疫情，防止疾病的發生和傳播；協調指導健康教育工作；承擔省愛國衛生運動委員會的日常工作。工作。
科技教育處
負責制定醫學科技和醫學教育發展規劃；組織實施醫學科技攻關、醫學科技成果推廣應用工作；監督管理人體健康相關實驗室生物安全；審批管理輔助生殖技術、人類精子庫，指導協調衛生技術推廣和衛生科普工作；組織協調衛生專業技術培訓，負責繼續醫學教育工作。
保健辦公室
組織實施省委、省委保健委員會制定的保健政策和規劃；負責省級保健對象以及國家領導人和重要外賓在遼寧期間的保健工作。
衛生應急辦公室
（突發公共**** 衛生事件應急指揮中心）。
指導、協調全省衛生應急工作；組織制定衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公共**** 衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施突發急性傳染病防控和應急處置工作；重大災害、恐怖、中毒和核事故、放射事故等。組織實施緊急醫學救援。
農村衛生科
負責組織實施農村衛生政策；研究制定農村衛生發展規劃；監督指導農村衛生服務和業務工作；管理全省新型農村合作醫療工作；指導全省農村衛生制度建設和鄉村醫生及相關管理工作；協調農村健康教育和健康促進活動。
藥品器械處
負責貫徹執行國家建立的基本藥物制度；擬訂全省基本藥物采購、配送、使用的政策措施，並對全省各級醫療機構基本藥物的使用進行監管；組織全省藥品和醫療器械及耗材集中采購工作，擬訂集中采購的實施方案、管理辦法等相關政策；擬訂藥品和醫療器械集中采購目錄；牽頭組織藥品和醫療器械及耗材集中采購工作。制定藥品和醫療器械集中采購目錄；牽頭組織藥品和醫療器械集中采購工作，負責監督檢查醫療機構中標（入圍）結果的執行和兌現情況；受理對藥品和醫療器械集中采購活動的投訴和舉報。
人事處
擬訂全省衛生人才發展規劃和政策並組織實施；承擔並指導機關、直屬單位人事管理工作；承擔直屬單位領導班子和機關幹部的考核任免工作；會同有關部門組織實施西部醫療專業技術人員職稱晉升考試考核工作。
離退休幹部處負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
機關黨委 負責機關和直屬單位的黨群工作。
設立紀檢組、監察室 合署辦公，負責紀檢監察和行政監察工作。