2013年6月，同仁堂又陷入“農藥殘留”的漩渦。同仁堂高管此前表示，公司產品質量可靠，感覺醫藥股正在被做空。日前，國際環保組織綠色和平發布調查報告稱，包括同仁堂、雲南白藥、胡慶余堂等全國九大中藥品牌被抽檢的產品中超過七成含有多種農藥殘留，與歐盟的農藥最大殘留標準相比，同仁堂三七花中檢出的甲基硫菌靈超標500倍。
中藥農藥殘留被指超歐盟標準，同仁堂尚未做出澄清公告
綠色和平近日發布《中藥材農藥汙染調查報告》稱，其購自同仁堂、雲南白藥、天士力、九芝堂等九家品牌藥店的多種常用中藥材，超過七成被檢測出含有多種農藥殘留。
據介紹，綠色和平於2012年7月至2013年4月，在全國9座城市（含香港）的九家連鎖中藥房，包括同仁堂、雲南白藥、胡慶余堂、特安吶、九芝堂、天士力、采芝林、宏濟堂、張仲景，購買了65種中藥產品，送交具有資質的獨立第三方實驗室進行了農藥殘留檢測。
檢測結果顯示，***計65個樣本中，有48個發現農藥殘留，占樣本比率為74%，其中26個樣本檢出6種已禁用農藥的殘留，其中包括甲拌磷、克百威、涕滅威等高劇毒農藥。32個樣品都含有三種或以上農藥殘留，其中同仁堂（北京）的三七花中檢測出高達39種不同的農藥殘留，張仲景藥房的貢菊、特安吶的三七花、同仁堂（香港）的三七粉中均發現了超過30種農藥殘留。
《報告》指出，參照歐盟農藥最大殘留標準發現，部分樣品農藥殘留超標數十甚至數百倍。例如，同仁堂（北京）的三七花中檢出甲基硫菌靈殘留量為51.6毫克/千克，超標500倍；雲南白藥的金銀花甲基硫菌靈殘留量達到11.3毫克/千克，超標100余倍。
年初以來屢陷“質量門”，高管拋“醫藥股做空論”
其實，這並非同仁堂產品第壹次被曝負面，2013年年初以來，同仁堂就多次遭遇“質量門”，可謂負面纏身。
2013年1月份，北京同仁堂總統牌破壁蜂花粉片被曝光非法添加藥物成分甘露醇，以使食品達到藥品的功效，但不符合食品安全國家標準。
2013年4月，北京同仁堂（亳州）飲片有限責任公司生產的地黃在天津市食品藥品監督管理局2012年下半年基本藥物品種藥品抽檢結果中，被檢出總灰分、酸不溶性灰分項目不合格。
2013年5月7日，香港食物環境衛生署公布，同仁堂的壹批註冊編號為HKP-08760、批次編號為1033946的健體五補丸中成藥，其水銀含量超標約5倍，要求其回收。
不到半月，又有媒體爆出同仁堂生產的牛黃千金散，因為朱砂成分含量為17.3%而超過了國家標準，此外，同仁堂的另壹款藥品小兒至寶丸的朱砂成分含量為0.72%也遠超香港標準。
隨著“汞超標”話題持續升溫，同仁堂終於耐不住，2013年5月22日公司在其官方網站發布聲明力證清白，稱同仁堂生產的含朱砂中成藥，均為藥典處方等國家藥品標準。公司還表示，同仁堂含朱砂的中成藥，嚴格按照國家藥品標準加工、生產和銷售，患者遵醫囑按照藥品使用說明書服用是安全有效的。
會上，同仁堂股份有限公司董事長梅群也表示，從廣藥集團到雲南白藥再到同仁堂，都曾陷入“質量門”，個人感覺存在做空中國上市公司、尤其是醫藥股的可能。