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為保障職工基本醫療用藥，合理控制藥品費用，勞動和社會保障部於2000年5月25日正式頒布了《國家基本醫療保險藥品目錄》。該目錄是經過多次論證及專家咨詢小組對藥品進行分類並擬定備選目錄、組織全國壹千多名遴選專家進行投票遴選等程序產生的。
《國家基本醫療保險藥品目錄》的遴選堅持了五項原則：
壹．保證職工用藥安全有效的原則。凡納入《國家基本醫療保險藥品目錄》的藥品必須是收入《中華人民***和國藥典》，或符合國家部頒標準，或正式進口的藥品。
二．保證職工基本醫療需求的原則。凡納入目錄的藥品必須是治療性藥品，排除主要起營養滋補作用的壹些藥品類別。
三．鼓勵和支持醫藥科技進步的原則，經臨床實踐證明，療效好，價格合理，使用方便的新藥盡量納入。
四．堅持新舊用藥辦法平穩過渡的原則。藥品目錄要體現近幾年職工用藥需求的變化，藥品遴選範圍按照進入多數省區市公費、勞保醫療報銷範圍為條件來確定。
五．堅持科學性、公正性、權威性的原則。在制定《國家基本醫療保險藥品目錄》過程中，始終做到尊重專家，尊重科學，堅持公開、公正、公平，在全國範圍內組織不同層次的臨床醫藥學專家進行藥品遴選，確保基本醫療保險用藥的科學性和廣泛性。《國家基本醫療保險藥品目錄》的頒布規範了基本醫療保險用藥範圍的管理，同時發布的《城鎮職工基本醫療保險用藥範圍管理暫行辦法》，保證了職工基本醫療的需求。凡參加基本醫療保險的職工，使用該目錄上的甲乙類藥和目錄之外的中藥飲片均可按各地規定的比例報銷。
本次頒布的目錄包括西藥、中成藥（含民族藥）和中藥飲片三個部分。其中西藥913個品種、中成藥575個品種，民族藥47個品種，中藥飲片則包括完全自費的飲片28種和l個類別(除雞內金外的各種動物臟器和胎、鞭、尾、筋、骨類)，以及101種在單獨使用時自費的飲片。在西藥和中成藥中，分甲、乙兩類，甲類西藥327個，中成藥135個；乙類西藥586個，中成藥440個。甲類藥品由全國統壹執行，各地不得變動；乙類藥品各省區市有15%的調整權。乙類藥品壹般價格比甲類藥品高，個人支付費用的比例也高於甲類藥品，具體支付標準由各統籌地區制定。
國家基本醫療保險藥品目錄
壹、西藥部分
1抗微生物藥
1.1抗生素類抗感染藥
1.2合成抗菌藥
1.3其他
1.4抗分枝桿菌類藥
1.5抗真菌藥
1.6抗病毒藥
2抗寄生蟲病藥
2.1抗吸蟲病藥
2.2抗瘧藥
2.3驅腸蟲藥
2.4抗絲蟲病及抗黑熱病藥
2.5抗阿米巴病藥及抗滴蟲病藥
3解熱鎮痛及非甾體抗炎鎮痛藥
3.1解熱鎮痛及非甾體抗炎鎮痛藥
3.2抗痛風藥
4麻醉用藥
4.1全身麻醉藥
4.2局部麻醉藥
4.3鎮痛藥
4.4麻醉輔助藥
5維生素及礦物質缺乏癥用藥
6營養治療藥
7激素及調節內分泌功能藥
7.1下丘腦垂體激素及其類似物
7.2腎上腺皮質激素類藥
7.3雄激素及同化激素類藥
7.4雌激素及孕激素類藥
7.5胰腺素及其他影響血糖藥
7.6甲狀腺激素及抗甲狀腺藥
7.7甲狀旁腺及鈣代謝調節藥
7.8其他
8調節免疫功能藥
9抗腫瘤藥
9.1烷化劑抗腫瘤藥
9.2抗代謝類抗腫瘤藥
9.3抗生素類抗腫瘤藥
9.4天然來源抗腫瘤藥
9.5激素類抗腫瘤藥
9.6其他
9.7抗腫瘤輔助藥
10抗變態反應藥
11神經系統用藥
11.1抗震顫麻痹藥
11.2抗重癥肌無力藥
11.3抗癲癇藥
11.4腦血管病用藥
11.5中樞興奮藥
11.6鎮靜催眠藥
11.7其他
12治療精神障礙用藥
12.1抗精神病藥
12.2抗焦慮藥
12.3抗抑郁藥
12.4抗躁狂藥
13呼吸系統用藥
13.1祛痰藥
13.2鎮咳藥
13.3平喘藥
14消化系統用藥
14.1抗酸藥及抗潰瘍病藥
14.2助消化藥
14.3胃腸解痙及胃動力藥
14.4瀉藥、止瀉藥
14.5肝、膽病輔助藥
14.6其他
15循環系統用藥
15.1強心藥
15.2抗心律失常藥
15.3防治心絞痛藥
15.4抗高血壓病藥
15.5抗休克血管活性藥
15.6降血脂藥
15.7其他
16泌尿系統用藥
16.1利尿藥
16.2前列腺疾病用藥
16.3其他
17血液系統用藥
17.1止血藥
17.2抗凝血藥及溶栓藥
17.3血容量擴充劑
17.4抗貧血藥
17.5升白細胞藥
17.6抗血小板藥
18調節水、電解質及酸堿平衡藥
19專科用藥
19.1皮膚科用藥
19.2眼科用藥
19.3耳鼻喉科用藥
19.4婦產科用藥
19.5解毒藥
19.6放射性同位素藥
20診斷用藥
20.1影像診斷用藥
20.2其他
21生物制品
二、中成藥部分
1內科用藥
1.1解表劑
1.2瀉下劑
1.3清熱劑
1.4溫裏劑
1.5化痰、止咳、平喘劑
1.6開竅劑
1.7固澀劑
1.8扶正劑
1.9安神劑
1.10止血劑
1.11祛瘀劑
1.12理氣劑
1.13消導劑
1.14治風劑
1.15祛濕劑
1.16其他
2外科用藥
2.1清熱劑
2.2溫經理氣活血劑
3婦科用藥
3.1理血劑
3.2清熱劑
3.3扶正劑
4眼科用藥
4.1清熱劑
4.2扶正劑
5耳鼻喉科用藥
5.1耳病.
5.2鼻病
5.3咽喉病
6骨傷科用藥
6.1活血化瘀劑
6.2活血通絡劑
6.3補益肝腎劑
7皮膚科用藥
8民族藥
三、中藥飲片部分