2009年10月，國家質檢總局網站公布了對200種豆制品的抽檢結果，有18種不合格產品上了 "黑榜"，其中，"川妹子 "鹵香豆幹菌落總數超標近70倍。
2010年，被檢出不合格的產品數量超過標準限量70個。
2010年8月，國家質檢總局進出口食品安全局公布，壹批從美國進口的薯片被檢出菌落總數超標。
2010年10月，天津市工商行政管理局公布，鄭州上好佳食品工業有限公司生產的標稱 "上好佳 "的綠茶餅幹菌落總數超標。
2011年6月，國家質檢總局公布，山西娃哈哈昌盛飲料有限公司生產的白葡萄汁飲料菌落總數超標。
2011年8月，北京市停售菌落總數超標的 "雨潤 "老北京烤鴨、"福興 "烤鴨、"大東老曹 "牌烤鴨等4種產品。該產品未經政府批準。
2011年10月，北京市食安辦宣布，北冰洋雙層雪糕因菌落總數超標被叫停。
2011年11月，蒙牛 "榛子巧克力雪糕 "菌落總數和大腸菌群兩項重要微生物指標超標。
2011年12月，深圳市市場監督管理局公布，黃山黃記煌、絕味、周黑鴨等知名品牌的熟鴨脖產品存在大腸菌群總數和總大腸菌群超標問題。大腸菌群和細菌總數超標。
2012年1月，博利食品工業（昆山）有限公司生產的 "博利海苔"（11.2克/包調味海苔）被檢出大腸菌群總數超標。
2012年1月，北京市食品安全辦公布，老蔡陳家火鍋調料火鍋蘸料菌落總數超標5倍多。
2012年1月，食品安全監管部門抽檢了萬記甜品銷售的芒果布丁，因大腸桿菌超標近3倍、菌落總數超標13倍而下架。
2012年4月，北京市食品安全辦通報稱，"恒祥 "鄉下人香辣扇貝幹因菌落總數實測值超標26倍被叫停銷售。消費者如購買到不合格食品，可憑購物小票和食品外包裝到銷售單位退貨。
2012年4月，上海市食品安全委員會辦公室通報，上海虹口高端食品廠生產的青團（300克/袋）、上海麥園食品廠生產的 "麥園 "艾草粽（250克/袋）、上海華榮食品有限公司生產的 "壹呆休閑品"（250克/袋）不合格。上海華榮食品有限公司生產的 "阿呆閑品 "青團（計量稱重）、上海三香食品有限公司食品廠生產的 "萬壽齋 "青團（400克/盒）菌落總數超標，已停止銷售。
2012年7月23日，光明乳業再次曝出乳制品菌落總數超標，並稱菌落總數超標為長途運輸過程中擠壓破損，加之銷售環境溫度不穩定所致。
2012年9月，網傳戴耳機等於養菌，經專家論證，戴耳機會加速細菌繁殖，導致菌落總數超標，耳機應經常消毒。