甲類藥品是指全國基本統壹，能夠保證臨床治療基本需要的藥品。該類藥品費用納入基本醫療保險基金支付範圍，費用按基本醫療保險支付標準支付。乙類藥品是指基本醫療保險基金有壹定支付能力的藥品。這些藥品先由職工按壹定比例支付，再納入基本醫療保險基金的覆蓋範圍，按基本醫療保險支付標準支付。
2.報銷範圍不壹樣
甲類藥品是指100%由醫保支付的藥品，乙類藥品是指必須先支付壹定比例，其余部分由醫保支付的藥品。
3.不同的包裝和安全性。
A類otc標識為紅色，B類otc標識為綠色。這兩類的主要劃分標準是基於安全性。總的來說，可以得出結論，otc是壹種經過驗證的制劑，具有良好的安全性。相對來說，B類安全性更好，A類安全性有待進壹步驗證。甲類otc藥品可以在甲類和乙類之間轉換..A級如果使用壹段時間後證明是安全的，可以重新批準為B級。如果發現之前批準的B品種安全性無法保證，也可以改為A品種。當然，otc目錄是定期調整的。
4.不同的價格
甲類藥物為臨床治療所必需，應用廣泛，療效較好，價格在同類藥物中較低；國家制定，各地不得調整，使用“甲類藥品”發生的費用按基本醫療保險規定支付。乙類藥物可供臨床治療且療效較好，同類藥物價格略高於“甲類”藥物；乙類藥品由國家制定，各省、市、區根據當地經濟水平、醫療需求和用藥習慣進行適當調整，但不得超過國家制定的乙類藥品總數的15%，所有與醫保無關的費用，即所謂的丙類費用，均以現金支付。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》。
第二十八條符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診、搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第二十九條參保人員的醫療費用應由基本醫療保險基金支付的，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
第三十條下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍:
(壹)應由工傷保險基金支付的；
(二)應當由第三方承擔的；
(三)應由公共衛生承擔的；
(4)出國就醫。依法應當由第三方承擔的醫療費用。第三方無力支付或者無法確定第三方的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三方追償。
第三十二條
個人跨統籌地區就業的，其基本醫療保險關系隨之轉移，繳費年限累計計算。