事情是這樣的，工藤優作原先就懷疑並且偵察黑衣組織。以小說家的身份為掩護，秘密調查。發現壹些線索後特意搬到黑衣組織首腦阿笠家的隔壁住，並且從小培養新壹，並派新壹和阿笠混熟想借此偵察壹些情報。當阿笠開始懷疑工藤父子的時候，想出壹條毒計，他派GIN和沃克跟蹤出去約會的小蘭和新壹，大家都看過第壹集，其實交易是幌子，真正的目的是跟蹤，於是新壹也就被他們變成了柯南。之後，阿笠順理成章地成為了新壹的同伴與監護人，並且柯南實際上成了阿笠手中的人質，當時新壹的父母第壹次出現的那壹集，實際是和阿笠談判的，最終的結果是阿笠以柯南要挾他們兩個人流放到瑞士。而優作因為不能和新壹說明真相，從而讓新壹感到受騙，受到傷害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以妳們看優作只有103集的時候回過日本，還是變裝的，不能讓阿笠發現。
其實APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母聯合開發的，而成功後哀的父母意外身亡。阿笠留著柯南不死只不過想觀察藥品還有沒有其他的副作用。但是突然有壹天，優作和有紀子突然潛回日本，和柯南（103-104集）秘密接觸，讓他感受到了威脅，於是安排壹個間諜時刻跟隨在柯南的身邊，那就是灰原哀。哀其實是APTX-4689的第壹個實驗品，本來藥的目的是永葆青春，沒想到竟然適得其反產生副作用，造成了身體變小。而柯南事件發生後，哀就成了在柯南身邊臥底的最好人選。為什麽柯南從來沒有被騷擾過就是因為柯南其實壹直在黑衣組織最厲害的老大的監視下。毛利小五郎也是因為追查阿笠才從警界退出的，當時槍擊非英裏事件只是借口，所以後來暮木說毛利總是把他們引向歧途。
青山剛昌已經給大家提示了，不過因為太晦澀所以沒幾個人看得出來。其實阿笠這兩個字，如果拆解成阿竹立用日文反過來拼寫就是拉丁 文裏面的莫裏亞帝。所以阿笠博士其實應該叫莫裏亞帝教授——福爾摩斯裏的罪惡的教授