1、“藥健字”分流為“藥”“食”
2000年，國家正式頒布撤銷“藥健字”批號的文件，要求所有“藥健字”在2002年12月31日停止生產，2004年1月1日起不得在市場流通。“藥健字”產品必須在“藥”和“食”之間作出選擇：經嚴格驗證符合藥品審批條件的，改發藥“準”字文號，正式納入藥品流通系統；不符合藥品條件，但符合目前保健食品審批條件的，改發食“健”字文號；兩者都不符的，撤消文號，停止生產和銷售。
2、“國食”取代“衛食”
2003年4月，國務院在國家藥品監督管理局基礎上組建國家食品藥品監督管理局，為國務院直屬單位，負責對食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督和組織協調，依法組織開展對重大事故的查處。保健食品的審批職能由衛生部移交給國家食品藥品監督管理局負責。相應的保健食品的批號由“衛食健字”將改為“國食健字”。
3、新法規不斷頒布
2005年4月底和5月，國家食品藥品監督管理局相繼出臺了新的《保健食品註冊管理辦法（試行）》和《保健食品廣告審查暫行規定》，並於7月1日起實施，代替已有《保健食品管理辦法》中的相關內容新的《保健食品註冊管理辦法（試行）》提高了審批要求，簡化了審批程序，擴大了申報空間（新法規將保健食品功能分為27項，但企業可以申報27項功能以外的產品），明確了法律責任等。而《保健食品廣告審查暫行規定》規範了保健品廣告，加大了審批力度，並規定任何單位不得以新聞報道等形式發布保健品廣告。