絕大多數自然災害都有可能造成飲用水供應系統的破壞，這將是災後的首要問題，往往在災後初期就會造成腸道傳染病的大規模暴發和流行。
在發生洪災時，以前安全的飲用水源被淹沒、破壞或淤塞，人們被迫使用地表水作為最安全的飲用水源。這些水往往受到上遊受損建築物中的人類和動物排泄物、屍體和汙物的汙染，特別是在低窪的洪澇地區，人們被洪水圍困的時間更長，從而導致水傳播疾病的爆發和流行。孟加拉國的洪災已造成大量人員死亡。
地震中對建築物的破壞也可能涉及供水系統，從而中斷對居民的正常供水，這可能對城市居民造成嚴重影響，並使水源容易因管道損壞而受到汙染。海嘯和暴風也會造成這種情況。
由於許多飲用水源幹涸，災害導致飲用水源集中。在壹些易受災害影響的缺水地區，居民往往需要長途跋涉才能獲得飲用水。壹旦這些水源受到汙染，就會導致疾病爆發和流行。例如，四川省巴塘就曾因幹旱而發生過非常嚴重的菌痢疫情。
在壹些低窪鹽堿地區，旱澇災害還會引起地下水位的變化，從而影響飲用水的含鹽量和PH值。當水的PH值和含鹽量增高時，有利於霍亂弧菌的增殖，所以在壹些霍亂疫區，常因旱澇災害引起霍亂再發，並可遷延較長時間。
（2）糧食短缺
雖然向災區運送糧食已成為救災的首要任務，但在發生規模大、涉及地域廣的自然災害時，局部地區的糧食仍難以完全避免。再加上基本生活條件被破壞，人們不得不在簡陋的條件下儲存食物，很容易導致食物發黴變質，造成食物中毒以及食源性腸道傳染病的流行。
洪水往往伴隨著陰雨天氣，此時食物極易發黴。在最近中國南方幾個省份發生的大規模洪災中，就有多起黴菌中毒事件。災害發生時，天氣炎熱，食品極易變質。由於腌制食品比較容易保存，在大規模災害中，當副食品供應中斷時，腌制食品往往成為居民唯壹的副食品，這就為嗜鹽菌中毒提供了條件。
食品短缺還會造成人們體質的普遍下降，使各種疾病更容易發生和流行。
（3）燃料短缺
燃料短缺在大規模自然災害中也很常見，在洪澇災害中更是如此。
燃料短缺首先會迫使洪災災民喝生水、吃生冷食物，從而導致腸道汙染疾病的發生和傳播。
燃料短缺會導致個人衛生下降，因為在嚴重自然災害發生後，燃料供應很難在短期內恢復。特別是在冬季，人們仍然生活在擁擠的環境中，這可能會導致體內寄生蟲的滋生和傳播，從而導致壹些原本已經得到控制的傳染病（如流行性斑疹傷寒、傷寒等）再次出現。
（4）水汙染
洪水往往會造成水汙染，導致壹些水媒傳染病的大規模流行，如血吸蟲病和鉤端螺旋體病。但洪水對水汙染的作用是雙重的。在大規模洪水災害中，特別是行洪過程中，由於洪水的稀釋作用，這類疾病的發病率並沒有明顯上升的跡象，但當洪水開始回落，在淹沒區留下許多小水體時，如果這些小水體受到汙染，就極易造成這類疾病的暴發和流行。
（5）生活條件的破壞
洪水、地震、火山爆發和海嘯會造成生活條件的大規模破壞。在初期階段，人們被迫露宿野外，然後可能在相當長的壹段時間內住在簡陋的窩棚裏，造成人口集中和擁擠。唐山大地震期間，在唐山、天津等大城市，簡易棚屋綿延數十裏，最長的居住時間超過壹年。由於大量房屋被毀，即使搬回原來的家，壹些人的擁擠狀況也會持續很長時間。
露宿使人們很容易受到吸血節肢動物的攻擊。在這壹階段，蟲媒傳染病的發病率可能會增加，如瘧疾、乙型腦炎、流行性出血熱等；人類居住的擁擠狀態有利於壹些通過人與人之間密切接觸傳播的疾病的流行，如肝炎、紅眼病等。如果這種狀態持續到冬季，呼吸道傳染病將成為壹個嚴重的問題，如流行性感冒、流行性腦脊髓膜炎等。
（6）人口遷移
自然災害往往會造成大規模的人口遷移。在唐山大地震中，傷員被直接運往位於中國西南腹地的成都和重慶。城市重建期間，人口以親戚朋友的形式疏散，幾乎疏散了整個中國。而在當今的經濟條件下，災區居民外出從事勞務活動，幾乎成為最重要的生產自救活動形式。
大規模的人口遷移，首先為壹些地方病的傳播創造了條件，導致了壹些地方病的大流行，如中世紀的黑死病，以及我國雲南歷史上最近的鼠疫大流行，都是從人口遷移開始的。
人口流動會帶來兩個問題。壹是當災區人口外流時，可能會將災區的地方病傳播到本應受災的地區。更重要的是，當災區開始重建，人口陸續返鄉時，各地的地方性傳染病又會被帶回災區。如果災區具備疾病流行的條件，就有可能形成新的流行區。
人口流動到來的第二大問題，是幹擾了壹些主要依靠免疫來控制疾病的人群的免疫狀態，造成局部人群免疫力低下，從而為這些疾病的流行創造了條件。
在我國，計劃免疫工作已開展得相當廣泛，脊髓灰質炎、麻疹的控制已大見成效；傷寒、肺結核和甲、乙型肝炎的發病率已開始下降。由於災害的幹擾，使得免疫接種工作難以正常開展，人群的流動性使得部分兒童漏種，這種情況可能會使此類疾病的發病率上升。
壹些在兒童和青少年中發病率較高的疾病，人群的天然免疫狀態對疾病的流行起著重要作用。無論是災區人口外流，還是災區重建後人們重返家園，都會使壹些未免疫的人群接觸到低水平的自然發病人群，從而導致這些疾病的發病率上升。許多傳染病並不只是從壹個人群傳播到另壹個人群，除了人類之外，還有其他生物宿主。有些疾病必須通過生物媒介傳播。災害條件打破了人類、宿主動物、生物載體、病原體之間原有的生態平衡，將在新的基礎上建立新的生態平衡，因此災害對這些疾病的影響將更加持久。
（1）蠅類
蠅類是腸道傳染病的重要傳播媒介，它的繁殖和擴散主要是由人類生活環境的不衛生條件決定的。大型自然災害總是對人類生活環境的衛生條件造成重大破壞，蒼蠅的孳生幾乎是不可避免的。
地震過後，房屋倒塌。人畜屍體被掩埋在廢墟下，還有大量的東西等有機物，在溫度適宜的氣候條件下，這些有機成分很快就會被腐蝕，為蒼蠅的孳生提供了便利條件。因此，受地震破壞的唐山，往往在很短的時間內就會出現數量驚人的成蠅，對災區居民構成嚴重威脅。
洪水退去後，淹死的動物屍體以及各種有機垃圾會大量沈寂在舊村遺址中，如果不及時消除，同樣會造成大量蒼蠅滋生。
即使在幹旱的情況下，由於缺水，也會出現壹些不衛生的情況，有利於蚊蠅的孳生。因此，消滅蚊蠅是災後重建初期傳染病防治工作的壹項重要任務。
（2）蚊子
在傳播疾病的吸血節肢動物中，蚊子是最主要的，也是與災害關系最密切的。在我國常見的災情中，瘧疾和乙型腦炎對災區居民的威脅最為嚴重。
蚊子的繁殖需要靜止的小水體。因此，在大洪水期間，蚊子密度的增加往往並不明顯。但是，洪水退去後，在受淹地區的低窪地帶往往會留下大量的小片水域，雜草叢生，成為蚊子孳生的最佳場所。此時，如果有傳染源存在，就會使該地區的發病率迅速上升。
幹旱會使壹些河流斷流，湖泊沼澤幹涸，而這些河流湖泊中殘留的小水窪，也會成為蚊子孳生的好地方。
在地震和風災等對建築物造成大面積破壞的災害中，蓄水結構和管道也可能同時遭到破壞。溢出的水，尤其是積存在地面上的生活汙水，也會成為蚊子滋生的環境。
災害不僅會導致蚊子密度升高，還會增加蚊子叮咬人類的機會。被洪水圍困的居民和因房屋被毀而被迫露宿的居民往往缺乏有效的防蚊手段，這也是蚊媒疾病發病率上升的壹個重要原因。
（3）其他吸血節肢動物
在災害條件下，主要表現為吸血節肢動物侵擾人類的機會增多，蚊子有時會機械地傳播壹些罕見的傳染病，如炭疽等。人類在雜草較多、腐殖質豐富的地區露營時，很容易受到恙蟲、革蟎等的侵擾，在存在恙蟲病和流行性出血熱的地區，人類受到的這種威脅會大大增加。森林火災等發生在森林地區的災害迫使人類居住在靠近灌木叢的地方，這增加了蜱蟲叮咬的機會，並可能導致森林腦炎、萊姆病和斑疹熱等壹系列疾病的流行。
（4）寄生蟲
在中國，現有的血吸蟲病主要分布在易受洪水侵襲的地區，而釘螺的分布受洪水的影響很大。
平時，釘螺的分布隨著水流的沖刷和灘塗的形成而不斷變化。洪水有可能把釘螺帶離原來的繁殖地，讓它們在新的合適環境中定居。因此，洪水往往會導致血吸蟲病分布區的顯著擴大。
（5）家畜
家畜是許多傳染病的重要宿主，例如，豬和狗是鉤端螺旋體病的宿主，豬和馬是乙型腦炎的宿主，牛是血吸蟲病的宿主。洪水泛濫時，大量人口和牲畜往往被洪水圍困在狹小的區域內。海水的自然回流造成大量房屋被毀，也會導致人與家畜之間的關系異常密切。在這種環境下，影響人類和動物****的傳染病很容易傳播。
（6）家養和野生嚙齒動物
家養和野生嚙齒動物是最重要的疾病宿主，它們的分布和密度受自然災害的影響很大。
大多數與疾病相關的嚙齒動物生活在地下洞穴中，它們在水中遊泳的能力不強。因此，當發生較大規模的洪水時，嚙齒動物的數量會減少，但有些嚙齒動物會利用漂浮物逃生，並集中到災民居住的地勢較高的地方，從而在局部地區造成異常高的密度。在這種情況下，由於人類和嚙齒動物之間的接觸異常密切，可能會導致疾病流行。
由於嚙齒動物的繁殖能力極強，而且被洪水沖毀的村莊和農田中往往留有大量可供嚙齒動物利用的食物，因此洪水退去後，嚙齒動物的密度可能會迅速反彈，並在此後的壹段時間內出現極高的種群密度，從而導致由嚙齒動物引發的疾病流行，並危及人類。
洪水可能會使壹些湖泊和沼澤地區幹涸，變成雜草叢生的低窪地。這些地區為野生嚙齒動物提供了有利的生存環境，導致它們的數量高速增長。有報道稱，這種情況會導致流行性出血熱在人群中流行。
地震等自然災害造成房屋大量損壞，有些房屋不易被嚙齒類動物侵入，廢墟中殘留的大量食物使家鼠獲得了大量繁殖的條件。當災後重建開始，居民搬回原來的住房時，鼠害可能會成為壹個大問題，由家鼠傳播的疾病發病率可能會上升。由於自然災害對傳染病發病機制的影響，傳染病的發病可能具有自然災害後階段性的特點。
如果發生突發性自然災害，首當其沖的是飲用水源和食物遭到破壞，那麽腸道傳染病將成為災害初期的主要威脅。尤其是水源汙染和食物中毒，往往會造成大量人員傷亡，應成為災後初期疾病控制的重點。
由於房屋被毀，大量人員露宿街頭，很容易受到吸血節肢動物的侵襲。但由於節肢動物的侵擾。但由於節肢動物的數量和傳染源需要有壹個積累過程，所以沖積傳染病的發病時間通常稍晚，可能是壹個漸進的過程。
人口過度集中會通過密切接觸增加傳染病的發病率。如果災害規模較大，災區人口需要在隔離條件下生活較長時間，進入寒冷季節後，呼吸道傳染病的發病率也會上升。
人口遷移可能會造成兩個發病高峰。第壹個高峰是人口外流造成的，但由於病人分散在未受災害影響的廣大地區，這個高峰往往難以發現，也得不到適當的重視。第二個高峰出現在災區開始重建、災區人口外流返回家鄉的時候，其特點往往是兒童發病率高。
最後，災後實際上是壹個生態平衡重建的過程，可能會持續兩三年甚至更長的時間，在此期間，人畜****的傳染病和通過生物媒介傳播的傳染病，可能會呈現出與平時不同的發病特點，發病率可能會更高。鑒於自然災害對傳染病發病的上述影響，自然災害後的傳染病防控工作應具有與平時不同的特點，防控工作的組織領導應由政府有關部門負責。根據災期傳染病發病特點，傳染病防控可分為四個時期。
（1）災害前期
我國是壹個大國，有些地區是自然災害的多發區。因此，應在災害發生前做好各項準備工作，包括傳染病防治工作。
1、基礎資料的積累。為了制定科學的災害期防控措施，應重視基礎信息的積累，包括人口信息、衛生信息、傳染病發病信息、主要地方病分布情況以及主要動物宿主和媒介分布情況等。
2、制定傳染病防控預案。在壹些災害易發區，如地震活躍區、大江大河下遊低窪地帶、洪澇區等，應制定災害應急處置預案，其中還應包括傳染病防治預案。預案應根據各災害易發區的具體情況，確定不同時期的防疫重點。防疫中還應考慮可派入災區的機動隊伍的配置，以及急需的防疫物資、設備的存放地點和調配方案等。
由於自然災害的突發性，不可能對每壹個可能受災的地區都制定預案，應根據壹些典型地區制定較為詳細的預案，以作示範。
3、流動防疫隊伍準備。由於自然災害重點影響的災區往往沒有足夠的衛生防疫和醫療力量來應對已經發生的突發事件。面對突如其來的災害，現有的防疫隊伍也往往陷於暫時的混亂和癱瘓狀態。因此，當重大自然災害發生時，有必要派出機動防疫隊伍進入災區支援疾病控制工作。
4、對於壹些災害多發地區，要定期對這些機動防疫隊的人員進行培訓，使他們對主要機動方向的衛生防疫情況有所了解，對進入災區後可能遇到的問題有所掌握。如遇人員變動，也應及時對這些機動隊的人員進行補充和調整，使其隨時具備應對突發事件的能力。
（2）災害影響期
當大規模的自然災害突然來臨時，要開展有效的疾病控制工作幾乎是不可能的。但在這壹時期，派往災區進行緊急救護的醫療隊應配備足量的水消毒藥劑和防治腸道傳染病的藥品，並註意大面積傳染病的征兆，采取相應措施控制疾病的初期暴發。
（3）災害後期
當災區居民脫離危險，在安全地帶臨時居住後，要有計劃地開展疾病控制工作：
1．重建大規模疾病監測系統。
由於重大自然災害影響大、救災任務重、人員流動性大，通常建立的疾病監測報告系統在災後初期往往處於癱瘓狀態。因此，衛生管理部門和流動防疫隊的首要任務是根據災民的情況，重新組織和建立疫情報告制度，及時發現疫情，正確處理疫情。監測內容除法定報告的傳染病外，還應包括居民暫住地及周圍的暫住人口、流動人口、重大疾病發生情況、鼠類及病媒生物數量等。
2.重建安全飲用水系統。
由於引水系統的破壞對居民構成了最嚴重的威脅，因此應采取壹切可能的措施，首先恢復和確保安全的飲用水供應。
3、大力開展環境衛生整治。
改善災後臨時安置點的衛生條件，是減少疾病發生的重要環節。因此，當居民基本脫離危險，到達安全地帶後，應組織人員搞好居住地的衛生條件，清除垃圾汙物，定期噴灑殺蟲劑，以降低蚊蠅密度，必要時滅鼠。
災後重建時，也要先改善原居住地的衛生條件，然後再搬回原居住地。
4、防止吸血昆蟲的侵擾。
在居民被迫露宿的情況下，吸血昆蟲的密度不可能降低到安全水平。因此，預防蟲媒傳染病的主要手段是防止昆蟲叮咬。可以利用壹切可能的手段來保護居民免受蚊子和其他吸血昆蟲的叮咬。比如，利用具有天然驅蟲效果的植物熏蒸驅蚊，並應盡可能向災區轉移蚊帳和驅蚊劑等用品。
5、及時發現和治療傳染源
在重大自然災害條件下，人群居住擁擠、人畜混居等現象往往難以在短時間內得到改善。因此，及時發現病人，及時正確隔離治療，是減少傳染病發生的基本手段。
有些疾病，人是唯壹的傳染源，如肝炎、瘧疾等。因此，要特別註意在災區居民中及時發現這類病人，並將其轉送到有隔離條件的醫療單位進行治療。
此外，有許多疾病不僅會發生在人身上，也會發生在動物身上。因此，要註意對災區的豬、牛、馬、狗等家畜和馴養動物進行檢查，及時發現鉤端螺旋體病、血吸蟲病和乙型腦炎等傳染病，並對成為傳染源的動物及時救治。
6、外流人員檢查診斷。
火災發生後，大量人員會通過從事勞務活動或走親訪友等方式離開災區。因此，在災區周邊地區，特別是大中城市，應特別加強對離開災區人口的檢查，以便及時發現傳染病流行的征兆。在有地方病的地區，還應對這些外來人口進行免疫接種，以避免某些地方性傳染病的暴發流行。
（4）災後階段
當受災群眾遷回原地並開始重建工作後，災後傳染病防控工作將進入災後階段。
1.對返鄉人員進行體檢和免疫接種。
在這壹階段，離開災區的群眾開始陸續返鄉，傳染病防治工作的重點應轉移到防止返鄉人群出現第二個發病高峰。
外出務工人員可能會進入壹些疫區，在當地受到感染，並有可能將疫情或疫情的宿主、病媒帶回家鄉。因此，在回鄉後應加強檢查診斷，了解自己到了哪些地方病疫區（如鼠疫、布魯氏菌病、血吸蟲病等），並針對這些可能出現的情況進行檢查，如發現病人應立即醫治。
外國出生的嬰兒往往對本國的壹些常見病缺乏免疫力，因此應加強對嬰幼兒的篩查，及時發現和治療他們的疾病。
由於流動人口計劃免疫工作難以正常開展，往往會出現免疫空白，因此，及時對返鄉人員進行補充免疫是防止發病率上升的重要措施。
2、災區重建和疫情再調查。
自然災害常可引起血吸蟲病、鉤端螺旋體病、流行性出血熱等人畜傳染病****，並隨汙染面積的擴大而導致動物疫病分布和流行強度的變化。因此，災後重建期間應重新調查這些疾病的分布情況，並采取相應的預防措施，防止其在重建過程中暴發和流行。
災區的家庭和個人需要註意以下幾點：
①註意飲用水的清潔，要按照救災人員的指導，對飲用水進行嚴格的藥物消毒，沒有條件的盡量將水燒開後再飲用，不要因為麻煩而隨意引用被汙染的水。
②配合救災人員做好滅蠅滅蚊滅鼠工作，千方百計防止蚊蟲叮咬。
③發現異常情況，如身邊有人生病、發燒、患皮膚病等，要立即向救災人員或有關部門報告。
④ 盡量避免與多人同住壹室，盡量避免與動物睡在壹起，即使是自家的家禽家畜。
⑤如非必要，未經有關人員組織和引導，不要隨意行動。外出人員出於對親友安全的考慮，不要進入災區。
6、災後供水中斷，必須飲用地下水、消防水或其他水時，應註意保證飲水安全。如果災後自來水供應中斷，應優先飲用瓶裝水或到指定地點取水燒開飲用
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