自來水廠用水的水源壹般是地下水或地下水。任何地下水都或多或少受到生活汙水和工業廢水的汙染，是已經經過混凝沈澱、過濾等凈化過程，但還不能將有害細菌、致病菌等微生物完全去除。當水源是地下水時，雖然水質較好，但也會受到不同程度的汙染，特別是淺層地下水，容易受到周圍環境特別是生活汙水的影響和汙染，這些有害細菌，就成為對人體有害的傳播媒介。同時，自來水在輸送和儲存過程中，可能會受到細菌的汙染，為了保障人們的身體健康，防止水源性疾病的傳播，使自來水的水質達到 GB5749-2006《生活飲用水衛生標準》，必須對自來水采用消毒處理以保證水質，通過消毒處理可以控制自來水的水質，消除水中的致病菌、病毒等致病菌的傳播問題，《生活飲用水衛生標準》中要求消毒劑與水接觸時間不少於30分鐘後，出廠水和供水管網末梢水保持壹定的消毒劑殘留量即可保證飲用水的安全。
自來水消毒常用的幾種消毒方法如下：
（1）漂白粉消毒：
漂白粉可直接幹粉撒入或溶於水後加入，操作簡單，運行成本低，但效果最差，現在基本不用。
（2）液氯消毒：
氯氣瓶用加氯機進行加氯，液氯在水中能迅速產生次氯酸根離子。液氯中有效氯含量比次氯酸鈉溶液高3.5倍，消毒能力強且價格便宜。但這種方法對某些病毒、孢子無效，殘留毒性和異味大，使用安全性差，設備因腐蝕易發生泄漏事故。殺菌效果差，且氯與水中有機物會生成有毒致癌的氯化有機物，目前仍有大型水廠在使用。
（3）次氯酸鈉消毒：
次氯酸鈉發生器是電解鹽水產生次氯酸鈉進行消毒，由於設備壽命短，運行費用較高
，使用效果差。
（4）臭氧消毒：
通過臭氧發生器，殺菌效果好，但設備投資大，運行費用高，維護困難，沒有持續殺菌能力，壹般在水中需要補充其他含氯消毒劑，以保證管網末端能測出余氯，使消毒劑在管網中具有持續殺菌能力。目前只有極少數水廠在使用。臭氧消毒的制水成本約為0.05元/噸水。
（5）紫外線消毒：
設備價格昂貴，運行費用高，消毒效果壹般，采用分段法消毒的水廠很少。
（6）二氧化氯消毒：
分現場制備和成品配制兩種方式。
1．化學法發生器采用兩種化學原料現場生成二氧化氯，由於設備工藝不同產生的二氧化氯量不同，影響殺菌效果。
2、成品配制：工廠生產出二氧化氯消毒劑成品，通過加藥裝置加入自來水中。二氧化氯消毒劑在自來水消毒中的優勢逐漸體現出來。