追溯江西省農業科研機構的發展，可以看出，江西省從事農業科研的歷史較為悠久，早在清光緒三十年（1904）就已設立農事試驗場，是全國較早開設的農業科研場所之壹。民國以後，隨著科學的發展，成立了省農業院，統壹負責全省農業科研、教育、農技推廣工作，成為集教育、科研、推廣三位壹體的省級正規農業科研機構。中華人民***和國成立後，黨和政府十分重視農業科技，科研機構不斷發展、壯大。先是在農事試驗總場的基礎上設立省農科所，後根據現代農業發展的需要組建了省農業科學院，成為推進江西農業科技發展的重要機構。 （壹）江西省農業院（1934—1948）
民國二十三年（1934）3月6日，在原有的農事試驗場、林場、農藝專科學校及農科職業學校的基礎上合並組建了江西省農業院，隸屬江西省政府。開始在南昌農事試驗總場內辦公，院址後來設在南昌縣蓮塘伍農崗，董時進為第壹任院長。
江西省農業院創建之初，全院有科技人員112人，其中技師15人，技士26人，技佐28人，經濟研究員2人。院內設5部1處，5部為：（1）農業推廣部，分設農事、家事兩個組；（2）植物生產部，分設作物、園藝、昆蟲、森林、農業化學、農業工程、農業經濟；（3）動物生產部，分設畜牧、獸醫兩個組；（4）農業教育部；（5）農業經濟部；1處為總務處，分設會計、雜務、文書、出納、圖書5股。江西省農業院還在南昌、宜春、南城、吉安、上饒、贛縣、寧都、浮梁8個行政區設立推廣處。同時創建江西省獸醫專科學校1所，永修高級農林職工學校1所。1938年，院內取消部、處，改設3科、3室。1935—1938年，在全省各自然生態區先後分設十九個農場。抗戰爆發後，1938年秋季，日軍侵入江西，贛北淪陷，淪陷區內試驗場站破壞殆盡。農業院隨省政府南遷吉安，1939年遷到泰和，1943年日軍侵占吉安、泰和時，又搬遷到寧都，1945年抗日戰爭勝利後，江西省農業院遷回南昌蓮塘伍農崗原址。首先恢復蓮塘農事試驗總場與南關口分場、永修棉場，新增設九江示範農林場和畜牧場，南昌農業輔導區與耕牛防疫隊。省立農業專科學校與獸醫專科學校也相繼遷來南昌，1947年兩校劃歸教育廳管轄。此時農業院經費減少，機構收縮，大部分農業試驗場、園和苗圃均移交給地方管理。
（二）江西省農林試驗總場（1948—1950）
1948年3月，江西省政府將農業院與省墾務處合並為農業改進處，6個月後又將農業改進所改為江西農林處，遷至南昌市，主管農業行政和農業技術推廣。農業院伍農崗原址改稱農林試驗總場，為農林處直屬事業單位，主事農林牧試驗和品種選育工作。場內設9組2室1處。9組為作物組、昆蟲組、病理組、農化組、畜牧組、園藝組、森林組、農具組、血清組；2室為秘書室和會計室；1處為總務處。全場有職工214人，其中科技人員56人，鐘毅為第壹任總場場長。 （壹）江西省農業科學研究所（1950—1975）
1950年，江西省農事試驗總場撤消，更名為江西省農業科學研究所，丁景才任所長。所內行政機構設秘書室、總務科，業務機構設作物組、應用植物組（4個月後並入作物組）、園藝組、農化組、畜牧組、森林組、昆蟲組、病理組，血清制造廠。全所有科技幹部110人。1953年，撤消森林組，劃歸省林業廳，成立省林科所。所內原有的業務機構全部由組更名為系，並增設生物藥品制造廠、橫崗示範農場。1960年，所內行政機構增設人事科，業務機構增設農機系、棉作系、農經系、同位素農業應用系、資料室，昆蟲系和植病系合並為植保系，農化系更名為土肥系。全所有職工1606人（含試驗農場工人），其中科技人員232人，科技幹部中農技師13人、技術員71人、技術助理員72人。1963年經省編委批準，由省農科所農機系和南昌縣農業機械化試驗站合並成立江西省農業廳農業機械試驗鑒定站，地址在蓮塘龔家湖，下設農機試驗工廠。從20世紀50年代始，政府對農業科學非常重視，省農科所已初具規模。所內有試驗場地15834畝（含示範農場），儀器設備693件，圖書期刊27200冊，房屋建築面積122713平方米，拖拉機和聯合收割機等大型農具23部。1968年，江西省農業科學研究所被撤消。除十幾名科技人員調往省革委五七農場外，其余科技人員下放農村勞動，工人調往紅旗農場、蠶桑場、四新農場、蓮塘墾殖場、瑤湖水產場。所有試驗田地移交給6011支左部隊耕種。房屋部分移交給6011部隊，部分移交給江西手扶拖拉機廠。科學儀器、圖書資料集中留守。1970年，除保留壹套較全的科學儀器外，其余調撥九江、宜春、上饒、撫州、贛州、吉安六個地區。1971年5月13日，在南昌縣紅旗墾殖場的基礎上恢復江西省農業科學研究所，所址在南昌縣橫崗江西省良種繁殖場內。科技人員陸續返回，科研工作得於重新開始，公唐水任所長。所內設政工組、科研生產組。下設作物系、植物保護系、土壤肥料系、園藝系、畜牧系、農機組、情報資料室及良種示範場。全所有科研人員150余人。1975年4月，省農科所由橫崗遷回蓮塘伍農崗原址。
（二）江西省農業科學院（1975— ）
1975年12月10日，經中***江西省委批準，將江西省農業科學研究所與江西省農業幹部學校合並成立了江西省農業科學院，隸屬江西省農業廳。王希仁任黨委書記兼院長。行政管理設4處1室，即政治處、科研處、生產處、總務處和辦公室。專業機構設作物研究所、植保研究所、果樹研究所、畜牧獸醫研究所、農機試驗鑒定站、菌種站、情報資料室、農技幹部短訓班。廳直屬良種繁殖場（南昌縣橫崗）、紅壤研究所（進賢縣張王廟）、水產研究所（南昌市郊葉樓）、棉花研究所（九江縣港口）、蠶桑茶葉研究所（南昌縣梁家渡）、養蜂研究所（南昌縣伍農崗）等單位，均加冠江西省農業科學院的名稱。1978年9月26日，經上級批準，創辦江西省農科院農業科技大學，後改名為江西省農科院大專班，從江西***大總校分撥208名新生，設有5個專業，大專班只招收過壹屆學生，1981年7月畢業後停辦。1980年10月27日省農科院農技幹部短訓班劃歸省農業廳直接領導。
1986年2月25日，經省委常委會研究，同意將省農業科學院升格為副廳（局）級機構，仍隸屬省農牧漁業廳。院內外機構進壹步調整為11所，均為省級獨立科研機構。羅盛槐任院黨委書記，劉勛任院長。1988年2月1日，經江西省機構編制委員會批準，院機關設辦公室（含保留保衛科牌子）、勞動人事處、科研處、計財處、總務處五個副處級機構，院內研究所設水稻研究所、耕作栽培研究所、旱作研究所、植物保護研究所、園藝研究所、畜牧獸醫研究所、農業經濟研究所***七個研究所，定為相當於副處級機構。1988年4月7日，經江西省機構編制委員會批準，院內科技情報研究所、菌種站、農機試驗鑒定站、綜合實驗室四個機構，均定為副處級機構。1994年9月成立蔬菜花卉研究所。全院有職工668人，其中科技幹部313人，工人355人，在科技幹部中有研究員8人，副研究員57人，助理研究員99人。全院擁有房屋建築面積32798平方米，試驗基地738畝，其中水田283.2畝,旱地150.9畝，果園地249.8畝,飼料地49畝,魚塘28.9畝,試驗豬舍10棟(1186平方米),網室1059平方米,擁有20世紀80年代先進分析儀器13臺（件）,各專業所有較齊全的常規儀器設備1000余件,館藏圖書期刊16萬余冊。
1995年3月25日，省委常委會研究，同意將省農業科學院改為直屬省政府領導的正廳級事業單位。1995年4月3日，顏龍安同誌任院長，5月10日，顏龍安同誌任黨委書記。1995年8月28日，經省機構編制委員會辦公室審核，並報省人民政府批準，院機關設6個處（室）和直屬機關黨委（後經請示仍設黨委辦公室）。院內12個科研機構，均為正處級機構。原子能應用研究室改為原子能應用研究所（副處級單位）。1995年9月8日，設立紀律檢查委員會，年底設立監察室（正處級）。經省編委同意，1996年12月，成立“江西省農業科學院生物工程中心”，掛靠在測試所。1999年成立“食品加工研究開發中心”，掛靠測試所。1997年9月“農業部肉及肉制品質量監督檢驗測試中心”通過國家計量認證和農業部的審查驗收，授權開展肉及肉制品的質量檢測工作。2000年，院生產管理處更名為院科技開發處。2000年底“江西省農科院綠色食品環境檢測中心”通過了省計量認證，授權開展綠色食品生產環境的檢測工作。2001年5月，經國家綠色食品發展中心授權成立“綠色食品產品質量監測中心（南昌），承擔江西省和鄰省的綠色食品的申報檢驗和監督抽查檢驗任務。2002年，省質量技術監督局同意“江西省農副產品質量監督檢驗站”正式更名為“江西省無公害農產品質量監督檢驗站”。2003年農業部質量安全中心授權成立全國首批江西省唯壹壹家“無公害農產品安全檢測機構”。2003年7月“江西省農業工程咨詢中心”成立。2003年12月，經國家環境保護總局批準獲得建設項目環境影響評價資格，成立“江西省農業科學院環境評價中心”。
至2003年底，全院***有13個研究所，1個研究中心，9個機關處（室）機構。全院***有在職職工602人，其中具有職稱的科技人員380人，研究員25人，副研究員89人，中級124人，博士12人（其中在讀7人），碩士16人，大學本科163人，專科97人，中專71人，人才梯隊基本形成。
在科研設施方面，先進的儀器和設施條件逐步提高，擁有氣相色譜儀、液相色譜儀、原子吸收分光光度計、原子熒光光譜儀、紫外分光光度計、高速冷凍離心機等先進精密儀器。建有先進的人工氣候室和高標準的試驗基地。在南昌市民營科技園區建有50萬居裏的CO60輻照裝置。2002年建成江西省作物遺傳育種重點實驗室，裝備有先進的生物工程研究儀器，為開展農業高新技術的研究打好了基礎。同時基本建設也成倍增長，1980—2003年，全院興建綜合實驗室樓、旱作植保研究所辦公樓、水稻研究所辦公樓、海南育種基地、畜牧研究所辦公樓、院機關辦公樓、作物遺傳育種重點實驗室等科研設施工程總建築面積22100平方米；***建職工宿舍24棟，建築面積32642平方米，職工住房條件逐步得到改善。