①食用種類 人工栽培的種類多是作為食物直接食用，采集的野生菌也多是如此，這占食用菌的大多數。如人工栽培的香菇、雙孢菇、木耳等；野生的牛肝菌、雞油菌等。
②藥用種類 是指子實體或菌絲體直接或經加工提取後的產品可作為藥用。如靈芝、天麻等子實體均可切片後作為飲片服用；雲芝、茯苓的子實體和菌絲體都可提取加工成中成藥；槐耳、冬蟲夏草和蛹蟲草工業發酵的菌絲體也都可加工成多種藥劑等。
③食藥兼具種類 多數食用菌類均有壹定的食療作用。如猴頭對消化系統疾病有很好的療效，密環菌對肝炎有較好的輔助療效，榆耳對痢疾有特效。
（2）營養方式上的分類
①木腐菌 如香菇、滑子菇、木耳等，多以闊葉木本植物的木屑（材）作為栽培基質。野生條件下，常生長於幹枯木上。
②草腐菌 如草菇、姬松茸等，不能利用木質材料，而主要以草本植物特別是禾本科植物的稭稈（如麥稭、稻草、玉米芯等）為主要碳源。在野外常見於腐熟的廄肥和腐爛的草堆中。
③糞生菌 如雙孢菇、大肥菇等，野生條件下，常見於發酵後的牛糞、馬糞的糞堆上；栽培時只可利用草本稭稈，而且需要添加大量的馬糞、牛糞、雞糞、廄肥、化肥等含氮量豐富的原料。
④土生菌 野生條件下，多發生於林地、坡地、水溝旁的地面上。有的其發生處土層下面有其生存的基質（枯枝、腐根等），如雞腿菇、竹蓀等，這類菌較容易人工栽培；而有的則距其生長基質很遠，如羊肚菌，這類菌多數不易人工栽培。
（3）子實體形成和發育所要求的溫度
①高溫菌類 其子實體形成和發育需要較高的溫度（常在25℃以上），菌絲體的生長要求溫度也高於其他菌類。如草菇子實體形成和發育的適溫為30～32℃，其菌絲生長的適溫達32～35℃。
②中溫菌類 其子實體形成和發育的適宜溫度在15～25℃，這類菌的菌絲體生長適溫壹般在20～25℃，食用菌中這類溫型比較多，如香菇、銀耳、雞腿菇、猴頭等。
③低溫菌類 其子實體形成和發育需要較低的溫度，壹般低於15℃，高於這壹溫度則不易形成子實體或不能正常發育。如金針菇和滑菇等。
（4）子實體形態結構上的分類
①傘菌類 顧名思義，傘菌是具有傘狀子實體的那些種類，這些傘狀的子實體明顯分化出菌蓋和菌柄兩大形態結構，且菌蓋的下方生有刀片狀的菌褶，菌褶的兩側生有它們的“種子”——擔孢子。大多數常見的食用菌為傘菌類，如雙孢菇、香菇、金針菇、滑菇等，傘菌多為肉質。
②多孔菌類 多孔菌類的子實體形態多樣，有傘狀、扇形、塊狀等多種形狀，質地有肉質、半纖維質和木柱質等，但是，它們形態學上的***同特點是：在菌蓋下方都有管孔狀的繁殖結構。如肉質傘狀的牛肝菌、雞油菌，木柱質扇形的靈芝，肉質塊狀的猴頭和齒菌。
③膠質菌類 膠質菌類的子實體多耳狀或葉狀，有的呈腦狀，質地上多為膠質，如木耳、毛木耳、銀耳、金耳、榆耳、血耳等。它們的繁殖體——擔孢子，都著生於子實體的表層內，有的生於耳片的壹側，有的則生於兩側。
④子囊菌類 除上述形態學上的幾大類群外，尚有壹些種類，很難劃分形態類群，這些多是人工尚未栽培的種類，如鐘形菌蓋表面凹凸不平的酷似羊肚的羊肚菌，菌蓋酷似馬鞍形的馬鞍菌，還有不規則塊狀的塊菌。這些菌從分類地位上都距上述三大類群較遠，屬於子囊菌亞門。
（5）原基形成和發育對光的需求
①喜光型 在散射光的刺激下，促進子實體分化、發育，如香菇、草菇、滑菇、猴頭菌、側耳類、木耳類。
②中間型 對光線反應不敏感，有無散射光均可發育，如雙孢菇、大肥菇。
③厭光型 無需散射光刺激均可形成子實體，如茯苓、塊菌等地下生的菌類。
食用菌從不同角度進行分類的方法還有很多種，在此不壹壹而舉。