哥倫布再次遠航的消息像長了翅膀傳遍西班牙。為新大陸的財富所吸引，自願參加者蜂擁而至，達官貴人也傾囊相助。不足5個月，壹支由17艘各種型號的帆船和1500余人的遠征探險隊組成了。1493年9月25日，這支龐大的船隊，載著大批馬、牛、豬、驢、高大的獵犬及許多農作物的種子，浩浩蕩蕩駛離加的斯港口，開始了第二次遠航。
為了更早地到達海地島南面那個生產更多黃金的島嶼，哥倫布選取了壹條更加偏南的航線，然後向西橫渡大西洋，借強勁的東風，這次出乎意料地只用10天就橫渡了大西洋。以後，這條無意的捷徑就成為歐洲前往西印度常走的路線。
11月3日，船隊駛進壹座綠樹成蔭的美麗島嶼，由於是星期天，哥倫布便將該島命名為“多米尼加”，接著又發現了其他的島嶼，因無人居住便很快離開了。之後，他們發現了壹片由40多個小島組成的陸地，哥倫布形象地把它叫做1100個姑娘群島，即“維爾京群島”。這些島嶼千姿百態，但多為不毛之地。
11月27日，船隊順利地抵達納維達德城堡附近海灣。哥倫布下令放了兩炮，以便和岸上聯系，結果毫無反應。哥倫布親自登岸後，發現寨堡已蕩然無存，那39位留守的西班牙人也早已不見蹤影。原來，這些留守人員對島上居民橫加歧視，無所不為，遭到強烈反抗，結果，西班牙人無壹幸免於死。
這壹慘狀激怒了哥倫布，他下決心進行報復，便在壹個易於防守的地方重建殖民據點，取名“伊薩白拉”，以示對女王的紀念。他又派壹部分人到內地尋找黃金，很快，就有人報告說找到了豐富的金礦，還帶來了金沙樣品。由於這裏濕熱的氣候使食物迅速黴爛，藥品短缺，疫病盛行。於是，哥倫布決定只留下5艘船和500人，其他的船只和人員先期回國，並向國王報告此次遠航的結果。
大批人員回國後，哥倫布留下壹支強大的守備軍，由他弟弟迪雅哥指揮駐守伊薩白拉城，同時，派壹部分人去開采黃金，自己率3只快帆繼續西航，前往他心目中的“印度”——古巴島。他在古巴南岸進行探測，確認古巴最東部的海角是亞洲大陸的壹部分。而且在古巴以西發現了不少島嶼，3只快帆在這個星羅密布的島嶼迷宮裏穿梭前進，克服重重困難，充分顯示了哥倫布作為壹個航海家的傑出才能。由於船只漏水，只好返回伊薩白拉城。
由於軟弱無能的迪雅哥無法控制局勢，伊薩白拉處於壹片混亂的情形。哥倫布回島後，惱羞成怒，開始了全面征服島上居民的血腥屠殺的遠征。不幸的印第安人難以抵擋最新式武器的進攻，慘遭殺害，幸存者淪為奴隸。他們世代積攢的黃金被榨取壹空。