1)立式顯微鏡
1，已放置
右手握住鏡臂，左手握住鏡座，保持白鏡直立。桌面要幹凈平整，選擇靠近窗戶或者光線充足的地方。單管壹般放在左側，離桌子3 ~ 4厘米。
第二步:清潔
檢查顯微鏡是否有問題，是否幹凈。可以用幹凈的軟布擦拭鏡體的機械部分。鏡頭要用鏡紙擦。如果有膠水或汙垢，可用少量二甲苯清洗。
3.面向光
鏡筒擡高到距離物鏡臺1 ~ 2 cm，低倍鏡頭對準光孔。調整光圈和反光鏡，光線強的時候用平面鏡，光線弱的時候用凹面鏡，雙手旋轉反光鏡。
如果使用帶光源的顯微鏡，可以省略下壹步，但是需要壹個旋鈕來調節亮度。
4.安裝樣本
將載玻片放在臺上，註意蓋玻片朝上的那壹面。用彈簧夾固定載玻片，轉動平臺移動裝置的旋鈕，使待觀察的材料對準透光孔的中心。
5、聚焦
調焦時，先轉動粗調焦旋鈕使鏡筒慢慢下降，從側面仔細觀察，直到物鏡靠近載玻片標本，然後用左眼從目鏡觀察，左手轉動粗調焦旋鈕擡起鏡筒，直到標本圖像清晰，再用細調焦旋鈕調整到清晰。
註意:不要在高倍下直接對焦；鏡筒下降時，應從側面觀察鏡筒與標本的距離；要理解物距的臨界值。
如果使用雙目顯微鏡，如果觀察者眼睛的可見度有差異，可以通過可見度調節環進行調節。此外，雙筒望遠鏡可以相對平移以適應操作者雙眼之間的距離。
6.觀察
如果使用單筒顯微鏡，眼睛會自然睜開，左眼觀察標本，右眼觀察記錄和繪圖，左手調節焦距使圖像清晰，移動標本視野。右手記錄和繪圖。
顯微鏡檢查時，標本的視野要向壹定方向移動，直至觀察到整個標本，以免遺漏或重復。
光強的調整:壹般情況下，染色標本的光要強，無色或未染色標本的光要弱；低倍鏡頭觀察到的光要弱，高倍鏡頭觀察到的光要強。除了調整反光板或者光源燈，光圈光圈的調整也很重要。
用(1)低倍顯微鏡觀察
觀察任何標本時，首先要用低倍鏡頭，因為它的視野大，容易發現目標，確定要觀察的部位。
(2)高倍觀察
當從低倍鏡換到高倍鏡時，只需要稍微調整壹下微調焦旋鈕，就能讓物體圖像清晰。
使用高倍鏡頭時不要使用粗對焦旋鈕，否則容易壓壞蓋玻片，損壞鏡頭。
旋轉物鏡轉換器時，不要用手指直接推動物鏡，容易導致物鏡光軸偏轉，轉換器螺紋受力不均而損壞，最後導致轉換器報廢。
(3)觀察油鏡
先用低倍鏡和高倍鏡將被檢物體移至視野中心，再換油鏡進行觀察。油鏡觀察前，應將顯微鏡亮度調至最亮，光圈全開。
使用油鏡時，先在蓋玻片上滴壹滴芳香瀝青(鏡油)，然後放下鏡筒，從側面仔細觀察，直到油鏡浸沒在芳香瀝青中，靠近載玻片標本，再用目鏡觀察，用微調焦旋鈕提起鏡筒，直到標本的焦切面看清楚，調整好。
芳香瀝青要適量加入。油鏡用完後，壹定要用二甲苯把鏡面清潔紙上的芳香瀝青擦掉，再用幹鏡面清潔紙把多余的二甲苯擦掉。
7.結束操作
觀察結束後，取出樣品，扭轉轉換器使鏡頭兩側呈V形，豎起反射鏡，放下鏡筒，擦幹凈，套上鏡套。
如果使用帶光源的顯微鏡，需要調節亮度旋鈕將亮度調到最暗，然後關閉電源按鈕，防止下次開啟時光源燈被瞬間強電流燒壞。
(2)倒置顯微鏡
倒置顯微鏡與立式顯微鏡的主要區別在於物鏡位於載物臺下方，有利於觀察時對上方的樣品進行壹些實時操作。
倒置顯微鏡的操作過程與雙管正立顯微鏡基本相似，需要註意以下幾點:
觀察時，鉸接式雙目目鏡可以調節到舒適的位置。
組織培養液或水濺到載物臺、物鏡或顯微鏡框架上可能會損壞設備。如果濺出，請立即從墻上插座拔下電源線，並擦去濺出的液體或水。
務必輕輕轉動光強調節旋鈕，不要試圖將旋鈕轉到末端位置。使用後關閉電源前，請務必將燈的亮度調至最低。
使用後，旋轉三孔轉換器，使物鏡位於載物臺下方，以防止灰塵沈積。
(3)固體顯微鏡
也稱為立體顯微鏡或解剖顯微鏡。操作步驟與雙目立式顯微鏡基本相似:
取解剖鏡時，需要用雙手移動並保持平穩。如果需要移動鏡盒，應鎖定鏡盒，並取下鏡盒鑰匙。
如果鏡筒上有防塵罩，應取下，換上目鏡和眼罩。
將樣品放在載玻片或蠟盤上，然後放在載物盤上進行觀察。擰松鎖緊螺釘，先將鏡體升高到壹定高度，然後鎖緊鏡體。
觀察前，可旋轉目鏡筒以適應眼睛間距。雙眼視覺的差異可以通過視圈來調節。
對焦時，不要過快轉動升降螺絲或用力扭轉，以免損壞齒輪。
如果需要放大觀察，轉動放大旋鈕直到所需的放大倍數。圖像越大，光線越暗，需要調整光源，選擇背景。
使用後，先將載物托盤上的東西取出，松開鎖緊螺絲放下鏡子，鎖緊。取出目鏡，換上防塵罩。將所有組件放回原處，註意不要與其他鏡子互換。用布擦拭鏡體，放入鏡盒，鎖好鏡盒。