煉金術認為個人無需宗教“媒介”就能提高精神意識的觀點遭到了中世紀教會的無情抨擊，教會將其視為異端邪說和巫術，使得煉金術士不得不用符號來表現煉金術的物質轉化過程。然而，煉丹不僅僅是這種內在精神轉化的象征性過程，而且為物質和精神轉化提供了壹種“修煉”方法。煉金術士期望把普通的煉金術變成“煉金術”(已被稱為煉金術等。)來驗證煉金術的力量和本質，而不是僅僅把它看作是物質轉化的媒介。對於煉金術士來說，從最初的階段到最終“開悟”的漫長旅程被稱為“偉大的工作”——物質與精神休閑的相互依存與協調。
據說煉金術起源於古埃及，但其深刻的哲學思想與古希臘、阿拉伯、印度和中國的煉金術發展密切相關。12世紀，英國人羅伯特。切斯特將阿拉伯煉金術著作《煉金術的組成》翻譯成拉丁文後，煉金術開始在西歐逐漸興起。在呼籲書中，闡明了煉丹術所隱含的思想源於古人的世界觀，即世間萬物，包括人，都是由壹種非物質的“原始物質”所創造的，這種物質就是構成宇宙的四大神奇元素——土、火、氣、水。因為這四種元素可以相互轉化，所以任何其他物質都可以基於這個規律自然地相互轉化。而且按照這種世界觀的邏輯，被轉化的物質是可以變回“原初物質”的。相反，“原始物質”也可以以其他不同形式的物質重新出現。
在中世紀煉金術的作品中，煉金術的操作過程的敘述往往讓人感覺晦澀難懂，而且還夾雜著許多抽象的、模棱兩可的符號，導致許多學者看到煉金術士公然蔑視常規的理論邏輯，認為依靠自己的靈感和感知就能引導他們走向覺悟之路，而大多數評論者則憤怒地將這些令人費解的作品罵作“假貨”。不管怎麽說，有壹點是明確的，那就是煉金術士們是以“原始物質”開始他們的“偉大工作”的，但這種“原始物質”必須由他們自己“開采”，通常是以某種“石頭”(而不是“試金石”)的形式。然後將“石頭”磨成粉末，加入被稱為“幹水”的“第壹介質”，或者使用“無焰之火”，這是壹些方士所說的從酒石中提取的物質。他們用春雨和露水潤濕這兩種物質的混合物，放入密封的容器或“哲學家的蛋”中，開始不斷加熱。加熱過程很長。
在孵化過程中，通常以硫(紅、正、太陽、熱能)和汞(白、負、月、冷能)為符號進行戰鬥，最後兩者“相消”，腐敗成黑色物質，這就是煉丹的第壹階段。第二階段，黑色物質再次變成彩虹的顏色(有時被描述為孔雀尾色或珍珠色)，然後變成白色，即“轉銀”階段。這時，代表“原始物質”的兩個“定律”變成了新的形態——“紅王”(硫磺或智慧)，從“白皇後”(水星或白玫瑰)的“子宮”中誕生。“國王”和“王後”在對火的熱愛中發生了性關系，形成了壹個完美的統壹體——魔法石，它是把普通金屬變成黃金的催化劑，是打開啟蒙之門的鑰匙。
對於方士來說，不斷端正從事這項“偉大工作”的動機，加深對“修煉”過程本質的理解，是壹個關鍵問題。如果只著眼於煉金術中物質的化學變化，毫無疑問十有八九會失敗。而且，那些追求“貪”的方士，其結果正如書中所言:“得之，則消之。”因此，煉金術士應該報告“認識自然及其趨勢，並善於運用所學知識”的目的...並逐漸接近造物主。”。
最初，煉金術士需要“開采”石頭，象征著人們尋找自身精神本質的強烈願望，也就是煉金術士的術語“被動原理”，而“第壹介質”則代表“被動原理”。這個時候，我們大多數人都不容易找到生活中的內在力量，但它卻是潛在精神力量成長的支撐。壹旦我們能通過冥想與自己的主動和被動原則溝通，這種矛盾的敵人必然會打起來。因為被動的原則壹直是通過願望來達到自己的要求，不容易征服。後來，根據神秘主義者的說法，靈魂即將度過壹個黑暗的夜晚，無論是主動原則還是被動原則似乎都已經被淘汰，不復存在，於是人們感到孤獨、失望和被拋棄。壹旦我們擺脫了這種絕望的狀態，隨之而來的將是彩虹般的早晨。所以要用愛而不是實力把這兩個原則結合起來，就是“紅王”和“白皇後”的聯姻，他們的後代會在水和靈中誕生。
那麽，這些符號所隱含的修行方法是什麽呢？很多煉丹師采取的方式是在冥想的過程中把思想集中在煉丹的符號上，然後按照煉丹的幾個階段進行推進。然而，在中國的煉丹術著作《金花的秘密》中，人們有時會看到這種冥想方法的細節。書上說，練習冥想時，想象物質力量集中在人體臍穴上，然後生發出無限熱量，再象征性地通過“沸點”上升，達到飛雪般的“頂峰”，也就是創造力的頂峰。
不管煉丹師的語言是奇特有趣還是晦澀難懂，或許有些煉丹師確實把“紅王”和“白皇後”的結合稱為合壹，即實現了把普通金屬變成純金的目的，獲得了偉大的精神啟迪。