如果寶寶的肛周膿腫尚未形成膿皰，家長可以采取保守治療。可配合涼血解毒、清熱利濕的中藥內服。常用藥物有蒼術、黃柏、生地、赤芍、牡丹皮、槐角、金銀花、紫花地丁、川牛膝等。它也可以與某些抗生素壹起使用，以促進其消散。
如果寶寶的肛周已經變成膿包，應及早切開排膿，防止炎癥侵入肛周間隙和疏松組織，形成較大的膿腫腔。很多家長擔心寶寶太小，手術會影響肛門功能，想等寶寶長大了，身體功能完善了再做。其實這種觀點是錯誤的。因為壹旦寶寶得了肛周膿腫，如果不及時治療，膿腫就會擴散，進壹步加重病變，從小病變成大病。需要手術治療者，不能依賴消炎藥或中藥膏藥過度采取保守治療，以免延誤手術時機。尤其要提醒家長不要自行穿刺或擠壓膿腫，以免造成感染等意外。操作原理是:
1.選擇波動最明顯的膿腫下部，放射狀切開，鈍性分離，排出積膿。如果切口邊緣重疊，可以修剪傷口邊緣，以促進引流，不留死角。
2、淺表皮下膿腫，在切開排膿的同時，尋找齒線處感染的肛竇，即內口；然後延長切口使其與內口相通；修剪切口邊緣，使切口適當伸出肛門，放置引流物，便於引流。
3、黏膜下膿腫，需要在肛門鏡下暴露膿腫部位，在中心做縱向切開，排膿；然後用血管鉗分離膿腔，引流殘膿，放置紅藥膏紗布引流。
另外，小兒肛周膿腫的術後護理非常重要。家長要每天定時給孩子患處換藥，做好清潔工作，切記不要在傷口處使用抗生素，以免造成不良後果。