在臨床應用中，白芷具有辛溫、祛風散寒、除濕止痛的功效，常用於治療外感風寒濕證、外感頭痛、風濕性關節痛。例如，九味羌活湯由白芷與羌活、防風、阿莎麗、川芎、蒼術、黃芩、生地和甘草組成。適用於惡寒發熱、頭身酸痛、口苦咽幹者。如川芎茶條散是治療外感頭痛最著名的方劑，羌活、川芎、白芷、阿莎麗也同樣使用。其中白芷作為陽明經穴治療頭痛的通經藥，傳統上被認為最適合頭痛前額部疼痛、眉骨疼痛的患者。《石蘭秘藏》所選怪方由羌活、防風、蒼術、黃芩和甘草組成。主要用於風熱痰擾所致的頭痛、頭暈、眉痛、骨痛等癥。臨床上常隨方加入白芷，每次效果良好。對於風濕性關節痛，我們臨床最常用的藥物是威靈仙和白芷。威靈仙具有祛風除濕、通經活絡、解痙止痛的作用，白芷具有祛風除濕、散寒除濕、解熱止痛的作用，可廣泛用於四肢關節疼痛的各種證型。臨床上常以王教授五藤湯、朱晨宇教授四藤壹仙湯治療風濕類風濕，並常加白芷、威靈仙祛風散寒止痹。用於治療頸椎病、腰椎病、骨關節炎等。導師盧仁和教授的脊瓜湯或經驗方補腎壯骨湯常被采用，而白芷與威靈仙、續斷、桑寄生、狗脊、杜仲、木瓜、牛膝、雞血藤等的組合。是經常用的，而頸椎病可以更多的是葛根和丹參，可以說是反復使用了。其實白芷配伍威靈仙在辨證選方的基礎上還可用於治療慢性胃炎、消化性潰瘍胃痛，使其解痙止痛。現代中成藥甚至有所謂元胡止痛片，元胡、白芷是脅痛的核心藥物。石，臨床上常用四逆散加元胡、白芷治療氣滯血瘀型脅痛，療效確實。
《日華子本草》關於白芷指出:“治目赤癰腫，補胎漏滑，破淤血，補新血，乳癰，背腫，腸風，痔瘺，排膿，疥瘡，疥瘡，止痛。”在這壹點上，白芷可以用來治療瘡癰。壹種女士配方仙方活血飲，由白芷、浙貝母、當歸、白芍、金銀花、陳皮、穿山甲、皂角、制乳香、制沒藥和甘草組成。我們常用此方治療糖尿病並發癤腫、青少年痤瘡、亞急性甲狀腺炎癤腫疼痛、慢性糜爛性胃炎、胃痛甚至胃癌等。，都有療效。“川鴨內變”是“五湖峽Xi傳”的壹個方子，由穿山甲(炒、磨)、黃芪、白芷、當歸、生地等量組成。具有活血消腫的作用，主要用於治療無名腫毒、癰腫背痛。需加黃酒或酒，將藥煎至壹半壹半。頭面部患者，加川芎、杜仲、牛膝、桂枝，有意義。臨床應用中，消心痛湯加白芷、天花粉、浙貝母、連翹、蒲公英等。通常對治療乳房膿腫有效。糖尿病周圍神經病變、糖尿病足壞疽等。，常表現為麻木、疼痛、冷淡等。在臨床上，甚至會出現局部皮膚潰瘍和壞疽。如果長期口渴，熱會損傷氣陰，氣虛血瘀，或者氣陰兩虛，陰陽兩虛，血瘀壹般都存在，所以血瘀的病機是普遍存在的。所以在治療益氣活血通絡、益氣養陰或滋陰養活血通絡的基礎上，考慮血熱是可以的。尤其對於熱毒郁滯的糖尿病足壞疽，臨床上壹定要註意溫補、活血、清熱解毒的關系。其中白芷辛溫，既能止痛，又能排膿生肌。以白芷、瓜蔞為對藥，與四妙勇安湯配伍，或加入蒲公英、紫花地丁等。，往往能慢慢見效。
至於白芷治療鼻衄、鼻竇炎，不香不臭，或鼻涕渾濁，或伴有頭痛、頭暈、眉痛、骨痛等。、高力強調“治風為通，其氣為香，可通九竅”，王甚至認為“治鼻病用白芷、辛夷、阿莎麗，長肌散五臟，故知入陽明”。臨床上常用玉屏風散配合朱晨宇教授抗過敏湯及辛夷、白芷、鵝不食草治療過敏性鼻炎，白芷配合蒼耳子、辛夷、蒼術、藿香、黃芩、連翹、側柏葉治療鼻竇炎，均可明顯改善癥狀。
此外，《本經》認為白芷能“治婦人出血、瘀血、陰腫、寒熱、頭風侵目、流淚，長皮潤澤”，並明確指出白芷能治療婦科病，有美容養顏之功效。臨床觀察表明，女性的黃褐斑，即瘀斑和肝斑，往往與肝脾失調、氣血凝滯、沖任失調有關，往往同時表現為月經不調、痛經甚至閉經。白芷能美容養顏，這其實與其有效治療婦科疾病有關。臨床上常以紅粉丹即桂枝茯苓丸合金紅片治療盆腔淤血綜合征伴發的瘀斑，治療肝脾失調、氣血不和所致的黃褐斑。更多的是以逍遙散、六味地黃丸為基礎，配以藥用柴胡、白芍、當歸、川芎、白術、茯苓、熟地黃、山茱萸、山藥、牡丹皮、菟絲子，形成越木玉榮湯。臨床上對處方的堅持往往會產生外部效應。有的學者甚至用白芷配茯苓、珍珠粉做面膜美白，頗有意思。