性交時陰莖頭或包皮刺痛，可能與包皮過長，而伴侶陰道潤滑不夠，牽引過強有關；也可能是牽引損傷導致包皮短而痛；如果陰莖頭或包皮發炎，或者女方有陰道炎，也會引起男性疼痛。這種性疼痛是可以預防和治愈的。可以通過包皮環切或包皮系帶治愈兩側炎癥來解決。
射精痛主要與生殖道感染和炎癥有關，如前列腺炎、精囊炎等。結石梗阻和先天性射精管梗阻也會引起射精痛。前者可以通過控制感染來緩解，後者可以通過手術治愈。
男性在射精後出現輕度、短暫的會陰部和腰骶部不適並不少見，大部分可以自行緩解。只有疼痛劇烈，持續時間過長，才算病態。生殖道感染和炎癥，盆底肌肉韌帶充血和炎癥等。可能會造成這種情況。通常需要使用消炎止痛的藥物和物理治療。
大多數男性在射精後排尿時會出現排尿困難和尿道灼痛，壹般在幾分鐘到幾十分鐘內緩解。如果疼痛持續時間過長，要考慮尿路或前列腺感染和炎癥的可能，需要進行相應的檢查和治療。
中年男性陰莖疼痛的原因也可能是“陰莖硬結”，由陰莖白膜和海綿體的纖維化改變引起，可通過藥物或手術治療。