壹旦形成肛周膿腫，應盡快切開引流。肛周皮下膿腫等淺表膿腫可在局麻下完成，深部膿腫則需要在腰麻甚至全麻下完成。對於有糖尿病、炎癥性腸病等誘因的患者，應在切引流的同時積極治療原發病。
藥物
口服抗生素
對於膿腫引流後感染控制不佳的患者，在積極尋找殘余膿腫時，應根據細菌培養結果調整抗生素。
原則上，對於膿腫切開引流後健康狀況良好的無並發癥肛周膿腫，不推薦常規抗生素治療。
對於會陰部壞死性筋膜炎患者，積極的手術清創必須聯合高效廣譜抗生素。
外用抗感染軟膏
主要在膿腫未形成或未切開引流時使用，膿腫切開引流後不必繼續使用。
瀉藥
對於排便困難的患者，可口服瀉藥，軟化大便，緩解排便時的疼痛癥狀。
外科療法
壹旦確診為肛周膿腫，應盡早進行膿腫切開引流，避免感染進壹步擴散。根據膿腫的深度和具體位置，采用的麻醉方法和手術方式是不同的。
操作方式
不同部位肛周膿腫
淺表肛周膿腫如肛周皮下膿腫和部分淺表坐骨直腸膿腫可在局麻下完成。切開後可在膿腫腔內填塞凡士林紗布輔助引流止血。位置較深的膿腫需要在腰麻或全麻下完成，通常需要引流管輔助引流。
對於直腸黏膜下膿腫、括約肌間膿腫和肛提肌膿腫通過括約肌間擴散，應通過肛門鏡進行膿腫或內括約肌的切開和引流。
坐骨直腸窩膿腫合並肛提肌上間隙膿腫時，仍應通過坐骨直腸窩引流。需要充分擴張肛提肌，放置引流管。膿腫切開的皮膚開口要足夠大，避免膿腫前皮膚愈合。
肛周膿腫並發肛瘺
由於部分肛周膿腫患者並發肛瘺，對於這類患者，在膿腫切開引流的同時，是否同時進行肛瘺切開或掛線術，目前仍有爭議。準確找到竇道和內口，避免制造假竇是手術成功的關鍵。建議同期手術只能在有足夠經驗的醫院進行。對於復雜性肛瘺，應在肛周膿腫愈合後再次進行肛瘺手術，以減少手術並發癥。
肛周膿腫並發會陰壞死性筋膜炎
對會陰壞死性筋膜炎患者，應充分切開皮膚，切除壞死皮膚和皮下筋膜，直至傷口新鮮出血，同時應用高效廣譜抗生素。術後應及時檢查傷口。當有新的壞死組織時，可每隔2~3天再次清創。重癥患者往往需要多次清創才能恢復。壞死性筋膜炎死亡率高，清創要盡量徹底，皮膚軟組織缺損如何重建不用關心。當鄰近肛門感染時，應進行結腸造口術，以避免糞便汙染傷口。
術後護理
規定飲食
註意清淡軟的食物，避免辛辣食物。
醫學
可服用容量性瀉藥，軟化大便，減輕排便時的疼痛。
溫水坐浴
淺表肛周膿腫切開引流後，可用1:5000高錳酸鉀溫水(先沸後涼)或溫水加碘伏坐浴，將肛門浸入溫水中10~15分鐘，每日2~3次。
膿腔沖洗
深部膿腫切開後可在醫生指導下用生理鹽水沖洗。如果膿腫腔較深，也可將紗布松散填塞引流，防止切口皮膚先於膿腫腔愈合。
中國傳統療法
在膿腫形成前，可外敷具有抗感染作用的中藥膏。