慢性結腸炎和腸易激綜合征病程長，治療難度大。西醫主要用抗生素消炎、止痛、抗感染。根據中醫整體觀念，從不同角度治療不同病因，發揮中醫辨證論治優勢，故療效顯著。由於本病具有虛實夾雜、寒熱錯雜的特點，可以調理患者的肝、腎、脾、胃，增強人的體質，從而達到抗病毒的目的。清熱消炎的吳茱萸、肉桂、黃連、黃柏，通便的赤石脂、五倍子可相應選用，對慢性腹瀉標本兼治，起到止瀉的作用。
中醫內治
1.肝氣侵脾型:情誌變化後出現泄瀉，表現為胸脅脹滿疼痛，腹痛泄瀉，泄瀉後疼痛減輕，大便不暢，苔薄白，脈細。方藥逍遙散合痛瀉要方方耀加減。加入白芍、炙甘草止瀉，加入檳榔、焦三仙補虛補虛。
2、脾虛夾濕:表現為乏力、納差、腹瀉、大便不消化、舌淡苔白、脈緩。用沈淩白術散或香砂六君子湯加減。加入桂皮和加工過的生姜放涼；微熱與黃連、黃芩、炮姜配伍，寒性溫。
3.脾腎兩虛:為該病的嚴重難治期，病程較長，表現為畏寒、面色蒼白、腰膝酸軟，黎明前腹瀉伴腸鳴，或滑瀉，舌淡、苔白滑、脈弱。本方以申思丸、李連湯加減。將幹姜換成加工過的生姜，在相同溫度下，將烏梅、芡實、烏藥加入腸內。
4.濕熱下註型:發病初期和發病時以發熱、腹痛、急性腹瀉、紅、白、粘、凍狀腹瀉或膿血為特征，舌紅苔黃膩，脈滑。該方以白頭翁湯、芍藥湯加減。加入熱重量的金銀花和紅藤；加入厚樸和蒼術的濕重。
中藥灌腸療法
1、菊花30g、白術15g、防風10g、甘草10g、白芷8g、稻殼15g。便血重時，加適量防風炭和雲南白藥，大面積潰瘍者加雷公藤6g。煎煮後用雙層紗布過濾去渣，然後濃縮至60 ~ 80 ml，並保留藥液灌腸，每晚1次，以7 ~ 10天為1個療程。
2.黃芪、白術、丹參、白芍各20克，黃連、黃芩、側柏葉、防風各65438±05克，金銀花、連翹、白芨、生地各65438±00克，煎煮三次，每次250毫升，分三次750毫升，其中250毫升在早餐和午餐前服用。
3、苦參30g，地榆15g，槐花15g。煎煮濃縮至100 ~ 250 ml，將6克珍珠粉溶於藥液中，保留灌腸。若腹痛明顯，可加沒藥、莪術，行氣活血，散瘀止痛；若大便次數增多，結腸水腫明顯，可加生薏苡仁利尿消腫，健脾止瀉，清熱排膿。
4.生蒲黃10克，仙鶴草、敗醬草、乳香10克，沒藥6克，煆龍骨10克，生牡蠣10克，赤石脂10克。將上述藥材煎成200毫升藥液，每晚睡前灌腸。15天就是1個療程。
5.將蛤蚧研末，與白芨混合，煎成粘稠湯保留灌腸，每3天1次，5次為1個療程。另外將蛤蚧、白芨研成膠囊，每次2-3粒，灌腸間隔期服用，1個療程後再服用2周。其他西藥在治療期間可以停用。中藥灌腸應在每晚睡前進行，灌腸前應排空大便，藥液溫度以36℃ ~ 39℃為宜。
中藥灌腸治療結腸炎，可使藥物直達病變部位，同時還能起到局部沖洗、清潔的作用，從而達到止瀉、消炎、解痙止痛、改善局部血液循環和代謝、增強腸道免疫功能、促進潰瘍愈合的目的。
業務事項
保留灌腸應在睡前進行，並提前指導患者排空大小便，在靜臥約15分鐘後進行灌腸。操作者應輕、慢、軟，以減少管壁對腸黏膜的刺激。
l)體位:服藥時，患者應取左側臥位。給藥後應保持雙膝、胸部平臥半小時，然後取左側臥位和右側臥位，雙臂要擡高。給藥後壹般應靜臥數小時，以減少因腸粘膜受刺激和腸蠕動增加而引起的痙攣，防止藥液過早排出。痙攣緩解後，可以適當運動，促進藥液盡快吸收。病變在直腸下端，下床活動可以早壹點。
2)導管插入深度:壹般以插入15 ~ 30cm為宜。如果太淺，藥液會外滲，使劑量不足，不便於保存，影響療效。如果太深，容易損傷腸黏膜的摩擦力，加重病情。
3)用量:灌腸量因人而異。如果病變靠近肛門，範圍小，灌腸要少。反之，如果病變較寬，灌腸宜多，不宜多，否則難以達到預期效果。壹般每次100 ~ 150 ml為宜。對於病變較高的患者，可酌情增加劑量至200ml左右；註意劑量應由少逐漸增加，並根據患者的適應能力逐漸增加。
4)藥液保留時間:保留時間越長，療效越好。所以要求藥液至少保持4小時。最好是晚上睡前吃藥，壹直吃到第二天早上。或者用粉的時候可以加入適量的藕粉做成糊狀，留著效果比水溶液好。
5)液體溫度:壹般來說，液體溫度應保持在40℃左右，但要因人因時制宜。如果冬天溫度要高，可以在45℃左右；夏季溫度要低，可以在38℃左右。濕熱瘀阻者，藥溫低，虛寒證者，藥溫高。
6)療程:壹般兩周為壹個療程，休息兩天後繼續使用。療程的長短與復發率有很大關系。所以在治療過程中，在服用效果後，還是要堅持壹段時間，以壹個月為壹個療程。壹般在服藥2-3個療程後，灌腸的頻率會逐漸減少，從每天壹次減少到隔天壹次或壹周兩次，直至停藥半年左右。