收獲的果實應立即浸入水中擦洗，去除果肉和漂浮的種子，並取出沈入水底的成熟種子。新采集的砧木種子壹般要經過層積處理，完成後熟過程後才能發芽。櫻桃砧木種子成熟後的溫度為5 ~ 7℃，相對濕度為60%左右，低於O℃或高於10℃都是不利的。
層積處理的方法是將種子與濕沙按1∶3的比例混合，然後放入花盆或木箱中，移至地窖中遮蔭。在此期間，要經常檢查沙子的濕度，以保持雙手握成壹團，但以不滴水為宜。冬天來臨前，選擇幹燥不易積水的地方，挖壹條40 ~ 50厘米深的溝，將花盆或木盒放入溝內，用土覆蓋。覆蓋土壤的厚度取決於地區或天氣條件。壹般原則是不凍濕砂。但最好將地面以上的土壤覆蓋，防止雨雪流入。覆土後，最好在土層上插壹些小捆的樹枝或麥稭，以利於種子通風。不同種類的櫻桃需要不同的層積時間。中國櫻桃需要100 ~ 180天，大櫻桃需要150天，酸櫻桃需要200 ~ 300天，山櫻桃需要180 ~ 240天。
壹般認為種皮是櫻桃種子休眠的主要原因。種皮可能含有壹些化學抑制劑。去掉種皮後，種子當年就能發芽成苗。內果皮也與種子休眠有關。去掉內果皮後，層積時間會大大縮短。所以櫻桃種子不壹定要常規層積才能發芽。采用溫水浸泡的方法，即將洗凈的種子打碎成芯殼，取出種子，攪拌後浸泡在4℃的溫水中，待水溫降至20℃，浸泡24小時後即可播種。根據實驗，圓葉櫻桃種子在沒有種皮的情況下，發芽率可達100%。去除中國櫻桃和大櫻桃的種皮後，發芽率分別為72.2%和50%。此外，用生長調節劑GA3和50～300mg/L的普洛馬林處理6～48h，櫻桃砧木種子的發芽率高達80%～90%。這些方法可以替代常規的種子層積處理方法。