幹燥處理是將糞便脫水以方便使用，主要包括自然幹燥和高溫快速幹燥。自然幹燥是利用陽光來幹燥牲畜糞便；高溫快速幹燥是通過烘幹機進行的人工幹燥。國內普遍使用的滾筒式烘幹機可以在短時間內將雞糞的含水率從70% ~ 75%降至8%以下，但存在烘幹機排出的臭氣二次汙染、處理溫度過高導致肥效差等缺點。
好氧堆肥。畜禽糞便含有大量有機質和豐富的氮、磷、鉀等養分，是農業可持續發展的寶貴資源。因此，糞便好氧堆肥是目前廣泛采用的壹種處理方法。根據糞肥原料和輔料的特性，根據堆肥所需的碳氮比和含水量，將糞肥和輔料按壹定比例混合，適當控制堆肥中的氧氣和溫度，使糞肥快速發酵生產有機肥。這種方法的優點是最終產品氣味小，相對幹燥，易於包裝和施用，可在農業生產中用作土壤改良劑或有機肥。
沼氣發酵根據畜禽糞便有機質含量高的特點，在壹定的水分、溫度(35℃~55℃)和厭氧條件下，通過各種微生物的分解代謝，最終形成甲烷、二氧化碳等可燃混合氣體(沼氣)，同時殺滅糞水中的大腸桿菌和蟲卵。沼氣是壹種清潔能源，可以作為家庭生活的燃料，養殖場的大量沼氣也可以並網發電；沼渣和沼液含有氮、磷等成分，可用作農業生產、養魚、農作物浸種等的肥料。沼氣發酵是目前我國廣泛使用的糞便處理方法之壹。
飼料利用率。研究證明，畜禽糞便中含有大量未消化的粗蛋白、粗纖維、粗脂肪和礦物質，其中氨基酸較為齊全和豐富。加工後能殺滅致病菌，提高蛋白質的消化率和代謝能，改善適口性，成為較好的飼料資源。
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