孫思邈天生聰明好學。七歲就能認識壹千多個字，每天背壹篇古文，可以說是非常聰明了。但是他身體不好，老是生病，花了家裏很多錢的財產，就下定決心要當醫生，治病救人。
他不僅從書本上學醫，也從普通人身上學醫。他壹方面熟讀《黃帝內經》、《傷寒論》等醫學經典，另壹方面主動向普通百姓學習，把他們掌握的民間偏方全部記錄下來，應用於臨床。這些民間偏方最終被寫進了他的醫學巨著《千千瑤方》、《千千壹方》。
孫思邈年輕時隱居鐘南山，名聲很大。隋文帝召他入宮，封他為百威郭子博士，但孫思邈拒絕接受他的辭呈。唐太宗李世民和高宗皇帝李治兩次召他入宮受封拜為官，他都拒絕了。後來他的弟子劉神威因為心地善良，被推薦到了太醫院。就這樣，孫思邈再也沒有去做官，堅持在民間學醫治病救人。
孫思邈在醫學上有很多舉措。他是第壹個提出婦科和兒科應該分開的醫學家。他第壹次完整地闡述了醫學倫理學。他是第壹個提出“預防重於治療”觀點的人。在治病救人的過程中，他從來沒有用動物入藥，這是中醫的特例。眾所周知，中藥的藥材主要是動物藥材、植物藥材和礦物藥材。沒有動物藥材，救命就會受到很大限制。
但在臨床實踐中，他並沒有因此而感到無助。他不用動物入藥，因為他不想殺動物來換取人類的健康。這可能就是古代樸素的生態觀吧！傳說孫思邈晚年來到邱縣。當他看到美麗的風景和淳樸的民風，就住在這裏，拯救世界，不收錢，不被感謝。他只要求病人康復後種壹棵杏樹，最後他的住處變成了杏林。壹天，壹只老虎上門求治。孫思邈用他發明的虎鉗打開老虎的嘴，取出了卡在老虎喉嚨裏的金釵。於是老虎不再傷人，守護杏林。孫思邈死後，老虎繞著杏林走了三天，痛苦地哀號，最後不見了。人們把美食和神獸獻給孫思邈，以紀念他高尚的道德和高超的醫術，但是孫思邈臨死前告訴弟子們要燒吳氏三的藥方，發生了什麽？
唐朝的貴族都信奉道教，李唐時期更是宣稱自己是道教創始人老子的後代，於是道教就成了非常搶手的宗教。道教註重煉丹和修仙，所以很多王公貴族都有服藥的習慣，其中最常見的是壹種叫做烏石散的藥丸。從名字就能看出來，壹定是從吳中的礦石中提煉出來的藥丸。
孫思邈曾經服過這種丹毒，但是被丹毒毒死了，頭上起了大包。別人沒治好他，還是他自己開了藥方治好了他。於是他對烏石散的毒性有了正確的認識，所以臨死的時候讓弟子們把烏石散的藥方給毀了。這是孫思邈科學精神的體現。