《本草綱目》將動物藥按照蟲、鱗、介、禽、獸、人的順序進行分類，體現了作者由賤到貴、由低到高的生物進化觀。
《本草綱目》糾正了前人的很多錯誤，比如南星和張虎本來是壹種藥，過去卻誤認為是兩種藥；過去認為綿馬貫眾和女性陽痿是壹種藥，李鑒定後認定是兩種；蘇頌在《本草圖說》中把天花和圍樓分為兩處，其實是同壹種植物；前人誤以為“壹匹馬可以變成鎖孫”“壹根草可以變成壹條魚”，壹壹糾正。而且這本書裏還加入了很多新藥。李時珍通過自己的經歷進壹步描述了壹些藥物的功效。本書還收錄了大量珍貴的醫學資料，除了大量的附方、驗方、醫案外，還有壹些有用的醫學史料。
這本書不僅是壹部藥理學著作，也是壹部具有世界影響的博物學著作。它涵蓋的內容非常廣泛，在生物、化學、天文、地理、地質、采礦甚至歷史上都有壹定的貢獻。
《本草綱目》是16世紀以前中國本草學的代表作。這本書收集的信息很廣泛。“從墳墓到傳說，凡是相關的，就不收了。”所以書中有些內容與現代理解不符，有些甚至可能是迷信的。比如鉛粉性寒有毒，而現代人認為是劇毒；再比如孝子的衣帽，寡婦的床頭灰，草鞋，男陰毛治蛇咬，女陰毛治“五淋，陰陽易病”，人靈(掛後魂)嚇人，人肉治痢疾(割股治親人)，人黃(人屎)治嘔血，梁上臣治昏厥。在這壹部分，李時珍多引用了《農事錄》和《本草補》的說法，采取了“凡被人用者，不可留之”的態度。此外，李時珍還反駁了陳藏琦的《本草筆記》，認為吃人肉治痢疾是不對的。但也正是因為包含了眾多的細節，壹些已經失傳的古代醫書和本草才被《綱要》保存了下來。